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UID轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)試劑盒

• 省時(shí)  同時(shí)構(gòu)建8個(gè)文庫(kù)僅5小時(shí)，時(shí)間節(jié)省30％
• 省力  無(wú)需第二鏈合成等步聚，操作簡(jiǎn)便
• 省心  建庫(kù)起始量低至100ng
• 精確  測(cè)序結(jié)果與qPCR結(jié)果高度*

      轉(zhuǎn)錄組為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有 RNA，主要包括mRNA,，某些情況下也包括非編碼 RNA。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序利用高通量測(cè)序技術(shù),，快速且全面地揭示某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本信息,，包括轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量、可變剪接體,、可變 polyA 位點(diǎn)等。

      定量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（KC-DigitalRNA-seq）,，在文庫(kù)擴(kuò)增之前為每一條 RNA 片段加上*的身份標(biāo)簽（Unique Identifier,，UID）。那么同一個(gè)片段擴(kuò)增出來(lái)的產(chǎn)物均帶有相同的標(biāo)簽,，而天然重復(fù)片段則帶有不同的標(biāo)簽,。測(cè)序完成后利用 UID 過(guò)濾數(shù)據(jù),，將相同標(biāo)記的擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行合并，就能準(zhǔn)確去除 PCR 擴(kuò)增重復(fù),、同時(shí)保留樣本的天然重復(fù),，一比一準(zhǔn)確還原樣本擴(kuò)增前的原始狀態(tài)。在此過(guò)程中,，PCR 擴(kuò)增和測(cè)序錯(cuò)誤同樣可以被糾正：擴(kuò)增和測(cè)序的錯(cuò)誤會(huì)使得相同 UID 標(biāo)簽對(duì)應(yīng)多個(gè)不同的序列,，那么只需比較這些序列的相似性，即可糾正這些錯(cuò)誤,。

測(cè)序結(jié)果對(duì)比

? KC-DigitalRNA 建庫(kù)方法 VS 基于 dUTP 鏈特異性的 RNA 建庫(kù)方法

     KC-DigitalRNA 建庫(kù)方法采用*的 splint ligation（單鏈加接頭）方法,，省去了 cDNA 第二鏈的合成、修復(fù)和加 A 的步驟,，建庫(kù)總時(shí)長(zhǎng)縮短 1~2 小時(shí),。

測(cè)序數(shù)據(jù)分析

      raw data 進(jìn)行質(zhì)量控制后，測(cè)序數(shù)據(jù)（clean data）重復(fù)序列水平結(jié)果如下圖所示：

        不計(jì)算 UID *識(shí)別序列時(shí),，重復(fù)次數(shù)為 1 的 reads（unique reads）的比例約為 18%,，計(jì)算 UID *識(shí)別序列時(shí)，unique reads 的比例提高到約 28%,。在總 reads 中,，PCR 擴(kuò)增產(chǎn)生的重復(fù) reads 約占 10%。通過(guò)對(duì)多個(gè)樣本的統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn),，在總 reads 中 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)生的重復(fù) reads 約占 8%~11%,。

KC-DigitalRNA 測(cè)序結(jié)果 VS 常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果

（1）常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和 KC-DigitalRNA 測(cè)序篩選差異表達(dá)基因的結(jié)果

clean_up:常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序篩選獲得的差異上調(diào)基因
UID_filter_up: KC-DigitalRNA 測(cè)序 UID 過(guò)濾后篩選獲得的差異上調(diào)基因
clean_down:常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序篩選的差異下調(diào)基因
UID_filter_ down: KC-DigitalRNA 測(cè)序 UID 過(guò)濾后篩選獲得的差異下調(diào)基因

（2）常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和 KC-DigitalRNA 測(cè)序結(jié)果通過(guò) qPCR 驗(yàn)證

     常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與 qPCR 定量結(jié)果的相關(guān)系數(shù) R2 為 0.859，KC-DigitalRNA 測(cè)序與 qPCR 定量結(jié)果的相關(guān)系數(shù) R2 達(dá)到 0.985,。

KC-DigitalRNA 建庫(kù)方法不同起始量建庫(kù)測(cè)序結(jié)果

    分別使用 100ng,、500ng、1ug 作為建庫(kù)起始量,，并將不同建庫(kù)起始量的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行相關(guān)性分析相,，皮爾遜相關(guān)系數(shù)關(guān)系數(shù) R2均在 0.97 以上。

A：unique reads比例提升,。不計(jì)算UID標(biāo)簽序列時(shí),，重復(fù)次數(shù)為1的reads（unique reads）的比例約為18%，計(jì)算UID標(biāo)簽序列時(shí),，unique reads的比例提高到約28%,。多個(gè)樣本統(tǒng)計(jì)顯示，在總reads中PCR擴(kuò)增產(chǎn)生的重復(fù)約占8％－11％
B：與qPCR結(jié)果高度*,，分別用UID轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)測(cè)序和qPCR檢測(cè)表達(dá)倍數(shù)變化,，兩種方法的結(jié)果相關(guān)性達(dá)到0.985

C：不同建庫(kù)起始量相關(guān)性高。分別使用1ug,、500ng,、100ng起始量進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序,，不同起始量的結(jié)果皮爾遜相關(guān)系數(shù)R²均超過(guò)0.978

轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)試劑盒產(chǎn)品信息

      貨號(hào)                                   名稱                                                                                            規(guī)格

DRO85－01        KC-Digital^TM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit  for Illumina^{®          24 rxn}

DRO85－02        KC-Digital^TM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit  for Illumina^{®                 96 rxn}  

DLRO87－01       KC-Digital^TM Total RNA-seq Library Prep Kit for Illumina^{®                            24rxn}  

DLRO87－02       KC-Digital^TM Total RNA-seq Library Prep Kit for Illumina^{®                            96 rxn} 

 紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司 ：1500 1904 520   Q:239 555 7778

       紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司主營(yíng)：干細(xì)胞、精準(zhǔn)醫(yī)療,、細(xì)胞治療,、器官再生 四大板塊的產(chǎn)品，以"傳遞科學(xué)價(jià)值,，服務(wù)科學(xué)研究”為宗旨,，經(jīng)過(guò)近兩年的努力推廣，紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司在全中國(guó)代理的CellArtis干細(xì)胞產(chǎn)品已經(jīng)成功銷往：上海市,、北京市,、重慶市、天津市,、廣東省的廣州市,、深圳市、珠海市,、江西省的南昌市,、四川省的成都市、綿陽(yáng),、浙江省的杭州市,、寧波、溫州,、江蘇省的南京市,、蘇州、無(wú)錫,、泰州,、湖南省的長(zhǎng)沙、陜西省的西安市,、楊凌,、甘肅省的蘭州、寧夏的銀川,、新疆的烏魯木齊,、廣西的南寧市、山東省的濟(jì)南,、青島,、東北三省 遼寧省的沈陽(yáng)市、大連市,、吉林省的長(zhǎng)春市,、黑龍江省的哈爾濱市等中國(guó)絕大部分省市和自治區(qū)