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KAPA RiboErase Globin 血液RNA-Seq的利器

閱讀:2766發(fā)布時(shí)間:2021-2-5

 

對(duì)血液樣本進(jìn)行RNA測(cè)序時(shí),,如果不進(jìn)行適當(dāng)?shù)奶幚?,?huì)影響測(cè)序的結(jié)果。

 
 

*,,真核生物細(xì)胞含有一些高豐度RNA,其中含量高的是核糖體RNA(rRNA),,而血液的RNA中含量第二高的就是珠蛋白(globin)RNA,。這兩種RNA占血液樣本總RNA的85%以上

 

如果不進(jìn)行處理就建庫(kù)測(cè)序,,高豐度RNA占據(jù)著大量的數(shù)據(jù),,不僅浪費(fèi)了測(cè)序成本,,更淹沒(méi)了目標(biāo)RNA的數(shù)據(jù),,特別是一些低豐度但起著關(guān)鍵調(diào)控的RNA或者是罕見(jiàn)融合位點(diǎn),使我們難以比較表達(dá)的差異化和特異性,。

 

利用mRNA的polyA尾特點(diǎn)來(lái)富集mRNA的方法,,雖然可以去除核糖體RNA,但并不能去除globin mRNA,,同時(shí)其它的非編碼RNA的品種也會(huì)一并丟失,。另外,在RNA樣本的質(zhì)量不高時(shí),,由于降解導(dǎo)致polyA尾的不完整,,這種方法也不適用。

 
 
 

這些問(wèn)題通過(guò)采用RNA酶H法的KAPA新品Globin RNA去除寡核苷酸加上RiboErase (HMR)核糖體RNA去除試劑盒即可輕松解決,!

 
 
 
 
 
 

RNA酶H法的原理:rRNA及globin RNA與特異互補(bǔ)的DNA寡核苷酸鏈雜交,,接著與DNA鏈雜交的RNA品種被RNA酶H特異消化去除,,引入的DNA鏈則通過(guò)后續(xù)的DNA酶消化而去除,。

 

 

 

1

產(chǎn)品應(yīng)用

1

同時(shí)去除細(xì)胞質(zhì)5S、5.8S,、18S及28S 核糖體RNA,線粒體12S及16S 核糖體RNA,, 以及珠蛋白globin mRNA

2

適合物種:人、小鼠,、大鼠

3

可用于檢測(cè)帶polyA尾的RNA(成熟mRNA)及不帶polyA尾的RNA(包括非編碼RNA及前體RNA

4

高質(zhì)量與低質(zhì)量RNA樣本同樣適用

 

 

2

優(yōu)異表現(xiàn)

1

穩(wěn)定去除99.9% rRNA及99.9% globin mRNA

2

低至25ng的血液來(lái)源RNA樣本也可獲得豐富轉(zhuǎn)錄本信息

3

一天內(nèi)快速完成RNA富集及建庫(kù)流程(~6.5小時(shí))(配套KAPA RNA Hyper建庫(kù)試劑盒)

4

降低非特異性去除比例(與非酶去除法比較)

 

KAPA更高效,、重復(fù)性更好

 

▲ 圖一 KAPA 實(shí)驗(yàn)流程與I品牌同類產(chǎn)品相比,,KAPA對(duì)globin mRNA及rRNA的去除效率更高,,重復(fù)性更好。測(cè)序文庫(kù)從25/100/1000ng人血來(lái)源的RNA樣本制備,,實(shí)驗(yàn)流程采用了相應(yīng)產(chǎn)品推薦的實(shí)驗(yàn)方案,。

 

KAPA助您發(fā)現(xiàn)更多

 

▲ 圖二  KAPA 實(shí)驗(yàn)流程提升了*轉(zhuǎn)錄本的檢測(cè)數(shù)量

 
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