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適用于血漿樣本的微量文庫(kù)構(gòu)建試劑盒推薦
閱讀：1551發(fā)布時(shí)間：2020-11-10
| 高品質(zhì)的游離DNA (cell free DNA) NGS文庫(kù)構(gòu)建 | ||||||||||||||||||||||||||
| ThruPLEX® Plasma-Seq Ki | ||||||||||||||||||||||||||
| · 專(zhuān)為cfDNA設(shè)計(jì)：經(jīng)過(guò)優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑 · 高品質(zhì)NGS文庫(kù)：高的文庫(kù)多樣性,，在寬廣的GC含量范圍內(nèi)，可以達(dá)到高檢測(cè)再現(xiàn)性 · 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量 · 快速簡(jiǎn)便：1個(gè)反應(yīng)管,、2小時(shí),、3步反應(yīng)的簡(jiǎn)單操作，無(wú)需純化或樣品轉(zhuǎn)移步驟 · 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢,、ctDNA,、目標(biāo)區(qū)域測(cè)序等領(lǐng)域文庫(kù)構(gòu)建 · 兼容自動(dòng)化平臺(tái)：Beckman FXP Workstation | ||||||||||||||||||||||||||
| ■ 產(chǎn)品說(shuō)明： | ||||||||||||||||||||||||||
ThruPLEX Plasma-seq Kit基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來(lái)源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫(kù)構(gòu)建,。該試劑已針對(duì)cfDNA進(jìn)行了專(zhuān)門(mén)優(yōu)化,，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，盡可能的提升了文庫(kù)的復(fù)雜度,。文庫(kù)可用于CNV分析,、全基因組測(cè)序分析或是采用一些panel針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect and Roche NimbleGen SeqCap EZ。
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| DNA HT dual index kits | ||||||||||||||||||||||||||
| DNA HT dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,，用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒,。這些試劑盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列對(duì)應(yīng)的index引物，多可提供384種不同的雙端index,，用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分,。其中index引物預(yù)先分裝在4個(gè)不同條形碼標(biāo)記的index微孔板中，每個(gè)微孔板可提供不同的96種index組合（Code No.R400660-R400663）,，index微孔板（96N Sets A-D）的每個(gè)孔提供的量足夠進(jìn)行一次測(cè)序反應(yīng),；另一種是一套中有24個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)管，每個(gè)反應(yīng)管中包含不同的雙端index組合（Code No.R400664）,，且每個(gè)反應(yīng)管（24N）提供的量足夠進(jìn)行兩次測(cè)序反應(yīng),。 | ||||||||||||||||||||||||||
| DNA unique dual index kits | ||||||||||||||||||||||||||
| DNA unique dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒,。這些試劑盒包含“IDT for Illumina UD”對(duì)應(yīng)的index引物,，多可提供96種不同雙端index，用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分,。index引物預(yù)先分裝在不同的4組各24個(gè)單獨(dú)的管中,，其中每組可提供24種不同index引物組合（Code No.R400665-R400668）。每個(gè)index引物管（24U Sets A-D）提供的量足夠進(jìn)行兩次測(cè)序反應(yīng),。 | ||||||||||||||||||||||||||
| DNA single index kits | ||||||||||||||||||||||||||
DNA single index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,，用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對(duì)應(yīng)的index引物,，可提供24種單端index,，用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的2組各12個(gè)單獨(dú)的管中,，其中每組可提供12種不同index引物組合（Code No.R400695和R400697）,。每個(gè)index引物管（12U Sets A-B）提供的量足夠進(jìn)行8次測(cè)序反應(yīng)。
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| 圖1. ThruPLEX® 技術(shù)概要,。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對(duì)cell free DNA的建庫(kù)工作,。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進(jìn)行末端修復(fù)。通過(guò)采用莖環(huán)形接頭（無(wú)單鏈尾巴）進(jìn)行高效平端連接,，降低了背景,。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進(jìn)一步降低背景,。高保真度擴(kuò)增的方式完成以上反應(yīng),，并獲得含有illumina index的文庫(kù)。 |
| （*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.） |
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| 圖2. 高cfDNA文庫(kù)多樣性,、更少的Unmapped Reads,。ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫(kù)，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads,。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品,，文庫(kù)定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測(cè)定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng,、0.62 ng,、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測(cè)序,，且每個(gè)文庫(kù)產(chǎn)生17 M到25 M reads,。每個(gè)文庫(kù)在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計(jì)算Duplication rates,。 |
| （*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.） |
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| 圖3. 優(yōu)異的靶向測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建能力,。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫(kù)通過(guò)panel進(jìn)行高效捕獲，對(duì)kinome進(jìn)行深度測(cè)序分析以檢測(cè)突變,。3個(gè)血漿樣品分別起始建庫(kù)量為5 ng,、6.5 ng、10 ng,，三次重復(fù),。目標(biāo)區(qū)域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進(jìn)行捕獲，并用Illumina Miseq平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序,，平均每個(gè)文庫(kù)獲得5 M reads,，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。 |
| （*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.） |
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| 圖4. 高重復(fù)性的,、無(wú)偏倚的GC覆蓋度,。針對(duì)人類(lèi)基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性,、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫(kù)構(gòu)建能力,。9次獨(dú)立的血漿樣品文庫(kù)構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品,。文庫(kù)的制備是利用的1 mL血漿來(lái)源cfDNA,，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進(jìn)行測(cè)序。作為對(duì)比,，A公司試劑構(gòu)建了4份獨(dú)立血漿樣品的文庫(kù),。 |
| （*圖片來(lái)源于Takara Bio USA,Inc.） |
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| 圖5. Karolinska協(xié)會(huì)和CRUK測(cè)試的結(jié)果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進(jìn)行illumina文庫(kù)構(gòu)建,。結(jié)果表明利用Hiseq平臺(tái)進(jìn)行的Low-pass WGS,每個(gè)文庫(kù)能獲得接近12.5 M reads,。 |
| （*以上數(shù)據(jù)來(lái)源于Karolinska 協(xié)會(huì)，瑞典） |
| ■ 產(chǎn)品組成 |
| · Template Preparation Buffer（Red） · Template Preparation Enzyme（Red） · Library Synthesis Buffer（Yellow） · Library Synthesis Enzyme（Yellow） · Library Amplification Buffer（Green） · Library Amplification Enzyme（Green） · Nuclease-Free Water（Clear） · Indexing Reagents（Blue） · Quick Protocol（N/A） |
| ■ 保存 |
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