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RNA測序系列產(chǎn)品介紹
閱讀：6655發(fā)布時間：2019-4-22
RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),，就是把mRNA,，smallRNA,，and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測序技術(shù)把它們的序列測出來,。反映出它們的表達水平,。
RNA-seq是一種集合實驗方法和計算機手段的一種技術(shù),，它可以確定生物樣本中RNA序列的特征性和豐度,，也就是說,，存在于每條單鏈RNA分子中的腺嘌呤、胞嘧啶,、鳥嘌呤和尿嘧啶核糖核酸殘基的組成順序,，可以通過RNA測序被識別出來。RNA-seq中的實驗方法涉及從細胞,、組織或整個動物樣本中分離RNA,、不同RNA文庫的構(gòu)建、對文庫進行化學法測序以及隨后的生物信息學數(shù)據(jù)分析,。同早期的技術(shù)方法相比,，例如微陣列，一+個關(guān)鍵區(qū)別在于,，當前RNA-seq平臺驚人的高通量性和高的靈敏度,，使得我們能夠發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本、基因調(diào)控模型和更多非編碼小RNA,。
轉(zhuǎn)錄組是某個物種或者特定細胞類型產(chǎn)生的所有轉(zhuǎn)錄本的集合,。轉(zhuǎn)錄組研究能夠從整體水平研究基因功能以及基因結(jié)構(gòu)，揭示特定生物學過程以及疾病發(fā)生過程中的分子機理,，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究,、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域?；贗llumina高通量測序平臺的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)使能夠在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測,，在分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本,，地識別可變剪切位點以及cSNP（編碼序列單核苷酸多態(tài)性）,，提供全面的轉(zhuǎn)錄組信息。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,，轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針,，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測，提供更的數(shù)字化信號,，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強大工具。
樣品提取總RNA后,，對于真核生物,，用帶有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA，對于原核生物,，用試劑盒去除rRNA,，向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片斷成為短片段，再以片斷后的mRNA為模板,，用六堿基隨機引物(random hexamers)合成cDNA鏈,，并加入緩沖液,、dNTPs,、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二鏈,，經(jīng)過試劑盒純化并加 EB緩沖液洗脫經(jīng)末端修復(fù)、加堿基A,，加測序接頭,，再經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳回收目的大小片段，并進行PCR擴增,，從而完成整個文庫制備工作,，構(gòu)建好的文庫用Illumina HiSeq2000進行測序。
RNA測序流程包括：
樣本制備,、建庫：總RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打斷 ---> 隨機引物反轉(zhuǎn)錄成cDNA ---> 末端修復(fù),、加A、加接頭
一,、RNA樣本采集保存
1,、血液RNA保存
PAXgene® Blood RNA Tube采血管用于采血時細胞內(nèi)RNA的快速穩(wěn)定。內(nèi)含保護劑采集后可以快速穩(wěn)定細胞內(nèi)RNA,。室溫穩(wěn)定3天,，4℃穩(wěn)定5天。
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品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
BD | 762165 | PAXgene® Blood RNA Tube | 100 支 / 箱 |
RNAgard Blood Tubes采血管用于血液RNA和DNA的采集,、保存和純化,。管內(nèi)預(yù)裝保護劑能快速滲透細胞膜裂解細胞，同時穩(wěn)定RNA和DNA免于降解,。室溫能保存核酸達14天,，4℃能保存1月。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Biomatrica | 12006-051 | RNAgard Blood Tubes & Precipitation Buffer | 50支 / 包 +180 mL |
血漿游離RNA保存
CELL-FREE RNA BCT® 采血管用于血漿游離RNA的采集,、保存和運送,。含有保護劑穩(wěn)定血漿游離RNA，并能防止血液中其他背景RNA的釋放,。室溫下游離RNA能穩(wěn)定7天
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品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
Streck | 218976 | Cell-Free RNA BCT® | 100 個 / 箱 |
2,、組織RNA保存
RNALater穩(wěn)定液是一種無毒的水溶性組織保存試劑，能夠快速滲入組織內(nèi)部,，穩(wěn)定并保護細胞RNA,。在37°C、25°C和4°C下 RNA 分別可保持穩(wěn)定1天,、1周和1個月,，-20°C下可長期穩(wěn)定保存。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Thermo | AM7020 | RNAlater™ Stabilization Solution | 100 mL |
| Thermo | AM7021 | RNAlater™ Stabilization Solution | 500 mL |
| BI | 01-891-1B | RNA save | 100mL |
| BI | 01-891-1A | RNA save | 500 mL |
二,、RNA提取方法-使用試劑盒方法
富集mRNA,，除去rRNA等RNA:依據(jù)為-在測mRNA過程中,，首先要去除rRNA。以人為例,，在抽提的總RNA中,，95%的RNA是rRNA，2%的RNA是mRNA,，剩下的則是lncRNA,、microRNA、siRNA等,。rRNA整個人類當中是非常保守的,，在各個組織器官中也是非常穩(wěn)定的，因此這些測序結(jié)果對我們的研究是沒有用處的,。mRNA則是RNA中比較重要的部分,。
具體：以人的為例：總RNA跟帶有Poly(T)探針的磁珠結(jié)合-洗脫結(jié)合的mRNA-用Mg離子溶液打碎mRNA-隨機引物反轉(zhuǎn)條鏈的cDNA，之后再合成第二條cDNA,獲得雙鏈cDNA-對雙鏈cDNA末端修復(fù),，加A加接頭-片段選擇,，PCR擴增、純化（如果樣本中存在污染物,，則需要結(jié)合試劑盒進一步純化）,。
一般會在測序前對總RNA進行一次質(zhì)檢，根據(jù)電泳質(zhì)檢結(jié)果中的18S和28S（rRNA）兩個峰的高度以及峰的尖度來判斷RNA的質(zhì)量,，峰越高越尖（RIN > 8.0）表示RNA的完整度越好,。當然，濃度以及A260/A280比值也是需要的,。
總RNA提取
TRIzol™ Reagent是一種*的即用型試劑,，可用于提取高質(zhì)量的總RNA或者從各種生物樣本中同時提取RNA、DNA和蛋白質(zhì),。這種酚和異硫氰酸胍單相溶液,，可用于提取人、動物,、植物,、酵母或細菌來源的細胞和組織樣本中的純RNA、DNA和蛋白質(zhì),，只需一個小時即可完成,。
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品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
Thermo | 15596018 | TRIzol™ Reagent | 200 mL |
Thermo | 15596026 | TRIzol™ Reagent | 100 |
GENEzol™ Reagent試劑用于高質(zhì)量總RNA的提取，同時也可提取血液,、白膜層,、血漿、血清、培養(yǎng)細胞和組織等多種樣本中RNA,、DNA和蛋白質(zhì),。GENEzol是一種酚、三氯甲烷和異硫氰酸胍溶液,，是總RNA提取經(jīng)濟有效的選擇,。所提取RNA可直接用于各種下游應(yīng)用，如cDNA 文庫構(gòu)建,，克隆,，逆轉(zhuǎn)錄PCR，實時PCR,，核酸酶保護分析和Northern印跡雜交。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Geneaid | GZR050/100/200 | GENEzol Reagent | 50, 100, 200 次反應(yīng) |
| Geneaid | GZX050/100/200, GZXD050/100/200 | GENEzol TriRNA Pure Kit | 50, 100, 200次反應(yīng) |
RNeasy Mini Kit 試劑盒可從細胞,、組織或酵母中快速純化高品質(zhì)RNA,，硅膠膜RNeasy離心柱的結(jié)合能力達100 μg RNA。無需酚/三氯甲烷抽提,，無需氯化銫梯度離心,，無氯化鋰或者乙醇沉淀步驟。數(shù)分鐘內(nèi)快速純化得到高品質(zhì)總RNA,，在各種下游應(yīng)用中表現(xiàn)良好,。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Qiagen | 74104 | RNeasy Mini Kit | 50次 |
| Qiagen | 74106 | RNeasy Mini Kit | 250次 |
| Qiagen | 74134 | RNeasy Plus Mini Kits | 50次 |
單細胞RNA提取
ARCTURUS PicoPure RNA 分離試劑盒用于從十個以下細胞甚至單細胞中回收高質(zhì)量總RNA。
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品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
Thermo/ABI | KIT0204 | ARCTURUS PicoPure™ RNA Isolation Kit | 40 樣本 |
Thermo/ABI | KIT0214 | ARCTURUS PicoPure™ RNA Isolation Kit | 200 樣本 |
去DNA
Ambion Turbo DNA-free kit 除DNA試劑盒能夠*地消化DNA,，并去除消化后的酶和二價陽離子,。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Thermo/Invitrogen | AM1907 | TURBO DNA-free™ Kit | 50 reactions |
去rRNA
Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Human/Mouse/Rat)試劑用于從人、小鼠,、大鼠樣本中去除細胞質(zhì)核糖體RNA,。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Illumina/Epicentre | MRZH116 | Ribo-Zero rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat) | 6反應(yīng) |
| Illumina/Epicentre | MRZH11124 | Ribo-Zero rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat) | 24反應(yīng) |
RiboMinus Eukaryote Kit 除核糖體RNA
細菌mRNA提取
MICROBExpress™ Kit細菌mRNA富集試劑盒通過從總RNA除去rRNA來提取細菌mRNA。
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| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Thermo/Invitrogen | AM1905 | MICROBExpress™ Bacterial mRNA Enrichment Kit | 20 次 |
PCR產(chǎn)物純化
DNA Clean & Concentrator™-5試劑盒用于純化高達5μg DNA,，DNA可來自PCR,，核酸內(nèi)切酶消化、DNA修飾,、同位素/熒光標記等生化反應(yīng),。洗脫DNA適用于PCR、微陣列,、連接和測序等,。該產(chǎn)品有助于去除DNA聚合酶、修飾酶,、RNA聚合酶,、連接酶、激酶、核酸酶,、磷酸酶和限制性內(nèi)切核酸酶,，以及游離dNTP及其類似物，包括放射性標記和熒光衍生物,。
訂購信息
| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Zymo | D4013 / D4014 | DNA Clean & Concentrator™-5,，封端柱子 | 50/200次 |
| Zymo | D4003/D4004/D4003T | DNA Clean & Concentrator™-5，無封端柱子 | 50/200/10 |
磁珠純化
| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 |
| Beckman | A63987 | RNAClean-XP |
| VDOBIOTECH | MS04T | Oligo（dT）磁珠 |
| VDOBIOTECH | CNGS-0005 | CleanNA |
| VDOBIOTECH | MS02H/MYS300H/MA300H | 核酸提取磁珠 |
細胞核分離
Nuclei EZ Prep細胞核分離試劑盒用于從哺乳動物細胞中快速分離胞核,。該試劑盒可從通用細胞類型獲得高得率細胞核,。適合為染色質(zhì)、基因組DNA,、組蛋白和核RNA/RNP提供細胞核來源,，為體外凋亡檢測、功能性研究（如細胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)檢查）制備細胞核,。
訂購信息
| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| Sigma | NUC101 | Nuclei EZ Prep | 1 Kit |
三,、文庫構(gòu)建
建庫：去除rRNA之后獲得的mRNA進行構(gòu)建文庫，先對mRNA打斷再進行反轉(zhuǎn)錄的文庫構(gòu)建方法,。之后反轉(zhuǎn)的cDNA再末端修復(fù)到平末端,，加上ployA和接頭
| 品牌 | 貨號 | 名稱 |
| KC | DR085-01/02 | KC-Digital Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina® |
| KC | DLR087-01/02 | KC-Digital Total RNA-seq Library Prep Kit for Illumina® |
| KC | NR084-01/02 | KC Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina® |
| KC | NR086-01/02 | KC Total mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina |
| Rubicon | R500653 | SMARTer® microRNA-Seq Kit |
四、測序試劑盒
測序：SE測序-單端測序,；PE測序-雙端測序,；一般現(xiàn)在用的是PE測序。
UID轉(zhuǎn)錄組建庫試劑盒
- 省時同時構(gòu)建8個文庫僅5小時,，時間節(jié)省30％
- 省力無需第二鏈合成等步聚,，操作簡便
- 省心建庫起始量低至100ng
- 測序結(jié)果與qPCR結(jié)果高度一致
| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| KC | DRO85－01/DRO85－02 | KC-DigitalTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina® | 24次/96次 |
| KC | DLRO87－01/DLRO87－02 | KC-DigitalTM Total RNA-seq Library Prep Kit forIllumina® | 24次/96次 |
RNA鏈特異性建庫試劑盒
- 省時同時構(gòu)建8個文庫僅5小時，時間節(jié)省30％
- 省力無需第二鏈合成等步聚,，操作簡便
- 省心建庫起始量低至100ng
| 品牌 | 貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
| KC | NR084-01 / NR084-02 | KCTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina® | 24次/96次 |
| KC | NLR086-01 / NLR086-02 | KCTM Total RNA-seq Library Prep Kit for Illumina® | 24次/96次 |
關(guān)于Illuminna,、Takara、Rubicon,、Kapa等試劑盒詳情請聯(lián)系
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