Chromatin Immunoprecipitation(ChIP)實驗技術(shù)總結(jié)

ChIP是一項比較流行的研究轉(zhuǎn)錄因子（transcriptionfactor,TF）與啟動子（promoter）相互結(jié)合的實驗技術(shù),。由于ChIP采用甲醛固定活細(xì)胞或者組織的方法,，所以能比較真實的反映細(xì)胞內(nèi)TF與Promoter的結(jié)合情況。當(dāng)用甲醛處理時,，相互靠近的蛋白與蛋白,，蛋白與核酸（DNA或RNA）之間會產(chǎn)生共價鍵,。細(xì)胞內(nèi)，當(dāng)TF與Promoter相互結(jié)合（生物意義上的結(jié)合）時,，它們必然靠的比較近,，或者契合在一起，這個時候用甲醛處理,，能使它們之間產(chǎn)生共價鍵,。

原理：活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)/DNA復(fù)合物—超聲或酶處理將其隨機(jī)切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段—抗原抗體的特異性識別反應(yīng)沉淀此復(fù)合體—特異性富集與目的蛋白結(jié)合的DNA片段—對目的片斷進(jìn)行純化與檢測—獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。

對于剛接觸ChIP實驗的同學(xué),，丁香園lorry_zgf師兄的實力技術(shù)總結(jié)肯定會讓您豁然開朗,！

一：細(xì)胞篇

細(xì)胞的生長狀態(tài)要好。因為細(xì)胞的生長狀態(tài)直接影響細(xì)胞內(nèi)部的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),，也很有可能影響你所研究的TF與其靶Promoter的結(jié)合,。一般細(xì)胞長到75％-80％比較好。

二：抗體篇

抗體是實驗成敗的致命因素之一,！必須是IP級別的抗體,。單抗與多抗的選擇也需要仔細(xì)考慮。兩種抗體各有利弊,。單抗特異性強(qiáng),，背景低。但是單抗有一個致命的弱點,，就是識別位點單一，而在ChIP甲醛交聯(lián)的過程中,，很有可能該位點被其它蛋白或核酸結(jié)合而被封閉,，導(dǎo)致單抗不能識別靶蛋白。多抗雖然沒有這個問題,，但是多抗特異性較差,，背景可能會偏高。一般而言,，如果沒有十足把握（單抗的識別位點遠(yuǎn)離靶蛋白與核酸結(jié)合的區(qū)域）,，選擇多抗比較穩(wěn)妥一些。

三：交聯(lián)與超聲破碎篇

交聯(lián)的程度會影響到超聲破碎的效果,，交聯(lián)的程度越高,，超聲破碎就越不易把基因組打碎成小片段。
交聯(lián)不充分,，只有一部分靶蛋白與其Promoter相結(jié)合,，富集得到的Promoter的量不高，實驗假陰性,。交聯(lián)過充分,，基因組上結(jié)合了太多的蛋白,，對超聲破碎造成障礙。另外也會增加背景,。一般來講,，按照我的經(jīng)驗，交聯(lián)條件取決于細(xì)胞類型,。不同的細(xì)胞系,，交聯(lián)的條件也不一樣。例如：NIH-3T3的交聯(lián)條件是室溫（25攝氏度）下15min,，1％的甲醛濃度,，而別的細(xì)胞系則可能*不一樣。而超聲破碎的條件,，機(jī)器不一樣,，條件也不一樣。當(dāng)然如果你有bioruptor這樣的神器,，那么超聲破碎對你而言就是小菜一碟了,。一般，理想的超聲破碎得到的片段大小是200bp-1000bp,。但是200bp-2000bp的范圍也是可以接受的,。

四：操作篇

盡可能的保持低溫（4度）。沉淀的時候可以先在4度放置一會,，等它自然沉降一些,，再超低轉(zhuǎn)速（500rpm等）離心使其*沉降。說明書上說ChIP實驗的過程中有幾個可以停頓的地方,，能夠連續(xù)做完,，直到PCR結(jié)果出來為止。盡量避免實驗中不可預(yù)知的影響因素,。

五：解交聯(lián)篇

說明書上說4小時已經(jīng)足夠,，但建議解交聯(lián)過夜。因為在那樣的環(huán)境里,，DNA不會降解,，過夜解交聯(lián)更充分些。只是不要忘記在EP管口封上封口膜,。

六：DNA片段的回收篇

樣品中SDS樣品較高,，普通的PCR產(chǎn)物回收試劑盒回收，很有可能會在zui終的樣品中混入SDS,，影響PCR實驗結(jié)果,。小Tip：過柱前，在樣品中加入一定量的異丙醇,，能有效的消除SDS沉淀,。