操作條件對于色譜分離有很大影響。
     柱長,，柱內(nèi)徑：一般講,，柱管增長，可改善分離能力,，短則組分餾出的快些,；柱內(nèi)徑小分離效果好，柱內(nèi)徑大處理量大,，但柱內(nèi)徑過大,，將導(dǎo)致?lián)w不能均勻地分布在色譜柱中。分析用柱管一般內(nèi)徑為3-6毫米,，柱長為1-4米,。
     柱溫：是一個重要的操作變數(shù)，直接影響分離效能和分析速度,。選擇柱溫的根據(jù)是混合物的沸點范圍,，固定液的配比和鑒定器的靈敏度。提高柱溫可縮短分析時間,；降低柱溫可使色譜柱選擇性增大,，有利于組分的分離和色譜柱穩(wěn)定性提高，柱壽命延長,。一般采用等于或高于數(shù)十度于樣品的平均沸點的柱溫為較合適,，對易揮發(fā)樣用低柱溫,，不易揮發(fā)的樣品采用高柱溫。
     載氣流速：載氣流速是決定色譜分離的重要原因之一,。一般講流速高色譜峰狹,，反之則寬些，但流速過高或過低對分離都有不利的影響,。流速要求要平穩(wěn),，常用的流速范圍每分鐘在10-100亳升之間。
     固定相：固定相是由固體吸附劑或涂有固定液的擔(dān)體構(gòu)成,。
（1）固體吸附劑或擔(dān)體粗細：一般采用40-60目,、60-80目、80-100目,。當(dāng)用同等長度的柱子,，顆粒細的分離效率就要比粗的好些。
（2）固定液含量：固定液含量對分離效率的影響很大,，它與擔(dān)體的重量比一般用15%-25%,。比例過大有損于分離，比例過小會使色譜峰拖尾,。
    進樣：一般講進樣快,，進樣量小，進樣溫度高其分離效果好,。對進液體樣,，速度要快，汽化溫度要高于樣品中高沸點組分的沸點值,，一次汽化,，保證色譜峰形不致展寬、使柱效高,。當(dāng)進樣量在一定限度時,，色譜峰的半峰寬是不變的。若進樣量過多就會造成色譜柱超載,。一般講柱長增加四倍,，樣品的許可量增加一倍。對于常規(guī)分析,，液體進樣量為1-20微升,；氣體進樣量為0.1-5毫升。