操作條件對于色譜分離有很大影響。
     柱長,，柱內(nèi)徑：一般講,，柱管增長，可改善分離能力,，短則組分餾出的快些,；柱內(nèi)徑小分離效果好，柱內(nèi)徑大處理量大,，但柱內(nèi)徑過大，將導(dǎo)致?lián)w不能均勻地分布在色譜柱中,。分析用柱管一般內(nèi)徑為3-6毫米,，柱長為1-4米。
     柱溫：是一個重要的操作變數(shù),，直接影響分離效能和分析速度,。選擇柱溫的根據(jù)是混合物的沸點(diǎn)范圍，固定液的配比和鑒定器的靈敏度,。提高柱溫可縮短分析時間,；降低柱溫可使色譜柱選擇性增大，有利于組分的分離和色譜柱穩(wěn)定性提高,，柱壽命延長,。一般采用等于或高于數(shù)十度于樣品的平均沸點(diǎn)的柱溫為較合適,，對易揮發(fā)樣用低柱溫，不易揮發(fā)的樣品采用高柱溫,。
     載氣流速：載氣流速是決定色譜分離的重要原因之一,。一般講流速高色譜峰狹，反之則寬些,，但流速過高或過低對分離都有不利的影響,。流速要求要平穩(wěn),，常用的流速范圍每分鐘在10-100亳升之間,。
     固定相：固定相是由固體吸附劑或涂有固定液的擔(dān)體構(gòu)成。
（1）固體吸附劑或擔(dān)體粗細(xì)：一般采用40-60目,、60-80目,、80-100目,。當(dāng)用同等長度的柱子,，顆粒細(xì)的分離效率就要比粗的好些。
（2）固定液含量：固定液含量對分離效率的影響很大,，它與擔(dān)體的重量比一般用15%-25%,。比例過大有損于分離,，比例過小會使色譜峰拖尾,。
    進(jìn)樣：一般講進(jìn)樣快，進(jìn)樣量小,，進(jìn)樣溫度高其分離效果好,。對進(jìn)液體樣，速度要快,，汽化溫度要高于樣品中高沸點(diǎn)組分的沸點(diǎn)值,，一次汽化，保證色譜峰形不致展寬,、使柱效高,。當(dāng)進(jìn)樣量在一定限度時，色譜峰的半峰寬是不變的,。若進(jìn)樣量過多就會造成色譜柱超載,。一般講柱長增加四倍，樣品的許可量增加一倍,。對于常規(guī)分析,，液體進(jìn)樣量為1-20微升；氣體進(jìn)樣量為0.1-5毫升,。