在生物活體內(nèi)，生物體有自身的免疫系統(tǒng)保護細胞或組織,，但是在體外培養(yǎng)時,，沒有任何保護自己的免疫屏障。對于二氧化碳培養(yǎng)箱的基本參數(shù)溫度,、CO2 和濕度,，大多數(shù)培養(yǎng)箱都能滿足研究實驗的需要。然而,，針對培養(yǎng)過程中面臨的各種污染源,，各品牌二氧培養(yǎng)箱的控制方式和效果不盡相同，因此細胞體外培養(yǎng)中zui大的威脅實際上是污染問題,。
二氧化碳培養(yǎng)箱中的主要污染源：細菌,、真菌（霉菌和酵母菌）,、病毒、支原體,、非同種細胞,。
對于細胞來說，非常理想的培養(yǎng)環(huán)境同樣也適合這些污染物的生存,，培養(yǎng)箱本身是不會辨別的,，而細胞培養(yǎng)中大部分時間里細胞都是位于培養(yǎng)箱內(nèi)，因此箱體內(nèi)能否抑菌或滅菌非常關(guān)鍵,！
細菌：細菌污染后,，培養(yǎng)基1-2天就會變色，對細胞生長影響明顯,，應(yīng)迅速將污染細胞與其它細胞系隔離,，滅菌后丟棄，還要用實驗室消毒劑消毒培養(yǎng)器皿和超凈臺,。
病毒：由于病毒寄生生存,，爆發(fā)后盡快和正常細胞隔離，丟棄處理,，相對來說容易處理,，對操作者威脅較大；盡管病毒污染的細胞不影響原代培養(yǎng),，但生產(chǎn)疫苗是不安全的,。因此，潛在病毒是細胞大量生產(chǎn)和疫苗,、干擾素等生物制品制作中的難題,。
真菌（霉菌和酵母菌）：真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發(fā)現(xiàn),，但是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細胞就被污染了,；目前沒有好的抑制方法，包括現(xiàn)在常用的兩性霉素,，一旦污染容易反復爆發(fā),，尤其孢子很難殺滅。
支原體：支原體污染后,，因為它們不會使細胞死亡可以與細胞長期共存,，培養(yǎng)基一般不發(fā)生渾濁，細胞無明顯變化,，外觀上給人以正常感覺,，實則細胞已經(jīng)受到多方面潛在影響，如引起細胞變形，影響DNA合成,，抑制細胞生長等,，往往被大多數(shù)實驗者忽視,。
非同種細胞：即細胞交叉污染,，由于細胞培養(yǎng)操作時各細胞株所需的器材和溶液沒有嚴格分開，往往會使一種細胞被另一種細胞污染,。目前,，世界上已有幾十種細胞都被HeLa細胞所污染，致使許多實驗宣告無效,。
因此,，以上污染一旦發(fā)生，細胞zui后基本只能丟棄,，實驗無法挽救,，對于許多取樣困難的實驗損失無法估量！
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