在生物活體內(nèi),，生物體有自身的免疫系統(tǒng)保護(hù)細(xì)胞或組織，但是在體外培養(yǎng)時(shí),，沒有任何保護(hù)自己的免疫屏障,。對(duì)于二氧化碳培養(yǎng)箱的基本參數(shù)溫度、CO2 和濕度,，大多數(shù)培養(yǎng)箱都能滿足研究實(shí)驗(yàn)的需要,。然而，針對(duì)培養(yǎng)過程中面臨的各種污染源,，各品牌二氧培養(yǎng)箱的控制方式和效果不盡相同,，因此細(xì)胞體外培養(yǎng)中zui大的威脅實(shí)際上是污染問題。
二氧化碳培養(yǎng)箱中的主要污染源：細(xì)菌,、真菌（霉菌和酵母菌）,、病毒、支原體,、非同種細(xì)胞,。
對(duì)于細(xì)胞來說，非常理想的培養(yǎng)環(huán)境同樣也適合這些污染物的生存,，培養(yǎng)箱本身是不會(huì)辨別的,，而細(xì)胞培養(yǎng)中大部分時(shí)間里細(xì)胞都是位于培養(yǎng)箱內(nèi)，因此箱體內(nèi)能否抑菌或滅菌非常關(guān)鍵！
細(xì)菌：細(xì)菌污染后,，培養(yǎng)基1-2天就會(huì)變色,，對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)影響明顯，應(yīng)迅速將污染細(xì)胞與其它細(xì)胞系隔離,，滅菌后丟棄,，還要用實(shí)驗(yàn)室消毒劑消毒培養(yǎng)器皿和超凈臺(tái)。
病毒：由于病毒寄生生存,，爆發(fā)后盡快和正常細(xì)胞隔離,，丟棄處理，相對(duì)來說容易處理,，對(duì)操作者威脅較大,；盡管病毒污染的細(xì)胞不影響原代培養(yǎng)，但生產(chǎn)疫苗是不安全的,。因此,，潛在病毒是細(xì)胞大量生產(chǎn)和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題,。
真菌（霉菌和酵母菌）：真菌生長(zhǎng)的比較慢,，不象細(xì)菌那么容易被發(fā)現(xiàn)，但是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細(xì)胞就被污染了,；目前沒有好的抑制方法,，包括現(xiàn)在常用的兩性霉素，一旦污染容易反復(fù)爆發(fā),，尤其孢子很難殺滅,。
支原體：支原體污染后，因?yàn)樗鼈儾粫?huì)使細(xì)胞死亡可以與細(xì)胞長(zhǎng)期共存,，培養(yǎng)基一般不發(fā)生渾濁,，細(xì)胞無明顯變化，外觀上給人以正常感覺,，實(shí)則細(xì)胞已經(jīng)受到多方面潛在影響,，如引起細(xì)胞變形，影響DNA合成,，抑制細(xì)胞生長(zhǎng)等,，往往被大多數(shù)實(shí)驗(yàn)者忽視。
非同種細(xì)胞：即細(xì)胞交叉污染,，由于細(xì)胞培養(yǎng)操作時(shí)各細(xì)胞株所需的器材和溶液沒有嚴(yán)格分開,，往往會(huì)使一種細(xì)胞被另一種細(xì)胞污染。目前,，世界上已有幾十種細(xì)胞都被HeLa細(xì)胞所污染,，致使許多實(shí)驗(yàn)宣告無效。
因此，以上污染一旦發(fā)生,，細(xì)胞zui后基本只能丟棄,，實(shí)驗(yàn)無法挽救，對(duì)于許多取樣困難的實(shí)驗(yàn)損失無法估量,！
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