對于細胞來說，非常理想的培養(yǎng)環(huán)境同樣也適合這些污染物的生存,，培養(yǎng)箱本身是不會辨別的,，而細胞培養(yǎng)中大部分時間里細胞都是位于培養(yǎng)箱內(nèi)，因此二氧化碳培養(yǎng)箱體內(nèi)能否抑菌或滅菌非常關鍵,。
病毒：由于病毒寄生生存,，爆發(fā)后盡快和正常細胞隔離,，丟棄處理,，相對來說容易處理,，對操作者威脅較大;盡管病毒污染的細胞不影響原代培養(yǎng),，但生產(chǎn)疫苗是不安全的。因此,，潛在病毒是細胞大量生產(chǎn)和疫苗,、干擾素等生物制品制作中的難題。
真菌（霉菌和酵母菌）：真菌生長的比較慢,，不象細菌那么容易被發(fā)現(xiàn),，但是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細胞就被污染了;目前沒有好的抑制方法，包括現(xiàn)在常用的兩性霉素,，一旦污染容易反復爆發(fā),，尤其孢子很難殺滅。
支原體：支原體污染后,，因為它們不會使細胞死亡可以與細胞長期共存,，培養(yǎng)基一般不發(fā)生渾濁,，細胞無明顯變化，外觀上給人以正常感覺,，實則細胞已經(jīng)受到多方面潛在影響,，如引起細胞變形，影響DNA合成,，抑制細胞生長等,，往往被大多數(shù)實驗者忽視。
細菌：細菌污染后,，培養(yǎng)基1-2天就會變色,，對細胞生長影響明顯,，應迅速將污染細胞與其它細胞系隔離,，滅菌后丟棄，還要用實驗室消毒劑消毒培養(yǎng)器皿和超凈臺,。
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