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熒光PCR檢測進(jìn)入“分鐘”級時(shí)代:百泰克23分鐘RNA檢測技術(shù)

閱讀:1861          發(fā)布時(shí)間:2022-9-1

新冠疫情的爆發(fā),,使得全球卷入了這場沒有硝煙的戰(zhàn)斗中


等溫?cái)U(kuò)增



核酸檢測是確診 SARS-CoV-2 感染的最主要依據(jù),。目前可用于 RNA 病毒的核酸檢測技術(shù)主要有基因測序,、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、等溫核酸擴(kuò)增等,。其中熒光定量PCR檢測方法是*方案,。


然而反轉(zhuǎn)錄實(shí)時(shí)熒光定量 PCR(RT-qPCR)的檢測方法需要依賴溫控精度良好的熱循環(huán)儀,并且PCR反應(yīng)中必須的變性,、退火和延伸步驟,,使整個(gè)擴(kuò)增檢測時(shí)間較長,難以實(shí)現(xiàn)對SARS-CoV-2的現(xiàn)場快速檢測,。


核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)無需熱循環(huán)儀,,擴(kuò)增反應(yīng)效率高、速度快,,非常適合于病原體核酸的現(xiàn)場快速檢測,。因此不少相關(guān)從業(yè)人員,都曾把核酸快速檢測的希望,,寄托于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)上面,。




不同等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)優(yōu)劣



不少核酸等溫?cái)U(kuò)增方法已相繼被用于SARS-CoV-2的檢測。包括依賴核酸序列的擴(kuò)增技術(shù)(NASBA),、重組酶聚合酶擴(kuò)增技術(shù)(RPA),、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(LAMP)、交叉引發(fā)擴(kuò)增技術(shù)(CPA),、切刻內(nèi)切酶核酸擴(kuò)增反應(yīng)(NEAR)等,。


這些技術(shù)原理各異,產(chǎn)物檢測方法各不相同,,造成它們在檢測SARS-CoV-2時(shí)的靈敏度,、特異性、靶標(biāo)基因,、所需儀器,、檢測時(shí)間等方面存在差異,。


下圖所示是已經(jīng)獲得國家藥監(jiān)局批準(zhǔn)的主要的核酸等溫?cái)U(kuò)增檢測核酸技術(shù),及其相關(guān)情況:


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數(shù)據(jù)來源:馬學(xué)軍5



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市面上這幾種等溫?cái)U(kuò)增的方法各有優(yōu)缺點(diǎn),,以下來分析




SAT是在 NASBA 技術(shù)的基礎(chǔ)上,,進(jìn)一步提高了檢測的靈敏度和特異性,但是并未能從根本上克服NASBA 技術(shù)反應(yīng)時(shí)間長的問題,。


熒光RT-RAA法熒光RAA方法靈敏度較高,。但是對樣品核酸品質(zhì)要求較高,需要搭配傳統(tǒng)的提取方法,。并且樣品同一時(shí)間只能檢測單一靶標(biāo)基因,。


CPA實(shí)時(shí)熒光法:CPA擴(kuò)增產(chǎn)物采用分子信標(biāo)進(jìn)行檢測,然而這個(gè)方法的通量太小,。此外交叉引物的設(shè)計(jì)要求較高,,在研發(fā)過程中,引物的篩選和測試,,十分繁瑣,。這可能會(huì)造成基于該技術(shù)的檢測試劑平臺(tái)開發(fā)周期較長。


LAMP芯片法:可利用肉眼觀察顏色變化,,或灰度檢測來判讀檢測結(jié)果,,雖然降低了對儀器設(shè)備的要求,適合在資源有限和經(jīng)濟(jì)不發(fā)達(dá)地區(qū)開展核酸檢測,,然而主觀判斷顏色變化存在較大個(gè)體差異,,有可能影響結(jié)果判讀。


此外國外,,曾經(jīng)有相關(guān)研究人員就病毒檢測,,針對LAMP 實(shí)驗(yàn)方法,以及商品化新冠檢測試劑盒的作一個(gè)對比,,對不同濃度的陽性樣品進(jìn)行檢測對比,結(jié)果如下表所示:


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結(jié)果顯示在中低濃度的陽性樣品中,,LAMP法與熒光定量PCR對比,,陽性檢出率較低,而且檢測下限也較差,。



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除了上述提到的情況外,,等溫?cái)U(kuò)增還有以下一些問題




1、樣品前處理(核酸提?。┦堑葴?cái)U(kuò)增一個(gè)主要制約因素,。


2、如何實(shí)現(xiàn)單管閉管條件下的多重或多靶標(biāo)等溫?cái)U(kuò)增檢測,,并同時(shí)具有高靈敏度和特異性,,也是亟待解決的技術(shù)難題,。


3、在理論上等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)不能夠通過反應(yīng)時(shí)間來指示核酸擴(kuò)增量,,這難以實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的定量檢測,,更加適合于半定量或定性檢測。


4,、某些等溫?cái)U(kuò)增方法,,如 LAMP 等溫?cái)U(kuò)增涉及多個(gè)引物,往往需要通過優(yōu)化引物設(shè)計(jì)來確保核酸檢測的特異性與靈敏度,,這提高了其技術(shù)實(shí)現(xiàn)難度,。


現(xiàn)階段而言,某些等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)具有一定現(xiàn)場應(yīng)用的前景,,然而目前的產(chǎn)品通量偏低,,時(shí)間偏長和靈敏度偏低,還是限制了這項(xiàng)技術(shù)的應(yīng)用場景,。這些缺點(diǎn)限制了等溫?cái)U(kuò)增的發(fā)展,,也造成了等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)空有好的設(shè)想?yún)s遲遲無法落地的困境。


那有沒有既兼具了等溫?cái)U(kuò)增快速,、儀器簡單的特點(diǎn),,而又有傳統(tǒng)熒光定量PCR特異性好、準(zhǔn)確度高的檢測方法,?答案是有的,。快速熒光定量PCR就是這個(gè)問題的解決方法,。它既有傳統(tǒng)熒光定量PCR準(zhǔn)確度高,,靈敏度好的特點(diǎn),而又通過技術(shù)革新,,具備比等溫?cái)U(kuò)增更快速完成實(shí)驗(yàn)的能力,。




革新



傳統(tǒng)的熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)時(shí)間長,是由于受到儀器升降溫速度,,以及傳熱的效率所限,,整個(gè)實(shí)驗(yàn)時(shí)間時(shí)長一般為70-120分鐘。


一般來說,,熒光定量PCR反應(yīng)的溫度條件是較為固定的,,既然無法改變溫度條件,若想提高整個(gè)實(shí)驗(yàn)的速度,,那么只能從兩方面著手進(jìn)行優(yōu)化:一是提升溫控性能,,二是提高熱傳遞效率。


百泰克公司歷時(shí)三年研發(fā)的PCR儀,,就是從這兩方面入手,,打破傳統(tǒng)熒光PCR反應(yīng)時(shí)間的枷鎖,,為整個(gè)熒光定量PCR技術(shù)帶來革新。

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百泰克快速熒光定量PCR儀BTK-8,,采用先進(jìn)的升降溫模塊,,升降溫可達(dá)12℃/s,平均升降溫速度為10℃/s,,為傳統(tǒng)熒光PCR儀的3-5倍,。由于變溫PCR反應(yīng)時(shí),溫度需要從58℃提升至95℃,,再降至58℃,,如此循環(huán)40~45次,因此升降溫速率的提升可將原本70-120min的檢測提速至20~30min完成,。


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耗材方面,,BTK-8摒棄了傳統(tǒng)的0.1ml、0.2ml PCR反應(yīng)管,,采用新型的注塑工藝與柔性膜結(jié)合技術(shù),,研發(fā)芯片式反應(yīng)耗材,適合大規(guī)模機(jī)械化生產(chǎn),,成本進(jìn)一步降低,。


單個(gè)芯片包含有10個(gè)獨(dú)立的樣品孔,芯片加樣孔較小,,不容易與空氣進(jìn)行交換,,從而大大降低了孔洞間的氣溶膠交叉污染的可能性,檢測體系具有超高的檢測準(zhǔn)確性,,可達(dá)到ABI Q6同等靈敏度,,且芯片加樣無需離心去掉氣泡,操作起來更加便捷,。


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從下表可以看出,,現(xiàn)在BTK-8這款快速定量PCR儀,已經(jīng)能把實(shí)驗(yàn)時(shí)間壓縮至30分鐘以下,,而且檢測下限能夠達(dá)到200 copies/ml,,能滿足現(xiàn)在的檢測需求。相比于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),,快速熒光PCR的時(shí)間更短、準(zhǔn)確性更高,。


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結(jié)語



在過去的時(shí)間內(nèi),,等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)憑借其簡單快速、便于在基層單位推廣的特點(diǎn),,在部分人畜共患病,、婦科惡性腫瘤,、以及多種呼吸道疾病的檢測中發(fā)揮著一定的作用。然而伴隨著BTK-8快速熒光PCR儀的橫空出世,,使得相關(guān)的檢測有了一個(gè)更好的選擇,。能提供更快捷、準(zhǔn)確實(shí)驗(yàn)結(jié)果的快速熒光定量PCR儀,,將會(huì)替代等溫?cái)U(kuò)增的檢測手段,,在多個(gè)領(lǐng)域中發(fā)揮巨大作用。


特別是在病毒疫情仍然全球流行的時(shí)期,,由于各國防控情況不平衡,,病毒或?qū)⒃谙喈?dāng)長的一段時(shí)間內(nèi)與人類共存,甚至有可能會(huì)成為一種長期存在的一種呼吸道傳播病原體,。而在口岸快速排查,,基層發(fā)熱門診快速分流的實(shí)際需求,均要求能夠提供快速,、準(zhǔn)確,、有效的實(shí)驗(yàn)檢測結(jié)果。相比于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),、BTK-8快速熒光PCR儀則更能滿足這些場景的需求,。


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