液相色譜儀最常見的故障一是堵，二是漏,。下面就這兩點分別展開討論,。（注：流動相以甲醇為例，色譜柱以C18為例）“堵"的表現(xiàn)現(xiàn)象就是柱壓異常升高,，直接原因就是流路不暢,。

堵塞的主要位置就是在色譜柱的前端,，最主要原因就是流動相里有雜質(zhì)，雜質(zhì)的主要來源就是細菌,。  

首先我們要認識到,，一般的國產(chǎn)甲醇其實不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題,。即使是有些固態(tài)微粒雜質(zhì),，也能在液相流路系統(tǒng)最前端的過濾頭上排除，真正容易引起問題的,，是水中的細菌,。新制備的純水在室內(nèi)放置幾天就會長菌，而這些細菌雖然肉眼不可見,，卻足以堵塞柱填料顆粒的空隙,，造成柱子很快報廢。

解決它的方法很簡單,，就是確保水的可靠性,。這里有兩種方式推薦：
（1）當然是購買實驗室專用純水機，既方便又可靠,，質(zhì)量也放心,。缺點就是價格不菲。

（2） 成箱購買市售品牌純凈水,，如500ml 一支的怡寶或娃哈哈,，這些水的質(zhì)量足以應(yīng)付液相色譜的要求。

這里特別指出一個細節(jié)：在絕大多數(shù)書本上,，凡談到配制流動相都會談到最后有一個過濾的步驟,。

從使用的實際情況來看有幾點需要注意:
（1）流動相過濾實際操作時由于不可能做到專瓶專用，容易造成的交叉污染,，對于配比復(fù)雜的流動相影響更大,。所以用完后一定要沖洗干凈。用前不放心的話也可以沖洗下,。

指的是：流動相剛開始沒有長菌，在使用時卻產(chǎn)生了細菌污染,。這主要是在使用多元液相色譜儀時的一種不良使用習慣造成的,。
舉例子：50％的甲醇水流動相，有兩種使用方式,。一種方式是在上機前就配好混合在一起,，另一種方式是在流路A放純甲醇，流路B放純水,。
從單純實驗效果來說,，后一種有明顯的優(yōu)點：首先是簡單,，不需要實驗者另個計算配比混合，其次就是比例準確,，能得到保留時間重復(fù)性的實驗效果,。
但是，它有一個致命的缺陷,，就是純水在流動相瓶中幾天時間就會長細菌（很多情況下不僅僅用純水作流動相,，而是用緩沖鹽溶液，本身就是優(yōu)質(zhì)肥料,，細菌長得更迅速）,，一旦有細菌柱子就壞得很快,。所以這種方式要求操作人員每次實驗都要用新制備的純水,，更要求在每次實驗后把水相換掉，換成甲醇沖洗干凈,，這一點在實際工作中很多人意識不強,，就是意識到了但多次使用中總有一兩次會遺漏，但是往往這一兩次就足以產(chǎn)生致命的影響,。因為液相色譜柱的堵塞是不可逆的,。
"堵"的原因之三：不適當操作。
常見問題的有以下幾種：
（1）在更換零件時選擇的型號有誤,，或者管線材質(zhì)不達標,接口不是很匹配,，在擰緊的時候產(chǎn)生變形而使得管路堵塞。
（2）樣品處理液凈化得不干凈,，長期會在六通閥和柱之間形成阻塞不暢,。
（3）在使用手動六通閥時，有些人可能由于手勁小的原因,，轉(zhuǎn)動的不到位,，于是造成流路形成了死堵，壓力快速升高超過警戒值.自動進樣的情況類似,，若六通閥卡死,，也會形成死堵,導(dǎo)致超壓          （2）使用儀器不當
如果是輸送泵漏液，最常見的原因就是在活塞位置緩沖鹽析出造成,。