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流動相配制完畢后一定要通過溶劑過濾器（0.45或0.22µm）過濾水中的顆粒，這些顆粒很可能會造成色譜柱不可恢復(fù)的損害,，使色譜柱壓力增高,，柱效降低。流動相由于濃度較稀,，長時間放置容易滋生菌類,，因此流動相的壽命不應(yīng)該超過7天，如色譜柱和抑制器允許,，可以在流動相中添加適量有機溶解(如5%丙酮),，可以抑制菌類的生長。新流動相更替舊流動相時,，應(yīng)該先將色譜柱前的管路沖洗干凈后再連接色譜柱,。
從淋洗強度來看，對于常規(guī)陰離子,，碳酸納的能力遠遠強于碳酸氫鈉和氫氧化鈉,，而氫氧化鈉的能力略弱于氫氧化鈉，使用碳酸鈉/碳酸氫鈉緩沖體系可以兼顧到強弱關(guān)系，一般不使用梯度就可以完成較好的洗脫,，基線平整,；而氫氧化物由于只能采用濃度的方式，梯度洗脫是其常用的方法,，基線有可能漂移,，但氫氧化物抑制后產(chǎn)物為水，背景電導(dǎo)比碳酸鹽系統(tǒng)的背景（碳酸）要低很多,，這樣噪音相對小一些,，碳酸鹽系統(tǒng)增加二氧化碳抑制裝置可以達到同樣的基線背景。
對于某些分析,，流動相中加入適量的有機溶劑可以達到一定的效果,。如樣品含有機物較多，流動相中添加乙腈或丙酮可以減少有機雜質(zhì)在色譜柱上的保留,，從而延長色譜柱的使用壽命,。而某些離子在添加有機溶劑后保留時間有很大的變化，這樣可以將原本無機鹽體系無法分析的離子加以分離,。
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