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當(dāng)ThruPLEX技術(shù)遇上FFPE樣本,，會帶來怎樣的“*操作”,！
閱讀：1397發(fā)布時(shí)間：2020-10-12
Formalin Fixed and Paraffin Embedded
FFPE樣本作為生物和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的重要樣本來源，廣受研究者的青睞,。由于樣本固定和儲存過程中,，容易發(fā)生核酸的降解和損傷，因此獲得符合測序質(zhì)量要求的文庫通常很具有挑戰(zhàn)性,。那么面對做DNA-Seq的FFPE樣本,，應(yīng)該如何應(yīng)對呢？
“想要隨心所欲的進(jìn)行FFPE-DNA樣本文庫構(gòu)建”,，
這個(gè)神器值得擁有
?
【SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit】
“飛一般感覺”的操作
FFPE樣本珍貴,，擔(dān)心在文庫制備時(shí)損失？選擇它吧,。
該試劑盒利用ThruPLEX技術(shù),，通過使用特殊的莖環(huán)形接頭，實(shí)現(xiàn)了更加簡潔高效的實(shí)驗(yàn)流程和更短時(shí)間的手動(dòng)操作,。從起始DNA樣本到可用于上機(jī)測序的文庫僅需要三步2小時(shí)的操作,。特別需要說明的是,，整個(gè)操作是在一個(gè)反應(yīng)管中即可完成，中間不需要純化,，能很大程度的減少樣本的污染和損失,！
技術(shù)概要：
(圖片來源于Takara Bio Inc.)
“*”的文庫質(zhì)量
FFPE樣本降解嚴(yán)重，害怕不能得到高質(zhì)量文庫,？選擇它吧,。
Takara嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)據(jù)評測：使用100 ng的FFPE-DNA樣品，分別使用本試劑盒,、A公司試劑盒和B公司試劑盒制備文庫,，然后使用Illumina NextSeq 500（2×76bp）測序分析。相比于其他公司試劑盒,，以FFPE樣品起始時(shí),，使用本試劑盒可以獲得多樣性更好的文庫,。另外,，使用本試劑盒制備的文庫，在不同GC含量范圍內(nèi)可以產(chǎn)生更均勻的覆蓋分布,。
(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio Inc.)
“經(jīng)得起檢驗(yàn)”-文獻(xiàn)引用加持
說得好不如做得好,，應(yīng)用文獻(xiàn)的真實(shí)反饋可供參考，選擇它吧,。
2018年7月20日發(fā)表在《npj Genomic Medicine》題為Recurrent loss of heterozygosity correlates with clinical outcome in pancreatic neuroendocrine cancer的文章,。本研究利用全基因組測序技術(shù)（WGS）分析了胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌瘤的拷貝數(shù)變異情況，結(jié)果表明,，胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的染色體雜合性的缺失與臨床預(yù)后相關(guān),。實(shí)驗(yàn)以3-50 ng的微量FFPE-DNA樣本起始，使用ThruPLEX-FD Kit（現(xiàn)為ThruPLEX DNA-Seq Kit）制備文庫,，并通過WGS與微陣列結(jié)果來驗(yàn)證拷貝數(shù)變異（CNV）,。
以上內(nèi)容都佐證了以降解樣本起始時(shí)，使用該試劑盒可以得到高品質(zhì)的文庫,！
所以,，恰好您要用FFPE樣本進(jìn)行基因組分析，恰好我有SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit,。世間好物雖多,，但它值得嘗試！
重慶市華雅干細(xì)胞技術(shù)有限公司擁有TAKARA授權(quán)Clontech品牌代理,，正品現(xiàn)貨,，歡迎咨詢！
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