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單細(xì)胞全基因組測(cè)序技術(shù)是在單細(xì)胞水平對(duì)全基因組進(jìn)行擴(kuò)增與測(cè)序的一項(xiàng)技術(shù),，其原理是對(duì)分離的單個(gè)細(xì)胞的微量全基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增，獲得高覆蓋率的完整的基因組后進(jìn)行高通量測(cè)序,，廣泛應(yīng)用于癌癥研究,、胚胎發(fā)育,、輔助生殖、細(xì)胞分化,、免疫機(jī)制,、微生物等方向的研究。
  獲得高覆蓋度高保真性的全基因組擴(kuò)增產(chǎn)物是準(zhǔn)確全面的測(cè)序結(jié)果的保障,。為了保證基因組高覆蓋度無(wú)偏好性的擴(kuò)增,，在單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)誕生的近二十年時(shí)間里，全基因組擴(kuò)增技術(shù)經(jīng)歷了幾次重大的變革,，WGA主要有三種方式：DOP-PCR,，MDA，MALBAC,。下面小編就來(lái)為大家介紹一下WGA技術(shù)的演變歷程,，以及怎樣根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪x擇相應(yīng)的擴(kuò)增方式。

（Degenerate Oligonucleotide–Primed Polymerase Chain Reaction）

  技術(shù)原理：簡(jiǎn)并寡核苷酸引物PCR,，引物的3' 含6bp的隨機(jī)序列,，可以隨機(jī)的和基因組DNA結(jié)合，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)全基因組的擴(kuò)增[1],。

  應(yīng)用范圍：因?yàn)镻CR的指數(shù)擴(kuò)增特性,，放大了基因組上不同序列之間的差異，因而導(dǎo)致擴(kuò)增出的基因組覆蓋度較低,。盡管如此,，在1M bin size的水平上，DOP-PCR適合對(duì)染色體的CNV進(jìn)行定量,。
 商品化試劑盒：Sigma-Aldrich, GenomePlex Single Cell Whole Genome Amplification Kit

（Multiple Displacement Amplification）

  技術(shù)原理：2001年由Laskin團(tuán)隊(duì)發(fā)明,，使用隨機(jī)的六聚體引物和φ29DNA聚合酶進(jìn)行反應(yīng)，該聚合酶具有很強(qiáng)的鏈置換特性,，能夠在等溫的條件下,，擴(kuò)增產(chǎn)生50~100kb的核酸片段。同時(shí)由于其3’-5’核酸外切酶活性和校對(duì)活性,，φ29 DNA聚合酶具有很高的復(fù)制保真性[2],。
  應(yīng)用范圍：MDA法比DOP-PCR擁有更高的基因組覆蓋度，φ29 DNA聚合酶的高效率及高保真性,，使得MDA法在對(duì)SNV的分析,，以及構(gòu)建大片段文庫(kù)上有著顯著優(yōu)勢(shì)。但是,，和DOP-PCR相同,，MDA法依然是指數(shù)擴(kuò)增，因此依然存在PCR反應(yīng)的序列偏好性,，然而,，和DOP-PCR不同的是，這種偏好性并不能重復(fù),，因此MDA法不適合進(jìn)行CNV的分析,。

  商品化試劑盒：Qiagen, REPLI-g Single Cell Kit。 

 (Multiple Annealing and Looping–Based Amplification Cycles)

  技術(shù)原理：2012年由謝曉亮團(tuán)隊(duì)發(fā)明,，擬線性的擴(kuò)增過程降低了指數(shù)擴(kuò)增的序列偏好性,。擴(kuò)增引物的5’含有27bp的共同序列，3’是8bp的隨機(jī)序列,，可以和模板在15~20℃的低溫下結(jié)合,，經(jīng)過8~12個(gè)循環(huán)的擬線性擴(kuò)增后，再對(duì)這些環(huán)狀的擴(kuò)增子進(jìn)行指數(shù)擴(kuò)增[3],。
  應(yīng)用范圍：MALBAC法的優(yōu)勢(shì)在于,，雖然它依然存在一定的序列偏好性，但和MDA不同,，MALBAC的這種偏好性在不同的細(xì)胞之間是可重復(fù)的,，因此可以通過對(duì)參考細(xì)胞標(biāo)準(zhǔn)化后，進(jìn)行CNV的分析,；另外,，由于其擴(kuò)增的均一性，MALBAC法擴(kuò)增的等位基因敲除率更低,。MALBAC的弱點(diǎn)在于,，它使用的聚合酶保真性不如φ29，因此MALBAC在檢測(cè)SNV時(shí)將會(huì)出現(xiàn)更多的假陽(yáng)性,；另外,，由于它可重復(fù)性的序列偏好性，基因組上低擴(kuò)增的區(qū)域有時(shí)會(huì)在擴(kuò)增過程中丟失,。

  商品化試劑盒：Yikon, Single Cell Whole Genome Amplification Kit.