影響電泳分離的主要因素：
1. 待分離生物大分子的性質(zhì)：待分離生物大分子所帶的電荷,、分子大小和性質(zhì)都會對電泳有明顯影響。一般來說,，
子帶的電荷量越大,、直徑越小、形狀越接近球形,，則其電泳遷移速度越快,。
2. 緩沖液的性質(zhì)：緩沖液的pH值會影響待分離生物大分子的解離程度，從而對其帶電性質(zhì)產(chǎn)生影響,，溶液pH值距離其等電點(diǎn)愈遠(yuǎn),，其所帶凈電荷量就越大，電泳的速度也就越大,，尤其對于蛋白質(zhì)等兩性分子,，緩沖液pH還會影響到其電泳方向，當(dāng)緩沖液pH大于蛋白質(zhì)分子的等電點(diǎn),，蛋白質(zhì)分子帶負(fù)電荷,，其電泳的方向是指向正極。為了保持電泳過程中待分離生物大分子的電荷以及緩沖液pH值的穩(wěn)定性,，緩沖液通常要保持一定的離子強(qiáng)度,，一般在0.02－0.2,，離子強(qiáng)度過低，則緩沖能力差,，但如果離子強(qiáng)度過高,，會在待分離分子周圍形成較強(qiáng)的帶相反電荷的離子擴(kuò)散層（即離子氛），由于離子氛與待分離分子的移動方向相反,，它們之間產(chǎn)生了靜電引力,，因而引起電泳速度降低。另外緩沖液的粘度也會對電泳速度產(chǎn)生影響,。
3. 電場強(qiáng)度：電場強(qiáng)度（V/cm）是每厘米的電位降,，也稱電位梯度。電場強(qiáng)度越大,，電泳速度越快,。但增大電場強(qiáng)度會引起通過介質(zhì)的電流強(qiáng)度增大，而造成電泳過程產(chǎn)生的熱量增大,。電流在介質(zhì)中所做的功（W）為：W=I2.R.t式中：I為電流強(qiáng)度,，R為電阻，t為電泳時間,。
　　電流所作的功絕大部分都轉(zhuǎn)換為熱,，因而引起介質(zhì)溫度升高，這會造成很多影響：
1,、 樣品和緩沖離子擴(kuò)散速度增加，引起樣品分離帶的加寬,；
2,、 產(chǎn)生對流，引起待分離物的混合,；
3,、 如果樣品對熱敏感，會引起蛋白變性,；
4,、 引起介質(zhì)粘度降低、電阻下降等等,。電泳中產(chǎn)生的熱通常是由中心向外周散發(fā)的,，所以介質(zhì)中心溫度一般要高于外周，尤其是管狀電泳,，由此引起中央部分介質(zhì)相對于外周部分粘度下降,，摩擦系數(shù)減小，電泳遷移速度增大,，由于中央部分的電泳速度比邊緣快,，所以電泳分離帶通常呈弓型,。降低電流強(qiáng)度，可以減小生熱,，但會延長電泳時間,，引起待分離生物大分子擴(kuò)散的增加而影響分離效果。所以電泳實(shí)驗(yàn)中要選擇適當(dāng)?shù)碾妶鰪?qiáng)度,，同時可以適當(dāng)冷卻降低溫度以獲得較好的分離效果,。
4. 電滲：液體在電場中，對于固體支持介質(zhì)的相對移動,，稱為電滲現(xiàn)象,。由于支持介質(zhì)表面可能會存在一些帶電基團(tuán)，如濾紙表面通常有一些羧基,，瓊脂可能會含有一些硫酸基,，而玻璃表面通常有Si-OH基團(tuán)等等。這些基團(tuán)電離后會使支持介質(zhì)表面帶電,，吸附一些帶相反電荷的離子,，在電場的作用下向電極方向移動，形成介質(zhì)表面溶液的流動,，這種現(xiàn)象就是電滲,。在pH值高于3時，玻璃表面帶負(fù)電,，吸附溶液中的正電離子,，引起玻璃表面附近溶液層帶正電，在電場的作用下,，向負(fù)極遷移,，帶動電極液產(chǎn)生向負(fù)極的電滲流。如果電滲方向與待分離分子電泳方向相同,，則加快電泳速度,；如果相反，則降低電泳速度,。
5. 支持介質(zhì)的篩孔：支持介質(zhì)的篩孔大小對待分離生物大分子的電泳遷移速度有明顯的影響,。在篩孔大的介質(zhì)中泳動速度快，反之,，則泳動速度慢,。

關(guān)于膠回收切膠的一點(diǎn)注意事項(xiàng)：
1. 電泳的buffer和gel都是新制的，切膠的臺子清理干凈,，刀片好洗凈滅菌,，總之一句話就是保證切下的帶沒有外源dna污染。
2. 切膠是要把整個目的片斷所在位置的膠全部回收,。為了減少膠的體積,，可以用相對比較薄的膠來做,，只要夠點(diǎn)樣即可，也可采用薄而寬的梳子來跑膠,。
3. 關(guān)于防護(hù),，在一般有機(jī)玻璃后就足夠了，戴上防護(hù)面具以保護(hù)眼睛,，如果戴樹脂眼鏡就可以了,。要是非常害怕紫外照射，或者對于膠有特殊要求,，例如要求不含EB,，可以采用點(diǎn)marker和帶刻度的尺子一起照相的方法來確定目的條帶在膠上的位置進(jìn)行切膠。
4. 按照正常程序點(diǎn)marker跑膠,，然后切下有marker的膠,，EB染色，紫外燈下與帶刻度的尺子一起照相,。由于要回收的帶與marker間的相對位置已知,，根據(jù)尺子來衡量未染色膠上目的帶的位置即可。如果覺得很難判斷,，可以直接在marker邊點(diǎn)少量的樣,，這樣位置就容易確定了。