凝膠電泳被廣泛用于分子生物學(xué),、遺傳學(xué)和生物化學(xué)：

⒈大的DNA或者RNA分子通常利用瓊脂糖凝膠電泳（agarose gel electrophoresis）分離,，也可以使用聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）,。

⒉蛋白質(zhì)的凝膠電泳通常在加入十二烷基硫酸鈉的聚丙烯酰胺凝膠中進(jìn)行（SDS-PAGE），或者非變性凝膠電泳,，或二維電泳,。

3.毛細(xì)管電泳

⒋酶譜法（zymography）

⒌變性梯度膠凝電泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）

瓊脂糖和聚丙烯酰胺可以制成各種形狀,、大小和孔隙度,。瓊脂糖凝膠分離DNA片度大小范圍較廣,，不同濃度瓊脂糖凝膠可分離長度從200bp至近50kb的DNA。瓊脂糖通常用水平裝置在強(qiáng)度和方向恒定的電場下電泳,。聚丙烯酰胺分離小片段DNA（5-500bp）效果較好,，其分辯力，甚至相差1bp的DNA就能分開,。聚丙烯酰胺凝膠電泳很快,，可容納相對大量的DNA，但制備和操作比瓊脂糖凝膠困難,。聚丙烯酰胺凝膠采用垂直裝置進(jìn)行電泳,。目前，一般實(shí)驗室多用瓊脂糖水平平板凝膠電泳裝置進(jìn)行DNA電泳,。