常規(guī)smallRNA 10M

服務(wù)介紹：

miRNA（micro RNA,，微小RNA/微RNA）：是廣泛存在于真核生物中的一類內(nèi)源的,、長度約為20~25個(gè)核苷酸的非編碼RNA,，其通過與靶RNA特異性結(jié)合導(dǎo)致靶RNA翻譯抑制或降解，從而調(diào)控蛋白的翻譯過程,。

實(shí)驗(yàn)流程：

樣本準(zhǔn)備-RNA抽提與質(zhì)檢-文庫構(gòu)建-上機(jī)測序

送樣運(yùn)輸要求：

樣本要求：

1）樣品類型：細(xì)胞,、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品的量：新鮮組織 ≥300mg, 細(xì)胞樣品≥1×107個(gè),  RNA樣品需提供10μg以上的總RNA

3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解,，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5,，RIN ≥ 7,。

4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存,。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融,。

5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中,，封口膜封好，干冰運(yùn)輸,。 

相關(guān)問題：

1. 小RNA（small RNA）的種類有哪些,？

Small RNA包括三類，microRNA（miRNA）,、small interfering RNA（siRNA）和piRNA。

miRNA：長度為20-24個(gè)核苷酸的小RNA,，是發(fā)夾結(jié)構(gòu)約70-90個(gè)核苷酸的前體RNA經(jīng)Dicer酶加工后形成,。miRNA主要是通過和AGO蛋白結(jié)合，通過堿基互補(bǔ)配對的方式和mRNA結(jié)合,，通過剪切mRNA ORF區(qū)域或結(jié)合在UTR區(qū)對mRNA翻譯過程進(jìn)行抑制,，從而調(diào)控生物體內(nèi)蛋白的合成。

siRNA：20-25個(gè)核苷酸的雙股RNA，參與RNA干擾,。

piRNA：與piwi蛋白相互作用的RNA,，長度大約26-31個(gè)核苷酸。主要存在于哺乳動物的生殖細(xì)胞和干細(xì)胞,，通過與piwi亞家族蛋白結(jié)合形成piRNA復(fù)合物（piRC）來調(diào)控基因沉默途徑,。

2. Small RNA測序，樣本有什么要求,？

樣品類型：細(xì)胞,、新鮮組織、血液RNA樣品,。

樣品量：細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個(gè)細(xì)胞,，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA,。

樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解,，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl,，28S:18S ≥ 1.5,，RIN ≥ 7。

3. 做miRNA預(yù)測,，若樣本是血清血漿,，一般需要多少樣本量？

賽維爾可做血清血漿miRNA預(yù)測,，但是由于不同樣本差異較大,，如果提取的RNA量太少，不能保證后續(xù)測序可以進(jìn)行,。提取一次RNA需要血清500uL,，一般需要客戶提供2mL的血清樣本，血清和血漿需要客戶自己分離,。

4. 若客戶提供RNA做miRNA預(yù)測,，樣本量和濃度有什么要求？

樣本要求：OD值260/280：1.8~2.0,；濃度：100ng/uL左右,；總量：2ug左右。

5. smallRNA的 測序模式,？

測序模式是1×50,，5~10M reads/sample。

6. miRNA的主要分析內(nèi)容有那些,？新miRNA預(yù)測需要參考基因組嗎,？

原始測序結(jié)果分析,、序列比對、新miRNA預(yù)測,、miRNA差異表達(dá)分析,、差異miRNA靶標(biāo)基因預(yù)測，差異靶標(biāo)基因GO和KEGG功能分析,，Disease注釋功能分析,，Reactome通路分析，蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)圖,，miRNA家族分析,，miRNA 突變檢測。新miRNA預(yù)測需要參考基因組,。