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生物大數(shù)據(jù)“前景美好,,路難行”

時間:2014-8-13閱讀:1349
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*預(yù)測,、高考預(yù)測,、當前哪種男性……這些大家所熟悉的分析都用到了大數(shù)據(jù),,但是很少人知道,,大數(shù)據(jù)早將“手”伸到了生物醫(yī)學領(lǐng)域,開始了疾病預(yù)測,。

歐美國家對生物領(lǐng)域發(fā)展大數(shù)據(jù)十分重視,。今年3月,英國宣布,英國醫(yī)學研究理事會(MRC)將投資3200萬英鎊資助*5大項目,,來提高醫(yī)學生物信息學的能力,、產(chǎn)能和核心基礎(chǔ)設(shè)施。這項“醫(yī)學生物信息學計劃”預(yù)計總投資5000萬英鎊,,將通過建立耦合復雜生物數(shù)據(jù)和健康記錄的新方法,,來解決關(guān)鍵的醫(yī)學難題。

早在2012年3月,,美國奧巴馬政府就宣布推出“大數(shù)據(jù)的研究和發(fā)展計劃”,,將大數(shù)據(jù)提升到了國家戰(zhàn)略層面,承諾將投資兩億多美元,。2014年,,美國政府就如何充分利用生物醫(yī)學大數(shù)據(jù),又啟動了Big Data to Knowledge計劃,。

雖然我國企業(yè)也頻頻在大數(shù)據(jù)上有所動作,,但是上海生物信息技術(shù)研究中心主任、中科院上海生命科學研究院生物信息中心主任李亦學對《中國科學報》記者指出:“雖然國內(nèi)大數(shù)據(jù)在其他方向的發(fā)展遠超國外,,但是生物大數(shù)據(jù)與國外相比仍比較落后,。”

沒有免費的午餐

生物大數(shù)據(jù)發(fā)展相較國外落后,并不是因為沒有數(shù)據(jù)量產(chǎn)生,。

據(jù)我國zui早從事理論生物學和生物信息學研究的科研人員之一,、中國科學院院士陳潤生介紹,以華大基因為代表的基因測序機構(gòu)為生物大數(shù)據(jù)的產(chǎn)生作出重要貢獻,。

華大基因當前的測序量大約占據(jù)數(shù)據(jù)量的40%左右,,而且隨著技術(shù)發(fā)展和測序手段成本的下降,幾乎所有的研究型大學和研究單位,,無論是在農(nóng)業(yè)、林業(yè)還是醫(yī)學,,都對基因測序有所涉及,。

“基因組層面的生物大數(shù)據(jù)的發(fā)展帶動了蛋白質(zhì)組、代謝組,、生物網(wǎng)絡(luò)等各個層級的相關(guān)生物大數(shù)據(jù)的海量產(chǎn)生,,但是我國當前還未能建立統(tǒng)一的生物數(shù)據(jù)信息中心。”陳潤生指出,。

李亦學也認為,,生物大數(shù)據(jù)滯后于國外的zui根本原因在于我國沒有大型的綜合生物大數(shù)據(jù)庫,也沒有生物大數(shù)據(jù)中心平臺,。

這意味著,,我國開展研究時只能向國外的大數(shù)據(jù)庫“求助”。雖然這些大數(shù)據(jù)庫都宣稱,只要遞交申請就可免費共享數(shù)據(jù),,但是,,天下并沒有免費的午餐。

記者了解到,,一些大型生物學數(shù)據(jù)庫要求數(shù)據(jù)使用申請者提交詳細的數(shù)據(jù)使用說明,,即使數(shù)據(jù)庫中已存有我國科學家所提交的相當規(guī)模的數(shù)據(jù),但想再取出使用卻絕非易事,。

李亦學稱:“免費共享數(shù)據(jù)僅是從理論上而言,,實際核心數(shù)據(jù)不會及時交給申請者,內(nèi)行會發(fā)現(xiàn)獲得的數(shù)據(jù)都是非核心的或不完整的,。研究醫(yī)學相關(guān)的大數(shù)據(jù)庫則有專門委員會來審核數(shù)據(jù)申請者,,如果拒絕申請,也不會給出理由,。”

因此,,為了具備拿數(shù)據(jù)的資格,我國科學家們常需反復準備申請材料,,卻往往再也沒有下文,。“受制于人,非常惱火,。”李亦學感嘆道,。

建大平臺遇“難題”

*生物數(shù)據(jù)庫的建立,往往帶有公益色彩,,需要有長期穩(wěn)定的投入和專業(yè)的技術(shù)隊伍,。據(jù)專家介紹,上世紀90年代,,我國有關(guān)部門已考慮建立國家層面的數(shù)據(jù)中心,,但直到現(xiàn)在,仍未討論出具體的實施方案,。

那么,,為何數(shù)據(jù)中心遲遲未能建立?

李亦學向記者算了一筆賬,,英美國家對數(shù)據(jù)庫的建立投入了很多資金,,引進的人才大部分有博士學位,每年的費用都由國會撥款支持,,來源比較穩(wěn)定,,一年約需投入1億美元。

“我國如果建立一個類似的生物大數(shù)據(jù)中心,,應(yīng)該也要有數(shù)百人的編制和每年幾億元的長期穩(wěn)定投入,。這筆錢如果由政府支付,,障礙仍然不小。”李亦學分析,。

 

陳潤生也指出,,建立一個國家層級的數(shù)據(jù)平臺雖然在科學界是共識,但是這個中心建立的地點,、呈現(xiàn)的方式(實體還是虛擬),、囊括的內(nèi)容、涉及的權(quán)利范圍以及怎么管理,、由誰來管理都有很多不同的方案,。

 

在這樣的形勢下,不能集中精力,、統(tǒng)一調(diào)配全國的生物數(shù)據(jù)成了一道難題,。

 

“用基因組數(shù)據(jù)得跟華大商量,用蛋白數(shù)據(jù)得跟其他人商量,,小數(shù)據(jù)中心雖然有,,但都是各自的,沒有統(tǒng)一的協(xié)調(diào)管理,。沒有全國的生物數(shù)據(jù)中心,,則無法統(tǒng)籌。”陳潤生道出了難處,。

 

同時,,我國生物數(shù)據(jù)雖然產(chǎn)出量大,但利用率遠遠不夠,。盡管產(chǎn)生的數(shù)據(jù)提供了很好的信息,,但是挖掘其全部價值還牽扯到很多方面。如數(shù)據(jù)量很大,,能否在短時間內(nèi)分析和挖掘其價值是個問題,。

 

而且,大數(shù)據(jù)產(chǎn)生后需要相應(yīng)的理論,、技術(shù)和方法來跟進,,也需要新的工具和方法。業(yè)內(nèi)人士指出,,國內(nèi)現(xiàn)有的生物大數(shù)據(jù)分析能力雖然與歐美相差不大,但是在數(shù)據(jù)分析構(gòu)架,、軟件系統(tǒng)與*IT技術(shù)接軌上有待提升,。

 

植根中國“土壤”

 

李亦學指出,生物大數(shù)據(jù)雖然面臨這些障礙,,但是可以靠“抓目標,、強合作”追上的腳步。

 

他認為,中國發(fā)展生物大數(shù)據(jù)的優(yōu)勢在于有海量樣本,。

 

當下應(yīng)該做的,,就是保護國內(nèi)的生物數(shù)據(jù)資源并且尋找有價值的利用方向。

 

“一是要明確生物大數(shù)據(jù)發(fā)展的目標和途徑,,二是敞開胸懷和國內(nèi)的研究單位合作,,將生物大數(shù)據(jù)這項事業(yè)做好。”李亦學強調(diào),。

 

例如,,我國目前實行的醫(yī)聯(lián)工程在上海地區(qū)已經(jīng)取得了一些成果。

*醫(yī)院和社區(qū)醫(yī)院把就診居民的就診記錄和健康檔案全部聯(lián)網(wǎng),,建立了數(shù)據(jù)庫體系,,包含了3400萬份電子病歷和檔案。

 

李亦學表示,,在征得樣本同意后調(diào)用健康檔案和檢查結(jié)果,,既提高了看病效率,又不會妨礙隱私保護,,像小水珠一樣的數(shù)據(jù)zui終也能匯聚成*大海,,有益于生物大數(shù)據(jù)這項國家戰(zhàn)略資源的保護與利用。

 

陳潤生也指出,,生物大數(shù)據(jù)發(fā)展應(yīng)該腳踏實地,,植根于中國的“土壤”,挖掘自身特色,。

 

“中國的物種自身具備多樣的特點,,*有可能形成有特色的生物大數(shù)據(jù)體系。在這樣的形勢下,,瞅準問題,,發(fā)展生物大數(shù)據(jù)的目的性更強一些,這才是我們要關(guān)注的,。”陳潤生說,。

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