與DNA凝膠電泳一樣,，蛋白質(zhì)凝膠電泳也是實(shí)驗(yàn)室中稀松平常的工作,。無(wú)論是Western blot還是質(zhì)譜分析，都離不開(kāi)蛋白電泳,。研究人員通過(guò)大?。?D）和電荷（2D）來(lái)分辨蛋白質(zhì)。當(dāng)然,，僅僅分離蛋白是不夠的,，它們必須要經(jīng)過(guò)染色。染料的選擇有很多,，具體選哪種,，這取決于靈敏度要求,、現(xiàn)有的設(shè)備和下游的應(yīng)用。

常規(guī)之選

研究人員主要使用三種染料來(lái)處理日常的蛋白凝膠：考馬斯藍(lán),、銀染和熒光,。據(jù)Sigma-Aldrich公司蛋白技術(shù)的研發(fā)Jeffrey Turner介紹，染料的選擇基本上可以歸結(jié)為“靈敏度 vs. 速度”,。

考馬斯藍(lán)也許是zui常用的染料,。作為一種可見(jiàn)的顯色（亮藍(lán)色）染料，它不需要任何特殊的設(shè)備,。不過(guò),，Bio-Rad的業(yè)務(wù)開(kāi)發(fā)Ning Liu認(rèn)為，它的靈敏度也zui低,，檢測(cè)極限大約在10-100 ng蛋白質(zhì),。

很多公司提供不同配方的考馬斯藍(lán)染料，它們?cè)谑褂煤?jiǎn)便程度,、整體染色時(shí)間和脫色要求上各有不同,。例如，有些需要在乙醇/乙酸中固定,，而有些只使用純水,。Expedeon的InstantBlue™試劑可在電泳后直接添加到凝膠中，而不需要固定或脫色,，染色可在15分鐘內(nèi)完成,。Bio-Rad的QC Colloidal Coomassie Stain操作則建議慢慢來(lái)，以便達(dá)到更好的效果,。整個(gè)過(guò)程包括在40%乙醇/10%乙酸中固定15分鐘,，之后染色1-20個(gè)小時(shí)，再脫色1-3小時(shí),。

有了賽默飛世爾推出的Pierce™ Power Stainer,，研究人員可以讓考馬斯藍(lán)染色自動(dòng)化。據(jù)它的產(chǎn)品Emily Goplen介紹,，這臺(tái)設(shè)備可對(duì)兩塊凝膠進(jìn)行染色和脫色,。“盡管傳統(tǒng)的染色需要幾小時(shí)甚至，Power Stainer卻能在10分鐘內(nèi)完成染色和脫色的過(guò)程,，并且預(yù)制膠和自制膠都適用,，”她說(shuō)。

另一種常用方法是銀染,，每條帶的靈敏度大約在0.1-0.25 ng,。操作過(guò)程沒(méi)有脫色步驟，但是一個(gè)很長(zhǎng)的過(guò)程,，大約在2小時(shí)左右,，而且相當(dāng)講究,。此外，據(jù)Turner介紹,，操作需要用到一些有害的化學(xué)物質(zhì),，如甲醛和銀，在通風(fēng)櫥中進(jìn)行,。因此,，人們一般不大愿意用這種方法，除非靈敏度很重要,。

熒光染料的靈敏度則居中，可檢測(cè)幾納克的蛋白質(zhì),，不過(guò)你得有一個(gè)兼容的凝膠成像系統(tǒng)或透射儀,。與考馬斯藍(lán)和銀染一樣，熒光染色通常在電泳后進(jìn)行,，需要固定和脫色,，不過(guò)也有例外。例如,，SYPRO Ruby需要脫色,，但Oriole和Flamingo不需要，因?yàn)橛坞x的染料不發(fā)熒光,。“染料本身不會(huì)被激光激發(fā),，只有當(dāng)它與蛋白結(jié)合時(shí)才被激發(fā)，”Liu解釋道,。

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