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如今,,幾乎每位研究人員都或多或少地知道生成誘導多能干細胞(iPSC)的配方,。拿出體細胞,加入四種轉錄因子,,等待幾個星期,,搞定!
不過,,這其中到底發(fā)生了什么,,卻是一個謎,人們想了解卻還未了解,。顯然,,這涉及到表觀遺傳學:從成纖維細胞轉變成iPSC,意味著那些過去關閉的基因必須再次啟動,。其他基因,,比如細胞分化的標志,則必須調(diào)低,。
西奈山醫(yī)院Lunenfeld-Tanenbaum研究所的資深科學家Andras Nagy談道:“每個細胞的基因組都幾乎是相同的,。表觀基因組哪些基因表達,哪些蛋白合成,。”
這些變化反映在基因組規(guī)模的多個變量上,,包括DNA甲基化、染色質修飾,、長鏈非編碼RNA的表達及其他,。它們被統(tǒng)稱為“染色質動力學(chromatin dynamics)”,對細胞中的一切都很關鍵,。
染色質動力學研究基本上是通過基因組規(guī)模的染色質免疫沉淀(ChIP-Seq)或DNA甲基化分析(亞硫酸氫鹽測序),,在一段時間內(nèi)收集表觀基因組的數(shù)據(jù)集。理論上雖然很簡單,,但這些研究仍然是浩大的工程,。
比如Project Grandiose,,去年十二月在Nature和Nature Communications上發(fā)表五篇文章,從客觀角度深入分析了細胞重編程,。這項研究正是由Lunenfeld-Tanenbaum研究所牽頭的,。
據(jù)Nagy介紹,Project Grandiose(宏大計劃)這個名字正反映了他們的努力程度,。五十名科學家耗時四年,,每天研究數(shù)千萬個細胞,記錄從成纖維細胞到iPS細胞的過程中伴隨的轉錄,、蛋白質組和表觀基因組的變化,。在表觀基因組研究中,他們通過亞硫酸氫鹽測序了解DNA甲基化,,通過RNA-Seq監(jiān)控非編碼RNA的轉錄,,通過ChIP-Seq研究組蛋白修飾。
這些文章描述了一種之前不曾知曉的細胞狀態(tài)“F-class”1,。在表觀基因組水平,。從F-class到iPS細胞的轉化是與DNA甲基化和組蛋白修飾的整體變化相關聯(lián)的,zui初抑制性的染色質標記丟失,,接著DNA甲基化發(fā)生改變,,這似乎鎖定了細胞的新狀態(tài)。“這些細胞失去并忘記了它們的身份,,并尋找如何發(fā)育成新細胞的線索,,”Nagy說。
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