聯(lián)系電話
翌圣生物科技（上海）股份有限公司
初級(jí)會(huì)員·13年
- 聯(lián)系人：
- 曹女士
- 電話：
- 400-6111-883
- 手機(jī)：
- 售后：
- 4006-111-883
- 傳真：
- 86-21-34615995
- 地址：
- 上海市浦東新區(qū)天雄路166弄1號(hào)3樓
- 網(wǎng)址：
- www.yeasen.com
掃一掃訪問手機(jī)商鋪
構(gòu)建基因文庫是整個(gè)高通量測(cè)序（NGS）過程中尤為關(guān)鍵的一步,，基因文庫的質(zhì)量將直接影響后續(xù)測(cè)序工作,。接頭（Adapter）是NGS文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)的關(guān)鍵部分，其中包含的 Index 序列用于區(qū)分不同樣本,，使得單次測(cè)序或單個(gè) Flow Cell 通道中允許多個(gè)樣本混合測(cè)序,。隨著測(cè)序通量和測(cè)序需求的增加，接頭種類上從單端Index,、雙端組合型index接頭到UDI接頭,，甚至達(dá)到上千種index 種類，包裝形式上也從傳統(tǒng)的管式接頭到適配自動(dòng)化建庫的板式包裝接頭延伸,。與此同時(shí),，兼容市面上主流的Illumina&MGI平臺(tái)的通用接頭也層出不窮，解決不同應(yīng)用場(chǎng)景下的NGS接頭需求,。
接頭的常見類型
根據(jù)樣本身份Index位置可以將接頭分為單端Index接頭和雙端Index接頭
單端Index接頭：指的是僅在P5端或P7端存在Index（一般在P7端）,；
雙端Index接頭：指的在P5和P7端均存在Index。比單端Index能容納更多數(shù)目的樣本,，被廣泛使用,。
根據(jù)接頭是否匹配PCR-free建庫可以將接頭分為長接頭和短接頭
長接頭又稱為完整接頭：以Illumina平臺(tái)接頭為例，包括P5/P7+Index序列+Read 1/2,，完整接頭通過TA克隆的方式連接到DNA片段之后,，可以直接上機(jī)測(cè)序（但是當(dāng)DNA量不夠時(shí)還需進(jìn)行PCR擴(kuò)增使得產(chǎn)物達(dá)到一定的量方可上機(jī)測(cè)序）；
短接頭又叫不完整接頭：通過TA克隆方式連接到DNA片段上后，必須與短接頭互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,，有完整的文庫結(jié)構(gòu)后才能上機(jī)測(cè)序,。
Index作為接頭中的重要組成部分,，簡單來說Index是混合樣本中不同樣本的“身份"，其本身就是一段堿基序列,，一般長6nt或8nt,。通過對(duì)這種“身份"的識(shí)別,，就可以在混合樣本中對(duì)單個(gè)樣本的數(shù)據(jù)進(jìn)行識(shí)別,。Index的選擇通常需滿足兩個(gè)原則：堿基平衡和熒光信號(hào)平衡。
堿基平衡,，指的是Index的復(fù)雜度和平衡度,，是多個(gè)Index之間的平衡。組合的原則是：同一組index中的A/T/C/G四種堿基都需要包含,，且這4種堿基的比例接近,，各占25%左右。
熒光信號(hào)平衡,，是指在不能保證堿基平衡的情況下,，選擇保證熒光信號(hào)的平衡。在Illumina平臺(tái)中的4通道測(cè)序儀中,，dG/dT使用綠色熒光標(biāo)記,，dC/dA使用紅色熒光標(biāo)記。測(cè)序時(shí)每個(gè)循環(huán)里綠色和紅色兩種熒光信號(hào)都必須存在以保證測(cè)序順利進(jìn)行,。因此在選擇Index時(shí)需要考慮綠色信號(hào)和紅色信號(hào)的平衡,。
雙端index之CDI接頭：Combined Dual Index,，一對(duì)多的接頭，即可以根據(jù)一定的要求對(duì)兩端的index進(jìn)行組合,，最終形成的是雙端index文庫
雙端index之UDI&UDB接頭：減少index hopping和mis-assignment
兩端index成組設(shè)計(jì),，雙端，兩端可交叉驗(yàn)證,。采用雙端index分析數(shù)據(jù)時(shí),，可以將index錯(cuò)誤分配率降低到0.01%，與之前常規(guī)的index排列組合方法對(duì)比，index hopping降低了兩個(gè)數(shù)量級(jí),。使用UDI接頭可以大幅度降低illumina測(cè)序過程中因?yàn)闄C(jī)器測(cè)序或者實(shí)驗(yàn)過程中引入的交叉污染,，從而盡可能避免測(cè)序數(shù)據(jù)“張冠李戴"的現(xiàn)象。但其實(shí)并非UDI接頭可以防止交叉,，而是發(fā)生序列交叉了之后,，可以丟棄這部分?jǐn)?shù)據(jù)。
圖4.UDI接頭index排列組合效果圖
UMI接頭：低頻突變檢測(cè),、絕對(duì)定量的利器
UMI接頭包含P5 Index,、P7 Index和UMI元件，其中,，UMI分子標(biāo)簽可以設(shè)計(jì)為隨機(jī)的核苷酸鏈,、部分簡并核苷酸鏈或者固定核苷酸鏈。根據(jù)UMI標(biāo)簽所在的位置,，又可以將UMI接頭分為單端UMI（10 nt）接頭（UMI標(biāo)簽緊隨P7端Index）和雙端UMI（5-8 nt）接頭（UMI標(biāo)簽位于插入片段兩端）,。
在UDI接頭結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上引入U(xiǎn)MI標(biāo)簽，通過對(duì)原始DNA分子片段進(jìn)行標(biāo)記,，能夠驗(yàn)證測(cè)序結(jié)果在原始DNA序列上的一致性,，分辨出檢測(cè)到的突變是真實(shí)的低頻突變還是來源于測(cè)序錯(cuò)誤和PCR擴(kuò)增錯(cuò)誤，從而過濾掉背景噪音,，實(shí)現(xiàn)低頻突變的準(zhǔn)確檢測(cè),。
圖5.UMI接頭相關(guān)結(jié)構(gòu)和產(chǎn)品信息
板式包裝接頭
采用自動(dòng)化設(shè)備來進(jìn)行高通量NGS樣本建庫,，傳統(tǒng)的管式包裝接頭已經(jīng)無法滿足需求。為了更好的匹配當(dāng)前的自動(dòng)化設(shè)備,，針對(duì)Illumina和MGI平臺(tái)分別開發(fā)了由96微孔板包裝的384 UDI接頭試劑盒,。其中，Illumina平臺(tái)為完整型長接頭,，MGI平臺(tái)為截短型接頭,。板式包裝接頭搭配自動(dòng)化建庫試劑盒，可以解決當(dāng)前的手動(dòng)建庫試劑盒與自動(dòng)化平臺(tái)的兼容性問題,！
圖6.板式包裝接頭試劑盒和穩(wěn)定性數(shù)據(jù)
接頭產(chǎn)品選擇指南
產(chǎn)品類別 | 接頭類型 | 產(chǎn)品名稱 | Index 種類 | 貨號(hào) | |
Illumina平臺(tái) | 管式包裝 | 單端index完整長接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®,Set1/Set2 | 96種 | 13519-13520ES |
雙端Index CDI接頭-DNA | Hieff NGS® 384 CDI Primer for Illumina®,Set1/Set2 | 384種 | 12412-12413ES | ||
雙端Index CDI接頭-RNA | Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer for Illumina®,Set1/Set2 | 384種 | 12414-12415ES | ||
雙端Index UMI接頭 | Hieff NGS® Dual UMI UDI Adapter Kit for Illumina®,，Set1/Set2 | 96種 | 13370-13371ES | ||
轉(zhuǎn)座酶接頭引物 | Hieff NGS® Tagment Index Kit for Illumina® | 384種 | 12416ES | ||
板式包裝 | 單端index完整長接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina（板式） | 96種 | 13585ES | |
雙端Index UDI長接頭 | Hieff NGS® Full UDI Adapter Kit for Illumina® Set1-Set4（板式） | 384種 | 12333-12336ES | ||
雙端Index UDI接頭 | Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina® Set1/Set2/Set3/Set4（/Set5-Set8/Set9-Set12板式） | 1152種 | 12327-12332ES | ||
管式包裝 | 通用PE adapter | Hieff NGS® C177P1 PE Adapter for Illumina® | - | 12939ES | |
MGI平臺(tái) | 管式包裝 | 單端index完整長接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI,Set1/Set2/Set3 | 96種 | 13361-13362ES |
雙端Index UMI接頭 | Hieff NGS® Dual UMI UDB Adapter Kit for MGI®,Set1/Set2 | 96種 | 13367-13368ES | ||
板式包裝 | 單端index完整長接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI® | 96種 | 13585ES | |
雙端Index UDB接頭 | Hieff NGS® Unique Dual Barcode Adapter Kit for MGI®,Set1/Set2/Set3/Set4 | 384種 | 13536-13539ES | ||
通用接頭(Illumina&MGI) | 板式包裝 | 雙端Index UDI接頭 | Hieff NGS® Universal Stubby UDI Primer Kit | 96種 | 12323ES |
