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漲知識 | 克隆專題二:不同分子克隆方法介紹(下)

2023-10-20  閱讀(656)

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漲知識 | 克隆專題二:不同分子克隆方法介紹(下)

 


克隆是英文“clone"或“cloning"的音譯,而英文“clone"則起源于希臘文“Klone",,原意是指以幼苗或嫩枝插條,。1963年J.B.S.Haldane在題為“人類種族在未來二萬年的生物可能性"的演講上采用“克隆(Clone)"的術語,,把“克隆技術"帶到了人們的視野中,。

 

克隆技術又稱為“生物放大技術",目前應用泛的技術為“分子克隆",,又稱重組DNA技術,,即通過重組技術將目的DNA片段按照人們的設計定向連接起來,在特定的受體細胞中與載體同時復制并得到表達,,產(chǎn)生新的遺傳性狀的技術,。

 

之前小翌給小伙伴們介紹了常規(guī)的分子克隆方法,,接下來繼續(xù)帶領大家認識一下新的、非常規(guī)的分子克隆技術,,包括無縫克隆中的Golden Gate技術,、Gateway技術、不依賴基因序列和連接反應的克隆方法等等,。

 

01
Golden Gate技術
Golden Gate克隆在2008年由Engler等人提出,,是依賴IIS型限制酶的無縫克隆技術,能媲美Gibson Assembly,,主要用于多片段克隆組裝,。實驗步驟與傳統(tǒng)克隆技術相似,但限制性內(nèi)切酶酶切原理不同,。傳統(tǒng)酶切使用的TypeII型限制性內(nèi)切酶通常識別4-8 bp的回文序列,并在識別序列內(nèi)部切割產(chǎn)生粘性末端或平末端,。

Golden Gate克隆技術通過TypeIIS型限制性內(nèi)切酶(翌圣BsmBI Cat#15203ES,、BspQI限制性內(nèi)切酶Cat#15202ES、FuniCut™ BsaI Cat#15005ES)識別目的序列以外的四個堿基,,剪切后獲得粘性末端,,直接用于目的片段的連接。通過連接酶(翌圣T4 DNA連接酶Cat#10300)連接形成重組質(zhì)粒,,使用轉(zhuǎn)化技術轉(zhuǎn)化至感受態(tài)細胞中,,由于限制性內(nèi)切酶的特性,酶切連接后酶切位點不再存在,,能達到精確的無縫克隆,。Engler等人利用該技術成功連接了9個目的片段,連接率達90%以上,。

圖1. Golden Gate Assembly克隆原理示意圖【1】

 

02
Gateway技術
Gateway技術最早在1990s年被發(fā)現(xiàn)應用,,主要用于表達載體、RNAi干擾載體等載體的構(gòu)建,。其原理利用噬菌體的特性:即噬菌體DNA會定點整合到細菌宿主基因組上,。科學家們研究發(fā)現(xiàn),,噬菌體和細菌內(nèi)均含有重組位點attP和attB,,能有效幫助噬菌體入侵宿主細胞,從而將噬菌體DNA插入到細菌基因組上,,同時在重組位點上產(chǎn)生兩個新位點:attL和attR,,該過程可逆。

 

Gateway構(gòu)建表達載體實驗流程如下圖:

 

圖2. Gateway技術構(gòu)建表達載體【2】

 

此技術的優(yōu)點在于利用位點特異重組成入門載體后,,不再受到酶切位點和連接酶的限制,,可以多次轉(zhuǎn)移到其他載體上,。再加上供體載體含有ccdB致死基因,會殺死重組不成功的質(zhì)粒,,所以陽性克隆率高,,但受控于存在的介導蛋白和重組位點。此外,,需要注意的一點是,,進行重組反應時需要使用對CcdB敏感的大腸桿菌菌株,如翌圣DH5α化學感受態(tài)細胞(Cat#11802ES),、翌圣化學感受態(tài)細胞(Cat#11801ES),,能抑制大腸桿菌菌株的生長繁殖,進行負篩,。

 

03
不依賴基因序列和連接反應的克隆方法(SLIC)
2007年,,來自于哈佛醫(yī)學院的Li等人建立了不依賴序列和連接的克隆方法(Sequence and ligation-independent cloning,SLIC),。SLIC方法不受目的序列和連接反應的限制,,能將任意、多個DNA片段組裝起來,,在體外完成重組反應,,用途非常廣泛。

 

基本操作流程如下:

 
01
 
PCR擴增目的片段,,在片段兩端分別加上15-30 bp的同源序列,;
02
 
利用T4 DNA聚合酶的3'-5'外切酶活性,在22℃條件下消化DNA片段,,產(chǎn)生含有同源序列的5'-ssDNA突出端,。突出端長度可通過dCTP控制;
03
 
將處理后的目的片段置于T4 DNA連接緩沖液中,,于37℃完成突出單鏈的復性重組,,形成含有缺口的環(huán)狀中間體,直接轉(zhuǎn)化細胞,;
04
 
利用大腸桿菌自身的修復系統(tǒng)使其形成完整的環(huán)狀質(zhì)粒,。

 

圖3. SLIC法構(gòu)建表達載體的步驟【3】

 

04
細胞裂解物體外無痕連接
細胞裂解物體外無痕連接(SLiCE)是利用細胞裂解物而進行體外無痕組裝DNA的方法,能一步組裝多個目的片段,。它在2012年由Zhang等人提出,,在2013年由Fisher等人進行優(yōu)化和改進,擴增了可用于該技術的細胞裂解物,,此外,,Itaya等人發(fā)現(xiàn)枯草芽孢桿菌本身就具有可用于片段組裝的同源重組系統(tǒng),進一步擴展了可用的細胞裂解物來源。相比于其他不依賴限制性內(nèi)切酶和連接酶的技術,,SLiCE方法使用的細胞裂解物更易獲得和保存,,實驗成本更低,適用于大多數(shù)基礎實驗室,。

其具體的操作步驟是,,利用PCR技術在目的片段兩側(cè)分別加上20-25 bp的同源序列,用DpnI酶(翌圣FuniCut™ DpnI Cat#15052ES)消化處理,,組裝片段按合適的比例混勻,,加入大腸桿菌細胞裂解物,37℃反應1 h,,然后直接轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細胞,,即可實現(xiàn)體外無痕組裝DNA。

 

圖4. SLiCE技術【4】

 

通過上述兩篇專題,,小翌介紹了一些傳統(tǒng)的,、應用范圍廣的、新型的分子克隆方法,,希望對各位科研er們的日常實驗有所幫助和啟發(fā),。隨著近幾年基因編輯技術、合成生物學技術的迅猛發(fā)展,,分子克隆技術越來越趨于高效化、多樣化,,其中的每一項內(nèi)容都值得我們?nèi)ヌ骄?。關注我們,小翌會在下一期的分子克隆技術專題中給大家具體講解分子克隆技術中應用到那些技術,,為您的實驗帶來新的思路與方向,,期待下一次的見面~

 

05
相關產(chǎn)品列表

 

產(chǎn)品定位

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

規(guī)格

Golden Gate組裝

BspQI限制性內(nèi)切酶 (10 U/μL)

15202ES76

500 U

Golden Gate組裝

BsmBI(10 U/μL)

15203ES80

1000 U

通用緩沖液,5min完成精準酶切

FuniCut™快速限制性內(nèi)切酶

15001ES-15051ES

50 T

T4連接

Hieff® Gold T4 DNA Ligase

10300ES80

1000 U

5 min快速完成感受態(tài)轉(zhuǎn)化

F DH5α化學感受態(tài)

11803ES80

10×100 μL

常規(guī)化學感受態(tài)

DH5α 化學感受態(tài)細胞

11802ES80

10×100 μL

常規(guī)化學感受態(tài)

化學感受態(tài)細胞

11801ES80

10×100 μL

常規(guī)PCR

2×Hieff® PCR Master Mix(With Dye)

10102ES03/08

1 mL/5×1 mL

常規(guī)PCR,,不含染料

2×Hieff® PCR Master Mix(No Dye)

10103ES03/08

1 mL/5×1 mL

快速PCR,,快至1s/kb

2×Hieff® Ultra-Rapid HotStart PCR Master Mix(with Dye)

10157ES03/08

1 mL/5×1 mL

 

 

06
參考文獻
1.Engler C, Gruetzner R, Kandzia R, et al. Golden Gate shuffling: a one-pot DNA shuffling method based on type IIS restriction enzymes. PLoS ONE, 2009, 4(5): E5553.
2.林春晶, 韋正乙, 蔡勤安等. 幾種植物轉(zhuǎn)基因表達載體的構(gòu)建方法[J].生物技術, 2008(05): 84-87.
3.張陽璞, 楊淑慎. 幾種新型植物基因表達載體的構(gòu)建方法[J].生物工程學報, 2015, 31(03): 311-327.
4.楊發(fā)譽, 楊云彭, 霍毅欣. 合成生物學中不依賴限制性內(nèi)切酶的分子克隆策略[J].中國生物化學與分子生物學報, 2018, 34(04): 364-370.



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