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FFPE樣本是什么,？
做病理的小伙伴對FFPE樣本肯定不陌生,，F(xiàn)FPE（Formalin-Fixed and Parrffin Embedded）樣本是福爾馬林固定石蠟包埋的樣本，固定包埋的方法能夠使組織在常溫保存很長時間,。早FFPE樣本主要是用于病理形態(tài)學(xué)觀察,，近些年,，隨著精////準醫(yī)療的滲透發(fā)展，F(xiàn)FPE樣本在臨床病理檢驗,、腫瘤基因檢測中也得到廣泛使用,。
圖1 FFPE樣本
人們將FFPE樣本中的核酸提取出來進行建庫，然后利用高通量測序技術(shù)對FFPE樣本的核酸進行測序和分析,，就能得到病理和腫瘤相關(guān)的很多重要信息,。加上FFPE樣本方便保存的特點，不論在檢驗檢測還是醫(yī)學(xué)研究中都是一個好幫手,。
FFPE樣本建庫的不完美
福爾馬林固定石蠟包埋樣本雖然使組織得以長期保存,，但其特殊的制作方法和保存過程會對核酸分子造成多方面的影響：
- 福爾馬林固定使核酸與蛋白發(fā)生交聯(lián)，影響核酸提取質(zhì)量,；
- 石蠟高溫滲入過程加速磷酸二脂鍵的水解,，導(dǎo)致核酸降解；
- 福爾馬林固定以及不理想的保存條件使胞嘧啶脫氨基引入C→T,，G→A等突變；
- 固定和包埋增加核酸分子脆性,，造成核酸高度片段化等,。
這使得FFPE樣本中的核酸質(zhì)量往往很差，用FFPE樣本建庫測序就面臨諸多挑戰(zhàn)：
怎么辦,，拿FFPE樣本沒法子了么,？
FFPE DNA修復(fù)試劑
Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent是針對FFPE樣本而設(shè)計的修復(fù)試劑，可修復(fù)低質(zhì)量FFPE樣本不同程度的損傷,，提高文庫產(chǎn)量及測序質(zhì)量,。具體來說，能修復(fù)胞嘧啶脫氨成尿嘧啶,、切刻與缺口,、堿基氧化、3’端封閉等損傷類型,。
損傷類型 | 是否修復(fù) |
胞嘧啶脫氨成尿嘧啶 | √ |
切刻與缺口 | √ |
堿基氧化 | √ |
3’端封閉 | √ |
DNA////片段化 | × |
核酸蛋白交聯(lián) | × |
FFPE DNA修復(fù)試劑可搭配市面上通用的建庫產(chǎn)品,，完成FFPE樣本的損傷修復(fù)；配合翊圣生物Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit（Cat#12199,，13310）建庫試劑盒使用,，只需要把修復(fù)試劑加到反應(yīng)體系中就可以了，不需要額外的操作步驟,，很方便呦,。
DNA修復(fù)顯著提高文庫產(chǎn)量
圖2是用翊圣UltimaTM DNA建庫試劑盒（Cat#12199）建庫，測試翊圣FFPE DNA Repair Reagent(Cat#12606)對建庫產(chǎn)量的影響的數(shù)據(jù),。
圖2 FFPE修復(fù)試劑盒對建庫產(chǎn)量的影響（Input DNA: 10 ng; Cycles：10）
從測試結(jié)果看,，Hieff NGS® FFPE DNA修復(fù)試劑顯著提高了文庫產(chǎn)量,，尤其對于低質(zhì)量的FFPE DNA樣本，產(chǎn)量提升了3倍,！
如果你正為低質(zhì)量的FFPE樣本DNA建庫而苦惱,，不如試試FFPE DNA修復(fù)試劑吧。FFPE樣本建庫,，你需要的修復(fù)試劑在這里：Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent (Cat#12606)
