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Nature發(fā)布基因組研究重要成果
閱讀：1722 發(fā)布時(shí)間：2016-8-4如果Paul Simon給Richard Lenski長期進(jìn)化實(shí)驗(yàn)（LTEE）中的細(xì)菌寫首歌，那歌名可以是“這么多年以后仍然在改變,。”
發(fā)表在8月1日《自然》（Nature）雜志上的研究論文中,，這位密歇根州立大學(xué)的微生物學(xué)和分子遺傳學(xué)教授與一個(gè)研究小組，利用先進(jìn)的技術(shù)研究了數(shù)萬代的大腸桿菌,。他們測序了大腸桿菌的全基因組,，準(zhǔn)確描繪出了一些攜帶有益突變，使得細(xì)菌比它們的祖先具有競爭優(yōu)勢的基因,。
來自不同代LTEE的這些大腸桿菌已在冷凍箱中保存了近30年,，研究人員現(xiàn)在復(fù)蘇它們查看了它們DNA中的改變。能夠重返冷凍箱研究多年前的樣本,，是Lenski將LTEE稱作為是“不斷帶來新研究成果的實(shí)驗(yàn)”的原因之一,。
Lenski 說：“開展如此長期的一項(xiàng)實(shí)驗(yàn)其好處之一就是，會(huì)一路涌現(xiàn)我在1988年啟動(dòng)LTEE時(shí)不存在的一些新技術(shù),。直到1995年才測序了*細(xì)菌基因組,，現(xiàn)在在這篇論文中，我們從這次實(shí)驗(yàn)中測序了264個(gè)完整的基因組,。”
研究小組對(duì)數(shù)百個(gè)大腸桿菌基因組進(jìn)行測序,，檢測了經(jīng)歷50,000多代這些細(xì)菌如何改變了它們的DNA。研究人員在LTEE的12個(gè)種群中發(fā)現(xiàn)了14,000多個(gè)改變,。每個(gè)種群以不同的方式發(fā)生改變,，但也有一些重要的共性。
zui重要且zui簡單地就是,，這些突變集中于一組基因中——在這些基因中突變賦予了細(xì)菌競爭優(yōu)勢,。種群間出現(xiàn)的一個(gè)驚人差異是，一半的種群比另一半以更高的速度突變,，即便它們都起源于具有低突變率的同一祖先菌株,。
德克薩斯大學(xué)*分銷分子生物科學(xué)助理教授Jeffrey Barrick 說：“即便是在zui簡單的微觀世界中我們可以想象研究進(jìn)化——一種細(xì)菌被保存在實(shí)驗(yàn)室中無變化的條件下多年,，我們正在了解有關(guān)進(jìn)化速度和過程的一些新東西。這種定量信息對(duì)于人類健康非常重要,，它提高了我們預(yù)測在慢性感染和我們的微生物組中細(xì)菌如何進(jìn)化的能力,。”
近期，涌現(xiàn)了不少值得關(guān)注的基因組研究成果,。一個(gè)研究小組成功地對(duì)銅器時(shí)代的大麥基因組進(jìn)行了測序,。這是迄今重建的zui古老的植物基因組。這些6000年前的種子是從以色列Judean沙漠Masada要塞南崖靠近死海的Yaram洞穴獲得的,。從遺傳學(xué)來說,，大麥非常類似于目前種植在Levant南部的大麥，從而支持目前“大麥馴化發(fā)生在Upper約旦河谷”的假設(shè),。研究結(jié)果以兩篇論文的形式發(fā)表在2016年7月18日的《Nature Genetics》雜志上,。
一個(gè)科學(xué)家小組測序了來自地理位置分散的一些地區(qū)1000多種擬南芥植物的全基因組和表觀基因組。1,001個(gè)基因組與1,001個(gè)表觀基因組的集合不僅闡明了擬南芥進(jìn)化史的一些新方面,，還提供了有關(guān)這一重要模式植物中遺傳與表觀遺傳變異之間互作的一張zui全品種的全面圖像。研究論文發(fā)表在2016年7月14日Cell雜志上,。
來自云南大學(xué),、中科院昆明動(dòng)物研究所、中科院北京基因研究所等10多家研究機(jī)構(gòu)的研究人員,，在新研究中對(duì)金絲猴進(jìn)行了基因組分析,，鑒別出了與高海拔適應(yīng)相關(guān)的一些基因和過程。他們的研究成果發(fā)布在2016年7月11日的Nature Genetics雜志上,。
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