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選擇適合的滅菌器需要考慮以下幾個因素：
一,、滅菌物品的性質
1,、對于耐高溫,、不耐濕的物品,，如玻璃器皿,、金屬器械,，干烤滅菌器比較合適,；如果是怕干熱,、耐高溫且耐濕的物品,，如培養(yǎng)基、手術器械,、敷料等,，可選擇高壓蒸汽滅菌器。
2,、若是不耐高溫的物品,，如某些塑料制品、橡膠制品,，這兩種滅菌器可能都不適用,，需要考慮其他低溫滅菌方法,。
二、滅菌要求
要求滅菌后物品保持干燥的情況,，干烤滅菌器是較好的選擇,。如果對滅菌速度有較高要求，在物品適用的前提下,，高壓蒸汽滅菌器相對更快,。
三、操作簡便性
干烤滅菌器操作相對簡單,，通常設置好溫度和時間即可,。高壓蒸汽滅菌器的操作要考慮更多因素，如加水,、正確包裝防止受潮等,，但很多高壓蒸汽滅菌器有自動控制程序，也比較方便,。
四,、滅菌成本
干烤滅菌器主要消耗電能用于加熱，成本相對容易計算,。高壓蒸汽滅菌器除了用電外,，還需要用水，并且可能需要消耗配套的包裝材料等,，要綜合考慮成本,。
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