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siRNAs結(jié)合生物芯片的實驗設計
最近更新時間：2017-6-2
提 供 商：上海士鋒生物科技有限公司資料大?。?/span>40KB
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siRNA實驗的zui終目標是分配基因功能，分析生物學途徑,，或驗證潛在的藥物靶標,。但在此目標之前，可以實現(xiàn),，siRNA的設計,，合成，交付給細胞使用優(yōu)化的協(xié)議,，并證明有效,。zui后，有必要關聯(lián)任何誘導的表型變化與擊倒的siRNA誘導的程度。
Ambion公司的消聲器™預設計> 34000人,、小鼠的siRNA,，并在NCBI RefSeq數(shù)據(jù)庫大鼠基因消除昂貴和費時的siRNA的設計，合成和測試步驟,。同樣,，Applied Biosystems TaqMan基因表達分析提供了®為> 41000人、小鼠和大鼠基因表達的定量分析,，基因?qū)崟r定量PCR,。這些檢測可用于測量mRNA敲除的siRNA驗證，優(yōu)化轉(zhuǎn)染,，并關聯(lián)表型擊倒的程度由一個特定的siRNA誘導,。
監(jiān)測基因特異性siRNA效應的試驗
siRNA發(fā)揮作用在mRNA水平。因此,，siRNA轉(zhuǎn)染驗證和優(yōu)化目的優(yōu)選法是一種定量的靶mRNA的水平,。一旦這些初步研究完成后，有一個優(yōu)勢,，同時測量目標mRNA和相應的蛋白質(zhì)水平相關的表型變化-監(jiān)測酶法檢測,，細胞為基礎的檢測，基因表達譜,，或其他手段-擊倒程度的siRNA誘導,。
TaqMan基因表達分析的優(yōu)點
實時熒光定量PCR提供監(jiān)測RNAi靶mRNA的幾個優(yōu)點。這是幾千倍更敏感比北方分析,，結(jié)果可以得到更迅速（檢測只在幾個小時內(nèi)完成），該方法提供了定量結(jié)果,。當使用Applied Biosystems TaqMan基因表達分析——現(xiàn)成的,、預先設計和優(yōu)化的引物探針集的有效> 21000 > 14000人，小鼠,，大鼠4000和>基因的方法不需要優(yōu)化,。這使得實時PCR更容易執(zhí)行和獲得的數(shù)據(jù)更可重復的信號方差比北方分析。
siRNA的驗證
基因沉默實驗需要,，有效siRNA敲除目的基因的表達,。為了證明一個特定的siRNA序列是有效的，siRNA需要在細胞中功能測試和證明,，或“驗證”,，以減少目標mRNA水平的預定量。大量siRNA功能測試設計使用一個特定的siRNA設計算法還需要證明用于設計的siRNA能夠準確預測有效siRNA的算法,。