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推薦:PCR擴增產(chǎn)物的檢測分析

最近更新時間:2015-12-9

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PCR擴增反應完成之后,,必須通過嚴格的鑒定,,才能確定是否真正得到了準確可靠的預期特定擴增產(chǎn)物。凝膠電泳是檢測PCR產(chǎn)物常用和zui簡便的方法,,能判斷產(chǎn)物的大小,,有助于產(chǎn)物的鑒定,。凝膠電泳常用的有瓊脂糖凝膠電泳和聚丙烯酰胺凝膠電泳,前者主要用于DNA片段大于100bp者,,后者主要用來檢測小片段DNA,。 
1.瓊脂糖凝膠電泳 
這是實驗室zui常用的方法,簡便易行,,只需少量DNA即可進行實驗,。其原理是不同大小的DNA分子通過瓊脂糖凝膠時,由于泳動速度不同而被分離,,經(jīng)溴化乙錠(EB)染色,,在紫外光照射下DNA分子發(fā)出熒光而判定其分子的大小。 
用于電泳檢測PCR產(chǎn)物的瓊脂糖濃度常為1%—2%,,應該使用純度高的電泳純級瓊脂糖,,這種瓊脂糖已除去了熒光抑制劑及核酸酶等雜質(zhì)。 
(1)制膠 
瓊脂糖凝膠厚度約為3~5mm,。過薄則加樣孔樣品會溢出來,過厚觀察時熒光穿透不強以至有些小片段DNA帶型不易分辨,。如配制2%凝膠100ml,,稱取瓊脂糖2g于三角瓶中,加入100ml 0.5×TBE液,,微波爐加熱2-5min,,使瓊脂糖*溶解(注意不要暴沸),置室溫等溫度下降至60℃時,,加入終濃度0.5μg/ml的EB液,,充分混勻后倒板(注意排除氣體)。 
(2)加樣和電泳 
上樣時一般取pcr反應液5~10μl,,加入3μl溴酚蘭液,,充分混勻,加入凝膠加樣孔中,。電泳儀可用一般穩(wěn)壓可調(diào)中壓電泳儀,,電泳工作液為0.5×TBE液,接通電源,,使樣品由負極向正極移動,。60-100V恒壓電泳約30-60分鐘。 
(3)檢測 
將凝膠板放在紫外透射儀的石英玻璃臺上進行檢測,,DNA產(chǎn)物與熒光染料EB形成橙黃色熒光復合物,。觀察各泳道是否有橙黃色熒光帶出現(xiàn),并與擴增時所設的陽性對照比較,,判斷陽性或陰性結(jié)果,。也可在電泳時以標準分子量作對照,,判斷其擴增片段是否與設計的大小相一致。 
2,、聚丙烯酰胺凝膠電泳 
聚丙烯酰胺凝膠電泳比瓊脂糖凝膠電泳繁瑣,,但在引物純化、PCR擴增指紋圖,、多重PCR擴增,、PCR擴增產(chǎn)物的酶切限制性長度多態(tài)性分析時常用到。 
它與瓊脂糖凝膠電泳比較具有如下優(yōu)點:
①分辨率很強,,可達1bp,;
②能裝載的DNA量大,達每孔10μgDNA,;
③回收的DNA純度高,;
④其銀染法的靈敏度較瓊脂糖中EB染色法高2~5倍;
⑤避免了EB迅速退色的弱點,,銀染的凝膠干燥后可長期保存,。 

聚丙烯酰胺凝膠電泳分辨DNA片段的有效范圍:

(1)制膠 
在兩塊制膠玻璃板中間放上墊片,放上制膠架,,擰緊制膠螺絲夾緊玻璃板,。 
制備適量合適濃度的凝膠,使之略多于膠板,。制備100μl體積凝膠的配制方法見下表,。 

不同濃度(%)聚丙酰胺凝膠的制法:
試劑
3.5%

5%

8%

12%

20%

30%丙烯酰胺溶液(ml)

11.6

16.6

26.6

40

66.6

水(ml)

67.7

62.7

26.6

40

66.6

5×TBE(ml)

20

20

20

20

20

10%過硫酸銨(ml)

0.7

0.7

0.7

0.7

0.7

TEMED(ml)

0.035

0.035

0.035

0.035

0.035

在加入TEMED和10%過硫酸銨后,立即混勻,,倒入放置45℃角的玻璃板內(nèi),,*注滿(注意不要有氣泡),迅速將玻璃板放置水平位置,。立即放成型梳子于腔頂并夾緊,,待30-60分鐘膠聚合后,取下膠板,,放入電泳槽中固定,。 
(2)加樣和電泳 
上下槽中加入1×TBE電泳緩沖液,溢過加樣孔,,拔出梳子,,排出加樣孔中的氣泡,將PCR產(chǎn)物或限制性內(nèi)切酶消化產(chǎn)物2與1上樣緩沖液混勻,,用微量注射器加入加樣孔底部,,使樣品在孔底成一層,兩側(cè)孔中加入標準分子量的DNA Marker,。 
以2-10V/cm電壓電泳,,電泳時間足夠長,,使片斷足以分開,待指示劑走到適宜位置時關(guān)閉電源,,將膠片取出,。 
(3)銀染 
分開兩塊玻璃板,將凝膠片放入100ml銀染固定液中振蕩15min,,雙蒸水洗3次,,每次2min,然后將凝膠片轉(zhuǎn)入100ml 0.2%的AgNO3中于搖床上染色約10min,,吸去AgNO3液,,用雙蒸水洗3次,每次30s,,加入100ml顯色液約7-10min,,待DNA帶顯示清除時,吸去顯色液,,加入固定液Na2CO3,,靜置2-3min,取出凝膠觀察,。

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