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轉(zhuǎn)錄分析的5種方法
點擊次數(shù)：1109 發(fā)布時間：2015-3-10
號通路,，只有一個目的：將細(xì)胞的外部信號轉(zhuǎn)換成細(xì)胞的內(nèi)部變化,。不管是胰島素，還是異亮氨酸,，抗原還是腎上腺素,，它們的*目的總是如出一則：對轉(zhuǎn)錄活性的改變。
這些對于轉(zhuǎn)錄活性的影響來自于轉(zhuǎn)錄因子與基因的調(diào)控區(qū)域：如啟動子,、增強子,、沉默子等結(jié)合達(dá)到的。經(jīng)典的凝膠遷移滯后試驗（theelectrophoreticmobilityshiftassay）已經(jīng)成為證明某種蛋白能與特定的短基因序列結(jié)合的有力方法手段,。但是凝膠遷移滯后試驗具有速度慢,，通量低,，不定量和具有放射性的特點。即使完了你還不知道究竟是何種蛋白或者是蛋白的何種基團(tuán)負(fù)責(zé)指導(dǎo)體內(nèi)轉(zhuǎn)錄的變化,。
為了弄清楚蛋白與基因序列結(jié)合的位點,，需要利用基于抗體的實驗。目前已經(jīng)有了一些方便快捷的分析試劑,，可以有力的幫助進(jìn)行轉(zhuǎn)錄研究分析,，其中有一些適用于發(fā)現(xiàn)型（篩選多種因子），有一些用于證實猜想的,。當(dāng)然這些總是從初期的工作,，進(jìn)入精細(xì)進(jìn)一步的研究工作。
PROTEINARRAYS（蛋白芯片）
Whattheyare：固定的轉(zhuǎn)錄因子陣列,，利用標(biāo)記的基因序列或者蛋白質(zhì)進(jìn)行探索。
Whattousethemfor：用于發(fā)現(xiàn)和證實轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點或者蛋白－蛋白相互作用,。
Pros（優(yōu)點）：能提供一種在廣泛的因子中檢測與特定序列結(jié)合的因子,。
Cons（缺點）：可能會錯失一些同源因子和一些轉(zhuǎn)錄后的變化。
Thingstokeepinmind：蛋白分析提供了一種在DNA片段中篩選潛在的結(jié)合位點的方法,。但這種方法缺乏柔韌性,，因此只局限于廣泛的已研究的因子。
Availablekits：
Panomics的TFProteinArrayIforDNA-ProteinInteractions(48proteins,CatalogNo.MA3505,$863),
ActiveMotif的TransArray(38proteins,twomembranes,CatalogNo.31400,$580),。
MICROSPHEREASSAYS（液相芯片）
Whattheyare：一些微磁珠的集合在一起,，每一個能與*的因子結(jié)合位點偶聯(lián)。
Whattousethemfor：篩選轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)
Pros（優(yōu)點）：提供一種廣泛相對無偏見的*次篩選手段,，理論上,，一次能檢測100種不同轉(zhuǎn)錄因子。
Cons（缺點）：需要特定的硬件設(shè)施（如Luminexreader）,，不能*的解釋哪一種蛋白與哪一種蛋白結(jié)合,。
Thingstokeepinmind：像RNAse保護(hù)試驗一樣，磁珠系統(tǒng)能定量轉(zhuǎn)錄因子保護(hù)寡核苷酸不被消化的能力,。來自匹茲堡大學(xué)醫(yī)學(xué)中心Luminexcorefacility主任AnnaLokshin就表示：“這種微粒方法能得到意想不到的結(jié)果,，因為它不會受到假說和初步數(shù)據(jù)的影響"，“通常你會在自己的知識領(lǐng)域里尋找,，但是各自的知識領(lǐng)域是受到限制的,。"
Availablekits：
Invitrogen的BioSource3-plexTranscriptionFactorAssays(100tests,CatalogNo.LHF2041,$845),
MarligenBiosciences的MultiplexTranscriptionFactorProfilingKit(20-plex)(96reactions,Catalog1954-096,Price$2,899).
CHROMATINIMMUNOPRECIPITATION（染色質(zhì)免疫沉淀分析）
Whattheyare：來自天然染色質(zhì)的蛋白質(zhì)-DNA交聯(lián)復(fù)合物的免疫沉淀，通過PCR或者微陣列來分析,。
Whattousethemfor：證實細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)-DNA天然結(jié)合的細(xì)節(jié),。
Pros（優(yōu)點）：是能在體內(nèi)進(jìn)行的*分析方法，能詳細(xì)解釋蛋白容量的變化,。
Cons（缺點）：需要一種目的轉(zhuǎn)錄因子的抗體,。同時ChIP相對于凝膠遷移滯后試驗來說,，更為復(fù)雜和困難。
Thingstokeepinmind：ChIP不能說明白一種特定結(jié)合是否是功能性的,。因此,，我們需要利用轉(zhuǎn)錄活化分析方法。ChIP很有用,，但是需要與其他技術(shù)合用來解決整個難題,。
Availablekits：
ActiveMotif的ChIP-IT(25reactions,CatalogNo.53001,$395),
Upstate的EZChIP(22reactions,Catalog7-371,Price$329)。
OLIGONUCLEOTIDEARRAYS（寡核苷酸芯片）
Whattheyare：固定的寡核苷酸結(jié)合位點陣列,，一般用于探測核提取物和研發(fā)某種蛋白的抗體,。
Whattousethemfor：篩選轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)物。
Pros（優(yōu)點）：提供一種相對廣泛,，無偏見的*次篩選手段,。
Cons（缺點）：定性分析，需要進(jìn)行研究的轉(zhuǎn)錄因子對象的抗體,。
Thingstokeepinmind：不同的實驗中存在著差異
Availablekits：
Panomics的Protein/DNAComboArray(345sites,CatalogNo.MA1215,$1,415),
ArrayItTranscriptionFactorMicroarrays(expectedFall2006,estimatedprice$600-$900),。
ELISA-BASEDASSAYS（ELISA分析）
Whattheyare：基于酶聯(lián)免疫反應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合分析。
Whattousethemfor：定量轉(zhuǎn)錄因子的濃度,。
Pros（優(yōu)點）：具有快速,，定量和高通量的特點。
Cons（缺點）：需要目的轉(zhuǎn)錄因子的一種抗體才能進(jìn)行試驗,。
Thingstokeepinmind：ELISA-basedassays可以比傳統(tǒng)的凝膠遷移分析容納更多的蛋白,，并且能將信號放大。具有半定量的特點,。
Availablekits：
Clontech的TransFactorSTAT3ColorimetricKit(1x96assays,CatalogNo.631953,$583),
Panomics的HIFELISAKit(1x96assays,CatalogNo.EK1020,$518),
ActiveMotif的TransAMCREBKit(1x96assays,CatalogNo.42096,$585),。