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顯微圖像快速分析(MIRA)軟件介紹
1.簡介
MIRA軟件是Oldenburg大學Gunther Wittstock[1-5]教授研究的一款分析軟件,。該軟件提供各種圖形表現(xiàn)形式,,尤其用于面掃描數(shù)據(jù)。有意思的特征是擬合掃描電化學顯微鏡(SECM)逼近曲線,,得到實驗相關的不同的物理化學參數(shù),。本文介紹了MIRA軟件的一些特性,特別關注SECM逼近曲線擬合工具,。
2.繪制M370或M470獲得的數(shù)據(jù)
M370或M470掃描工作站獲得的數(shù)據(jù)與MIRA兼容,。
2.1 3D文件
圖1 M470軟件打開的M370或M470數(shù)據(jù)文件以txt形式輸出數(shù)據(jù)
首先,M370或M470掃描工作站軟件獲得的數(shù)據(jù)必須是以txt格式輸出,。在M370或者M470軟件中通過右鍵實現(xiàn),,如圖1所示。
所有技術的面掃描數(shù)據(jù)都與MIRA兼容,,包括ic-SECM和ac-SECM獲得的不同數(shù)據(jù),、dc-SECM和ac-SECM獲得的逼近曲線,、以及循環(huán)伏安曲線。
打開MIRA軟件,,彈出如圖2的窗口,,.ini文件可用。.ini文件定義了默認打開文件夾,、默認輸出文件夾以及默認表現(xiàn)形式,。默認路徑可以更改,如圖3所示,。這些更改可以保存在新的.ini文件中,,如圖3b所示。
.ini文件位置:MIRA\startup,。
圖2 顯示可用.ini文件的配置窗口
圖3 a)更改默認路徑,;b)保存新的.ini文件
MIRA軟件包含Wittstock教授發(fā)明的工具,,默認工具由IDL提供(Interactive Data Language v.8.1 by Research Systems Inc., Boulder Colorado),。這些圖像工具通常以i開頭的名字命名。
打開一個文件會出現(xiàn)如圖4所示的窗口,。在一個小窗口中顯示了打開數(shù)據(jù)的默認形式以及所有可用表現(xiàn)形式,。點擊“Redraw”按鈕會打開一個新的窗口顯示數(shù)據(jù)。
圖4 主窗口
繪制的數(shù)據(jù)也可以用圖3a中的“Print”命令保存為圖像文件,。輸出的參數(shù)也可以用圖3a中的“Selection of graphic format”命令來更改,。文件將輸出到默認文件夾??梢员4鏋椴煌幕拘问剑?jpeg, .tiff, .bmp)和矢量形式(.ps, .eps),。圖5為數(shù)據(jù)繪制圖的例子。用于繪制數(shù)據(jù)的調色板可以用Tools→XLoadct命令更改,。
圖5 不同的3D數(shù)據(jù)形式:a)用戶定義的3D陰影+線條,;b)等值線圖;
c)2D插值+輪廓,;d)3D線條
2.2 2D文件
MIRA軟件也可以顯示2D文件,,比如線掃描、循環(huán)伏安曲線以及逼近曲線(圖6),。
圖6 不同的2D數(shù)據(jù)形式:a)SECM向前,、向后線掃描;b)循環(huán)伏安曲線,;
c)導電區(qū)域的逼近曲線,;d)絕緣區(qū)域的逼近曲線
1.使用擬合工具
MIRA有意思的工具是可以擬合dc-SECM逼近曲線,獲得實驗參數(shù)和反應動力學,。
可以用數(shù)據(jù)顯示窗口左邊的Analysis按鈕進入曲線擬合工具(圖7),。
圖7 SECM逼近曲線擬合窗口
下一個窗口中,,用來擬合數(shù)據(jù)的解析式、擬合參數(shù)和描述頁都有很多選擇(圖8),。
圖8 擬合逼近曲線的可選方程式
根據(jù)用戶的特殊條件(逼近材料,、電流抵消、研究員的認識等)選擇方程式后,,點擊擬合命令窗口中的“Guess start parameters”然后點擊“Start iteration”開始實驗(圖9),。“Guess start parameters”用一個算法分析曲線,試圖找到接近終值的開始值,。
圖9 擬合命令窗口
本文中嘗試擬合演示文件夾中的逼近曲線:
MIRA\demo\DEVICES\ Biologic_Uniscan\approach_curve_SECM.txt
逼近曲線是用25 ?m的Pt探針在10 mM Fe(CN)6K3和100 mM KCl溶液中測量Au電極的結果(SECM標準樣品),。探針極化電位-0.25 V vs. Ag/AgCl。探針位置從0開始逼近樣品,,所以z為負值,。用名為“SECM conductor w/o i_offset (Lefrou)”的表達式[6]。
點擊“Guess Start Parameters”然后點擊“Start iteration”,,30次迭代后得到圖10的結果,。
圖10 “SECM conductor w/o i_offset (Lefrou)”獲得的結果。紅色曲線是用Start參數(shù)獲得的,,綠色曲線是擬合后獲得的,。
獲得以下四個參數(shù):
i-T,infinity表示探針無限遠離樣品時的電流,;
z-offset是逼近開始時探針到樣品距離的負數(shù)值,;
tip radius探針直徑;
RG是金屬電極周圍的玻璃外殼和金屬直徑的比值,。初始值和擬合值都顯示他們的誤差,、殘差、這些殘差總和的平方,,也叫做χ2(方差為1,,只有一個實驗)。函數(shù)χ2用于小化過程,,基于Gauss-Newton算法[7],。這個值越低,擬合結果越好(對同樣的點數(shù)),。在圖10的例子中,,χ2≈0.839。殘差在掃描的一個點達到大值(接近z=0的點),。軟件通過左上角窗口,,允許壞點移除,如圖11所示,。
圖11 數(shù)據(jù)移除窗口
在“Low”格中輸入2,,將移除變量z的較低值中開始的兩個點,。然后點擊圖9中的“Replot data”按鈕。新數(shù)據(jù)的擬合結果如圖12所示,。
圖12 “SECM conductor w/o i_offset (Lefrou)”獲得的新數(shù)據(jù)的擬合結果
現(xiàn)在,,χ2≈0.384,達到預期,。雖然點數(shù)減少了,,但是擬合結果更好了。tip radius的值降低,,更接近實驗值,,12.5 ?m。Rg值從1.13升高到3.11,,這是一個更合理的值,。
溫馨提示:
1)在上面的逼近曲線中,步長是15 ?m,,掃描速率是5 ?m/s,。建議逼近曲線的步長小于1 ?m,掃描速率小于1 ?m/s,。在這些條件下,,實驗值不會與理論值偏離太多,,擬合結果的準確性提高(χ2下降),。
2)單獨設定的所用參數(shù)對擬合是有利的。比如探針直徑的值可以用VCAM3的確定,,輸入圖10的“Start parameter”中,。然后,如果“meaning”未檢測,,參數(shù)將不會計入擬合過程中,。
1.結論
本文的目的是介紹MIRA軟件處理3D圖和2D曲線的一些不同的表現(xiàn)方式。重點是逼近曲線的擬合工具,。想獲得更多細節(jié)信息,,請參考MIRA手冊或者聯(lián)系我們。
參考文獻
[1] G. Wittstock et al., Fresenius J. Anal. Chem. 2000, 367, pp. 346–351.
[2] U. M. Tefashe et al., J. Phys. Chem. C., 2012, 116, pp. 4316-4323.
[3] C. Nunes-Kirchner et al., Anal. Chem., 2010, 82, pp. 2626-2635.
[4] W. Nogala et al., Bioelectrochem., 2008, 72, pp. 174-182.
[5] G. Wittstock et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, pp. 1584 –1617.
[6] C. Lefrou, J. Electroanal. Chem., 2006, 592, pp. 103–112.
[7] Ebert,Ederer, Computeranwendungen inder Chemie. 2. Ed., VCH, Weinheim 1985, S.323.