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    聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）是一種常用的分子生物學(xué)技術(shù),，可用于擴(kuò)增DNA序列,。在PCR反應(yīng)中，引物是起關(guān)鍵作用的短鏈DNA分子,，它們會(huì)與待擴(kuò)增DNA序列的兩端匹配,，指示聚合酶在這些位置開始復(fù)制DNA。PCR反應(yīng)體系由反應(yīng)緩沖液（PCR Buffer）,、脫氧核苷三磷酸底物（dNTP mix）,、Taq DNA聚合酶（Taq 酶）、寡聚核苷酸引物（Primer1,，Primer2）,、 Mg2+、靶序列（DNA模板）主要成份組成,。各個(gè)組份對(duì)PCR結(jié)果至關(guān)重要,。

1、 反應(yīng)緩沖液（PCR Buffer）
（1）、反應(yīng)緩沖液一般含10-50 mmol/L Tris·Cl (20℃下pH8.3-8.8),， 50 mmol/L KCl和適當(dāng)濃度的Mg2+ ,。Tris·Cl在20℃時(shí)pH為8.3-8.8，但在實(shí)際PCR反應(yīng)中,，pH為6.8-7.8. 50 mmol/L的KCl有利于引物的退火,。
（2）、反應(yīng)液可加入5mmol/L的二硫蘇糖醇(DDT)或100 μg/ml的牛血清白蛋白(BSA),，它們可穩(wěn)定酶活性,，另外加入T4噬菌體的基因32蛋白則對(duì)擴(kuò)增較長的DNA片段有利。
（3）,、各種Taq DNA聚合酶商品都有自己特定的一些緩沖液,。

2、 脫氧核苷三磷酸底物（dNTP mix）
dNTP包括dATP,、dTTP,、dGTP、dCTP,。dNTP的質(zhì)量與濃度和PCR擴(kuò)增效率有密切關(guān)系,，dNTP粉呈顆粒狀，如保存不當(dāng)易變性失去生物學(xué)活性,。多次凍融會(huì)使dNTP降解,。dNTP能與Mg2+結(jié)合，使游離的Mg2+濃度降低,。當(dāng)PCR需要較高濃度的dNTP時(shí),，應(yīng)在反應(yīng)體系中適當(dāng)增加Mg2+的濃度。
（1）dNTP應(yīng)用NaOH 將pH調(diào)至7.0,，并用分光光度計(jì)測(cè)定其準(zhǔn)確濃度,。
（2）dNTP原液可配成5-10 mmol/L并分裝，-20℃貯存,。一般反應(yīng)中每種dNTP的終濃度為20-200 μmol/L,。
（3）理論上4 種 dNTP各20 μmol/L，足以在100 μl反應(yīng)中合成2.6 μg的DNA,。當(dāng)dNTP終濃度大于50 mmol/L時(shí)可抑制Taq DNA聚合酶的活性,。4種dNTP的濃度應(yīng)該相等，以減少合成中由于某種dNTP的不足出現(xiàn)的錯(cuò)誤摻入,。                                                               

3、 Taq DNA聚合酶（Taq 酶）
一般Taq DNA聚合酶活性半衰期為92.5℃ 130 min,，95℃ 40 min,， 97℃ 5 min。現(xiàn)在人們又發(fā)現(xiàn)許多新的耐熱的DNA聚合酶，這些酶的活性在高溫下活性可維持更長時(shí)間,。
Taq DNA聚合酶的酶活性單位定義為74℃下,，30 min，摻入10 nmol/L dNTP到核酸中所需的酶量,。Taq DNA聚合酶的一個(gè)致命弱點(diǎn)是它的出錯(cuò)率,，一般PCR中出錯(cuò)率為2×10-4 核苷酸/每輪循環(huán)，在利用PCR克隆和進(jìn)行序列分析時(shí)尤應(yīng)注意.在100 μl PCR反應(yīng)中,，1.5-2單位的Taq DNA聚合酶就足以進(jìn)行30輪循環(huán),。
所用的酶量可根據(jù)DNA、引物及其它因素的變化進(jìn)行適當(dāng)?shù)脑鰷p.酶量過多會(huì)使產(chǎn)物非特異性增加,，過少則使產(chǎn)量降低,。
反應(yīng)結(jié)束后，如果需要利用這些產(chǎn)物進(jìn)行下一步實(shí)驗(yàn),，需要預(yù)先滅活Taq DNA聚合酶,， 滅活Taq DNA聚合酶的方法有：
（1）PCR產(chǎn)物經(jīng)酚: 抽提，乙醇沉淀,。
（2）加入10 mmol/L的EDTA螯合Mg2+ ,。
（3） 99-100℃加熱10 min。目前已有直接純化PCR產(chǎn)物的Kit可用,。

4,、 寡聚核苷酸引物
PCR反應(yīng)產(chǎn)物的特異性由一對(duì)上下游引物所決定。引物的好壞往往是PCR成敗的關(guān)鍵,。引物設(shè)計(jì)和選擇目的DNA序列區(qū)域時(shí)可遵循下列原則：
（1） 引物長度約為16-30 bp,， 太短會(huì)降低退火溫度影響引物與模板配對(duì)，從而使非特異性增高,。太長則比較浪費(fèi),，且難以合成。
（2）引物中G+C含量通常為40%-60%,，可按下式粗略估計(jì)引物的解鏈溫度 Tm＝4(G+C)+2(A+T),。
（3）四種堿基應(yīng)隨機(jī)分布，在3'端不存在連續(xù)3個(gè)G或C,，因這樣易導(dǎo)致錯(cuò)誤引發(fā),。
（4）引物3'端最好與目的序列閱讀框架中密碼子第一或第二位核苷酸對(duì)應(yīng)， 以減少由于密碼子擺動(dòng)產(chǎn)生的不配對(duì),。
（5）在引物內(nèi),， 尤其在3'端應(yīng)不存在二級(jí)結(jié)構(gòu)。
（6）兩引物之間尤其在3'端不能互補(bǔ),， 以防出現(xiàn)引物二聚體,， 減少產(chǎn)量,。兩引物間最好不存在4個(gè)連續(xù)堿基的同源性或互補(bǔ)性。
（7）引物5'端對(duì)擴(kuò)增特異性影響不大,， 可在引物設(shè)計(jì)時(shí)加上限制酶位點(diǎn),、核糖 體結(jié)合位點(diǎn)、起始密碼子,、缺失或插入突變位點(diǎn)以及標(biāo)記生物素,、熒光素等。通常應(yīng)在5'端限制酶位點(diǎn)外再加1-2個(gè)保護(hù)堿基,。
（8）引物不與模板結(jié)合位點(diǎn)以外的序列互補(bǔ),。所擴(kuò)增產(chǎn)物本身無穩(wěn)定的二級(jí)結(jié)構(gòu)， 以免產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增,，影響產(chǎn)量,。
（9）簡并引物應(yīng)選用簡并程度低的密碼子， 例如選用只有一種密碼子的Met,， 3'端應(yīng)不存在簡并性,。否則可能由于產(chǎn)量低而看不見擴(kuò)增產(chǎn)物。
（10）一般PCR反應(yīng)中的引物終濃度為0.2-1.0 μmol/L,。引物過多會(huì)產(chǎn)生錯(cuò)誤引導(dǎo)或產(chǎn)生引物二聚體,， 過低則降低產(chǎn)量。利用紫外分光光度計(jì),， 可精確計(jì)算引物濃度,， 在1cm光程比色杯中，260nm下,，引物濃度可按下式計(jì)算：
X mol/L＝ OD260/ A(16000)+C(70000)+G(12000)+T(9600)
X： 引物摩爾濃度,，A、C,、G,、T：引物中4種不同堿基個(gè)數(shù)。

5,、 Mg2+
（1）Mg2+濃度對(duì)Taq DNA聚合酶影響很大,，它可影響酶的活性和真實(shí)性，影響引物退火和解鏈溫度,， 影響產(chǎn)物的特異性以及引物二聚體的形成等,。
（2）通常Mg2+ 濃度范圍為0.5-2 mmol/L.對(duì)于一種新的PCR反應(yīng)，可以用0.1-5 mmol/L的遞增濃度的Mg2+ 進(jìn)行預(yù)備實(shí)驗(yàn),，選出最適的Mg2+濃度,。
（3）在PCR反應(yīng)混合物中， 應(yīng)盡量減少有高濃度的帶負(fù)電荷的基團(tuán),， 例如磷酸基團(tuán)或EDTA等可能影響Mg2+ 離子濃度的物質(zhì),，以保證最適Mg2+ 濃度,。

6、 靶序列（DNA模板）
（1）PCR反應(yīng)必須以DNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增,， 模板DNA可以是單鏈分子，也可以是雙鏈分子,，可以是線狀分子,，也可以是環(huán)狀分子(線狀分子比環(huán)狀分子的擴(kuò)增效果稍好)。
（2）就模板DNA而言,，影響PCR的主要因素是模板的數(shù)量和純度.一般反應(yīng)中的模板數(shù)量為102 -105 個(gè)拷貝,，對(duì)于單拷貝基因，這需要0.1μg的人基因組DNA,，10ng的酵母DNA,，1ng的大腸桿菌DNA.擴(kuò)增多拷貝序列時(shí)，用量更少,。
（3）靈敏的PCR可從一個(gè)細(xì)胞,，一根頭發(fā)，一個(gè)孢子或一個(gè)精子提取的DNA中分析目的序列,。
（4）模板量過多則可能增加非特異性產(chǎn)物,。DNA中的雜質(zhì)也會(huì)影響PCR的效率。

注意事項(xiàng)：
1.PCR應(yīng)該在沒有DNA污染的干凈環(huán)境中進(jìn)行,，最好設(shè)立一個(gè)專用的PCR配制室,、模板室、擴(kuò)增室,，避免污染（16S）,。
2.純化模板所選用的方法對(duì)污染的風(fēng)險(xiǎn)有極大影響。一般而言,，只要能夠得到可靠的結(jié)果,，純化的方法越簡單越好。
3.所有試劑都應(yīng)該沒有核酸和核酸酶的污染,，操作過程中均應(yīng)戴手套,。
4.PCR試劑配制應(yīng)使用最高質(zhì)量的新鮮雙蒸水，采用0.22μm濾膜過濾除菌或高溫高壓滅菌,。5.試劑都應(yīng)該以大體積配制,，然后分裝成僅夠一次使用的量儲(chǔ)存，從而確保實(shí)驗(yàn)與實(shí)驗(yàn)之間的連續(xù)性與平行性,。
6.試劑或樣品準(zhǔn)備過程中都要使用滅菌的tubes和tips,，玻璃器皿應(yīng)洗滌干凈并高壓滅菌。
7.PCR配制試劑應(yīng)在冰上融化,，并且要瞬離并充分混勻,。