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技術(shù)文章

PCR引物是如何合成,?

閱讀:190          發(fā)布時(shí)間:2024-6-3

        PCR引物合成是指通過(guò)測(cè)定引物的OD值,溶解引物,,最終合成引物的一個(gè)完善的過(guò)程,。目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺三酯法。亞磷酰胺三酯法合成DNA片段,,具有高效,、快速的偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點(diǎn)。亞磷酰胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的,,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,,相鄰的核苷酸通過(guò)3′→5′磷酸二酯鍵連接。

QQ截圖20240603140828.jpg

合成四步驟:
  第一步,
是將預(yù)先連接在固相載體上的活性基團(tuán)被保護(hù)的核苷酸與三氯yi酸反應(yīng),,脫去其5′-羥基的保護(hù)基團(tuán)DMT,,獲得游離的5′-羥基,。
  第二步,
合成DNA的原料,,亞磷酰胺保護(hù)核苷酸單體,,與活化劑四氮唑混合,得到核苷ya 磷酸活化中間體,,它的3′端被活化,,5′-羥基仍然被DMT保護(hù),與溶液中游離的5′-羥基發(fā)生縮合反應(yīng),。
  第三步,,
帶帽(capping)反應(yīng),縮合反應(yīng)中可能有極少數(shù)5′-羥基沒(méi)有參加反應(yīng)(少于2%),,用yi酸酐和1-甲基咪唑終止其后繼續(xù)發(fā)生反應(yīng),,這種短片段可以在后續(xù)環(huán)節(jié)根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要來(lái)選擇純化方式分離掉。
  第四步,,
在氧化劑碘的作用下,,亞磷酰形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦€(wěn)定的磷酸三酯。
 
    經(jīng)過(guò)以上四個(gè)步驟,,一個(gè)脫氧核苷酸被連接到固相載體的核苷酸上,。再以三氯yi酸脫去它的5′-羥基上的保護(hù)基團(tuán)DMT,重復(fù)以上步驟,,直到所有要求合成的堿基被接上去,。合成過(guò)程中可以觀察TCA處理階段的顏色判定合成效率。通過(guò)an水高溫處理,,連接在CPG上的引物被切下來(lái),,通過(guò)OPC, PAGE等手段純化引物,成品引物用C18濃縮,脫鹽,,沉淀,。沉淀后的引物用水懸浮,測(cè)定OD260定量,,根據(jù)定單要求分裝,。

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