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普通PCR和熒光定量PCR的引物設(shè)計(jì)方面對(duì)比
閱讀：413 發(fā)布時(shí)間：2024-1-29 引物,，在核苷酸聚合作用的起始時(shí)，可以刺激合成另一種大分子,，并與反應(yīng)物以共價(jià)鍵形式連接的序列,。在核酸化學(xué)中，引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段,，可結(jié)合在核酸鏈上與之互補(bǔ)的區(qū)域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點(diǎn),，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈,。無論是做普通PCR還是熒光定量(Real time)PCR，設(shè)計(jì)合適的引物是非常關(guān)鍵的一步,。
普通PCR和熒光定量PCR的檢測方式具有較大的差別,。熒光定量PCR實(shí)時(shí)監(jiān)測與DNA結(jié)合的熒光染料激發(fā)的熒光,，普通PCR通過檢測插入DNA中核酸染料的量來測定PCR最終產(chǎn)物量。熒光定量PCR可以通過擴(kuò)增曲線進(jìn)行精確定量,，普通PCR則是通過電泳的方式進(jìn)行定性分析,。那么在普通PCR和熒光定量PCR的引物設(shè)計(jì)方面，有什么相同和不同處呢,？
相同處：
1,、序列的查找是一致的；
2,、序列選取應(yīng)在基因的保守區(qū)段,；
3、選取合適的擴(kuò)增片段大小
4,、避免引物自身或與引物之間形成4個(gè)或4個(gè)以上連續(xù)配對(duì),；
5、避免引物自身形成環(huán)狀發(fā)卡結(jié)構(gòu),；
6,、Tm值在55－65℃，GC含量在40%－60%,；
7,、引物之間的TM相差避免超過2℃；
8,、引物的3’端避免出現(xiàn)3個(gè)或3個(gè)以上連續(xù)相同的堿基,；
不同處：
Real time PCR 引物
1、PCR 產(chǎn)物長度,；real-time PCR要求在300bp以內(nèi),，一般選80-150bp 之間；
2,、多對(duì)目的基因同時(shí)擴(kuò)增,，文獻(xiàn)上查來的引物條件會(huì)不同，需要設(shè)計(jì)盡可能條件一致的引物,；
3,、目的基因含量比較低時(shí)，需要設(shè)計(jì)靈敏度比較高的引物,；
4,、相對(duì)電泳法，Real time PCR靈敏度比較高,，對(duì)引物的要求更高,，引物二聚體要少；熔解曲線要求單一產(chǎn)物,；
5,、Real time PCR的目的是進(jìn)行定量或者相對(duì)定量,，對(duì)擴(kuò)增的效率有要求；對(duì)引物的二級(jí)結(jié)構(gòu)要求高,；
普通PCR 引物：
1,、根據(jù)實(shí)驗(yàn)的要求不同，長度一般是從150bp到幾千bp 不等,；
2,、對(duì)二級(jí)結(jié)構(gòu)要求沒有real time PCR 高；
3,、對(duì)擴(kuò)增效率要求不高,；
4、可以選用梯度PCR 儀,，選擇不同退火溫度,，對(duì)引物退火溫度要求不需要一致；
驗(yàn)證時(shí)不同：
引物的特異性（相同點(diǎn)）：
引物的特異性在使用前用blast 來保證,；
不同點(diǎn)：real time PCR
在實(shí)驗(yàn)結(jié)果中通過熔解曲線來驗(yàn)證,；
PCR的特異性產(chǎn)物峰應(yīng)與引物報(bào)告中的PCR product 相差在兩度之內(nèi)；
普通PCR 通過產(chǎn)物的長度,，跑條帶,，來鑒別產(chǎn)物的特異性；
Real time PCR 可以通過擴(kuò)增曲線,，熔解曲線分析來鑒別產(chǎn)物的相對(duì)量,，同時(shí)也可以對(duì)終產(chǎn)物進(jìn)行電泳分析，更全面,，更科學(xué),！