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PCR反應(yīng)條件的控制：

1.  PCR反應(yīng)的緩沖液提供合適的酸堿度與某些離子 ,。 

2.  鎂離子濃度 總量應(yīng)比dNTPs的濃度高,，常用1.5 mmol/L,。

　　
3.  底物濃度dNTP以等摩爾濃度配制,，20～200 umol/L。

　
4.  TaqDNA聚合酶2.5U(100 ul）,。

　　
5.  引物濃度一般為0.1 ～0.5 umol/L,。

　
6.  反應(yīng)溫度

（1）變性溫度和時(shí)間95℃，30 s,。

（2）退火溫度和時(shí)間 低于引物Tm值5 ℃左右,，一般在45～55℃。

（3）延伸溫度和時(shí)間72℃,，1 min/kb(10 kb內(nèi)）,。

（4）Tm值=4(G+C) +2(A+T)

7.  循環(huán)次數(shù) ：一般為25 ～30次。循環(huán)數(shù)決定PCR擴(kuò)增的產(chǎn)量,。模板初始濃度低,，可增加循環(huán)數(shù)以便達(dá)到有效的 擴(kuò)增量。但循環(huán)數(shù)并不是可以無(wú)限增加的,。一般循環(huán)數(shù)為30個(gè)左右,，循環(huán)數(shù)超過(guò)30個(gè)以后,，DNA聚合酶活性逐漸達(dá)到飽和，產(chǎn)物的量不再隨循環(huán)數(shù)的增加而增加,，出現(xiàn)了所謂的“平臺(tái)期",。

二、PCR的循環(huán)參數(shù)
 
1.  預(yù)變性（Initial denaturation）

模板DNA變性與PCR酶的激活對(duì)PCR能否成功至關(guān)重要,，建議加熱時(shí)間參考試劑說(shuō)明書,，一般未修飾的Taq酶激活時(shí)間為兩分鐘。

2.  循環(huán)中的變性步驟

循環(huán)中一般95℃,，30秒足以使各種靶DNA序列變性,，可能的情況下可 縮短該步驟時(shí)間，變性時(shí)間過(guò)長(zhǎng)損害酶活性,，過(guò)短靶序列變性不好,，易造成擴(kuò)增失敗。

3.  引物退火（Primer annealing）

退火溫度需要從多方面去決定,，一般根據(jù)引物的Tm值為參考,，根據(jù)擴(kuò)增的長(zhǎng)度適當(dāng)下調(diào)作為退火溫度。然后在此次實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上做出預(yù)估,。

退火溫度對(duì)PCR的特異性有較大影響,。

4.  引物延伸

引物延伸一般在72℃進(jìn)行（Taq酶最適溫度）。但在擴(kuò)增長(zhǎng)度較短且退火溫度較高時(shí),，本步驟可省略

延伸時(shí)間隨擴(kuò)增片段長(zhǎng)短而定,，一般推薦在1000 bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生設(shè)定為1 min/kbp,。

5.  循環(huán)數(shù)

大多數(shù)PCR含25-40循環(huán),，過(guò)多易產(chǎn)生非特異擴(kuò)增。

6.  最后延伸

在最后一個(gè)循環(huán)后,，反應(yīng)在72℃維持5-15分鐘．使引物延伸,，并使單鏈產(chǎn)物退火成雙鏈。