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熒光定量PCR（qPCR）是目前病原檢測領域使用最為廣泛的核酸檢測方法（PCR檢測技術概述）,。尤其是非洲豬瘟發(fā)生后,，qPCR檢測得到了極大的普及，對于剛剛進入qPCR檢測領域的人,，很容易鉆入了“唯Ct值"的牛角尖,，今天我們就聊聊qPCR中的Ct值。

一,、Ct值的基本概念

1,、什么是Ct值

閾值循環(huán)數(shù) Threshold cycle (Ct) 也寫作Cq值,，熒光信號大于熒光閾值時PCR循環(huán)數(shù)。儀器軟件通常將第3-15個循環(huán)的熒光值設為基線（baseline）,，是由于測量的偶然誤差引起的,。閾值（threshold）一般是基線的標準偏差的10倍。在實際操作中也可以手動調節(jié),。高于閾值的熒光信號被認為是真實的信號,，用于定義Ct值。Ct會受到閾值的影響,，每次試驗由于樣品和儀器的不同會導致基線不同,，進而影響閾值和Ct值。

模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在一定線性關系,起始模板量濃度越高,，Ct值越?。黄鹗寄０辶繚舛仍降?，Ct值越大,。PCR循環(huán)在到達Ct值所在的循環(huán)數(shù)時，剛剛進入真正的指數(shù)擴增期（對數(shù)期）,，此時微小誤差尚未放大,，Ct值的重現(xiàn)性較好，即相同含量的初始模板,，得到的Ct值是相對穩(wěn)定的,。

Ct值不是恒定不變的，可以受到不同樣品,、不同儀器的影響,，即使相同的樣品在相同的儀器上重復2遍，Ct值也會存在差異,。

2,、與Ct值有關的參數(shù)

標準曲線Standard curve：模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關系。利用已知起始拷貝數(shù)的標準品可作出標準曲線,，其中橫坐標代表起始拷貝數(shù)的對數(shù),，縱坐標代Ct值。

相關系數(shù)Correlation coefficient (R^2) ：反映了標準曲線的線性,，通常要求>0.99,。

擴增效率Efficiency (E):通常要求在90%~110%。效率低于100%,，是由于PCR反應中存在抑制因素；而高于100%可能一些污染,、非特異性擴增或者是引物二聚體造成,。

斜率Slope ：當擴增效率為100%時斜率為-3.32,，當90%-110%時的斜率為-3.58 ~ -3.10。

3,、Ct值與模板拷貝數(shù)的關系

理想情況下,，qPCR的模板經過一定的循環(huán)數(shù)進行指數(shù)擴增，擴增循環(huán)數(shù)和產物量之間的關系是：擴增產物量Cn=起始模板量C1×（1+擴增效率E）^循環(huán)數(shù)n,。但是由于E通常無法達到100%,，并且在擴增的后期，擴增效率會逐漸降低,，只有在理想的情況下才滿足Cn=C1×2^n,，即Ct值差1，初始濃度差2倍,。

由于Ct值與起始模板的對數(shù)存在線性關系,，可利用標準曲線對未知樣品進行定量測定。這是目前的qPCR定量的方法,，即用已知濃度的標準品與未知濃度樣品同時擴增,，將未知濃度樣品的Ct值代入該標準曲線獲得未知樣品濃度。分析定量時,，一般取Ct:15-35,。太大或者太小都會導致定量結果的不準確。標準曲線需滿足：E：90%~110%,，R^2≥0.99,，斜率-3.58 ~ -3.10。同時定量標準品的量值需要準確可靠,。

用qPCR進行定量,，理論上可行，實際上很難獲得準確的定量結果,。