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PGX-CYP2C19StripAssay® | ![]() | 4-750 |
1. Lysis Solution 50 ml
2. GENXTRACT Resin 5 ml
Resuspend each time immediately before removing an aliquot.
3. Amplification Mix (yellow cap) 500 µl
4. Taq Dilution Buffer (transparent cap) 500 µl
5. DNAT (blue cap) 1.5 ml R 36/38
6. Typing Trays 3
7. Teststrips 20
8. Hybridization Buffer (white cap) 25 ml
9. Wash Solution A (white cap) 80 ml
10. Conjugate Solution 25 ml
11. Wash Solution B 80 ml
12. Color Developer 25 ml
使用說(shuō)明
一、預(yù)期用途
基于聚合酶的細(xì)胞色素(cyp)2c19基因突變檢測(cè)
鏈?zhǔn)椒磻?yīng)和反向雜交,。
二,。方法
這個(gè)過(guò)程包括三個(gè)步驟:(1)DNA分離,(2)生物素化PCR擴(kuò)增
引物,,(3)擴(kuò)增產(chǎn)物與含有等位基因特異性的試紙條雜交
寡核苷酸探針固定成平行線陣列(圖1),。結(jié)合生物素
用鏈霉親和素堿性磷酸酶和彩色底物檢測(cè)序列,。
該方法包括8個(gè)多態(tài)位點(diǎn):c.681g>a(2c19*2),c.636g>a(2c19*3),,c.1a>g,。
(2c19*4),c.1297c>t(2c19*5),,c.395g>a(2c19*6),c.819+2t>a(2c19*7),,c.358t>c
(2C19*8),,C.-806C>T(2C19*17)。
更多的遺傳信息可在OMIM在線孟德?tīng)柸祟?lèi)遺傳:
www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
三,、套件組件
見(jiàn)一頁(yè)所有組件清單,。
脫氧核糖核酸含1.6%氫氧化鈉(r 36/38)。
放大混合物,,TAQ稀釋緩沖液,,共軛溶液,洗滌液B含0.05%
奶奶3,。結(jié)合液中含有鏈霉親和素堿性磷酸酶,。彩色顯影劑
含有硝基藍(lán)四唑(NBT)和5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸(BCIP)。
不使用時(shí),,將所有試劑儲(chǔ)存在2-8°C,!
四、需要但未提供的材料
除了標(biāo)準(zhǔn)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室設(shè)備外,,還需要以下設(shè)備:
•可調(diào)微型離心機(jī),,轉(zhuǎn)速3000-12000轉(zhuǎn)/分(1000-12000 x g)
•培養(yǎng)箱(例如加熱塊、水?。?,溫度分別為56°C和98°C(±2°C)
•熱循環(huán)器和合適的薄壁塑料反應(yīng)管/帶
•TAQ DNA聚合酶
•帶振動(dòng)臺(tái)和可調(diào)溫度的水浴槽(45°C±0.5°C)
•真空抽吸裝置
•振動(dòng)篩(搖桿或軌道振動(dòng)篩)
•可選:瓊脂糖凝膠電泳設(shè)備(用于擴(kuò)增產(chǎn)物的控制)
分析程序
一。DNA分離
新鮮或冷凍的血液中加入edta或檸檬酸抗凝劑,;避免血液中含有肝素,。
在室溫下儲(chǔ)存血液的時(shí)間不得超過(guò)3天,在2-8°C下儲(chǔ)存血液的時(shí)間不得超過(guò)1周
使用前,。冷凍一年以上,,或經(jīng)歷多次
三次以上的凍融循環(huán)不適合用于此程序。
把血樣帶到室溫,。小心倒置采血管,,充分混合
好幾次。每次取血前重復(fù)混合,。
使裂解液和genxtract樹(shù)脂達(dá)到室溫,。
•用帶螺帽的1.5毫升微管吸取100微升血液樣本,。
•加入1毫升裂解液,合上試管,,倒置數(shù)次混合,。
•室溫下靜置15分鐘。
•在微型離心機(jī)中以3000轉(zhuǎn)/分(約1000 x g)離心5分鐘,。
•取下并丟棄上層(頂部)1毫升上清液,。
•加入1毫升裂解液,合上試管,,倒置數(shù)次混合,。
•在微型離心機(jī)中以12000轉(zhuǎn)/分(約12000 x g)離心5分鐘。
•除去并丟棄上清液,,但約50微升可見(jiàn)的軟顆粒除外,。
•*旋轉(zhuǎn)瓶子,重新使用Genxtract樹(shù)脂,。
•向顆粒中添加200微升Genxtract樹(shù)脂,。關(guān)閉管和渦流10秒。
樹(shù)脂沉積迅速,。每次立即重復(fù)再懸浮
在移除另一個(gè)等份之前,。
•在56°C下孵育20分鐘,渦流10秒,。
•在98°C下孵育10分鐘,,渦流10秒。
•在微型離心機(jī)中以12000轉(zhuǎn)/分離心5分鐘,。冰上涼快,。
所得到的上清液含有適于在pcr中立即使用的dna模板。為了
進(jìn)一步儲(chǔ)存時(shí),,上清液應(yīng)轉(zhuǎn)移到新鮮的試管中并保持冷藏,。
(2-8°C;多一周)或冷凍在-20°C,。
2.體外擴(kuò)增(PCR)
將所有PCR試劑和DNA模板冷藏,。執(zhí)行所有步驟直到開(kāi)始
冰上熱循環(huán)程序(0-4°C)。
•在TAQ稀釋緩沖液中制備新的TAQ DNA聚合酶工作稀釋液(0.2 U/微升)
(透明蓋),。
•為每個(gè)待放大的樣品準(zhǔn)備一個(gè)反應(yīng)管,。把管子放在冰上,。
•對(duì)于每個(gè)樣品,,在冰上制備終PCR反應(yīng)混合物:
15微升放大混合物(黃蓋)
5微升稀釋TAQ DNA聚合酶(1U)
5微升DNA模板
如果使用的DNA模板不是由試劑盒分離協(xié)議(第V/1章)制備的,,則
建議濃度范圍為5-40微克/毫升(=每個(gè)反應(yīng)25-200納克DNA)。
把管子蓋緊。將熱循環(huán)器預(yù)熱至94°C,。
•插入反應(yīng)管并運(yùn)行以下熱循環(huán)程序:
預(yù)PCR:94°C/2分鐘,。
熱循環(huán):94°C/15秒。-58攝氏度/30秒,。-72攝氏度/30秒,。(35個(gè)循環(huán))
終延伸:72°C/3分鐘。
將放大產(chǎn)品存放在冰上或2-8°C下,,以備進(jìn)一步使用,。
可選:用凝膠電泳分析擴(kuò)增產(chǎn)物(如3%瓊脂糖凝膠)。
片段長(zhǎng)度:288254218182161146bp
三,。雜交(45°C,;振蕩水浴)
將水盆的水位調(diào)整到打字托盤(pán)高度的約1/2,。
將水浴加熱至45°C(±0.5°C)。用校準(zhǔn)過(guò)的
溫度計(jì),。
預(yù)熱雜交緩沖液并將溶液A洗滌至45℃(注意所有沉淀
在2-8°C下形成,,*溶解。)
使試紙,、DNAT,、共軛溶液、洗滌溶液B和顯色劑達(dá)到
室溫,。準(zhǔn)備打字托盤(pán),。
使用干凈的鑷子為每個(gè)樣品取下一個(gè)測(cè)試條。(用手套觸摸測(cè)試條
只有?。┯勉U筆在標(biāo)記線外標(biāo)記測(cè)試條,。(沒(méi)有圓珠筆,馬克筆,,
等)
•將10微升DNAT(藍(lán)帽)吸管插入每個(gè)通道的下角,,用于打字
托盤(pán)(每個(gè)樣品一條通道)。
•將10微升擴(kuò)增產(chǎn)物加入相應(yīng)的DNA滴中,。
用吸管*混合,。(解決方案將保持藍(lán)色。)
•室溫下靜置5分鐘,。
•在每個(gè)通道中加入1毫升雜交緩沖液(預(yù)熱至45°C),。
輕輕攪動(dòng)托盤(pán)。(藍(lán)色將消失,。)
•插入帶有標(biāo)記的測(cè)試條(可見(jiàn)線條?。┻M(jìn)入各自的車(chē)道。潛入
*。
•在水浴的搖床上,,在45°C下培養(yǎng)30分鐘,。
設(shè)置適當(dāng)?shù)恼饎?dòng)頻率(約50轉(zhuǎn)/分)以避免溢出。保持
水盆關(guān)閉以避免溫度變化,。
•孵化結(jié)束時(shí),,通過(guò)真空抽吸去除雜交溶液。
立即進(jìn)行,。在整個(gè)過(guò)程中,,不要讓測(cè)試條干運(yùn)行。
四,。嚴(yán)格清洗(45°C,;搖晃水浴)
•加入1毫升洗滌液A(預(yù)熱至45°C),。短暫沖洗(10秒),。
通過(guò)真空抽吸除去液體。
•加入1毫升洗滌液A(45°C),。
•在45°C的搖動(dòng)水浴中培養(yǎng)15分鐘,。
通過(guò)真空抽吸除去液體。
•加入1毫升洗滌液A(45°C),。
•在45°C的搖動(dòng)水浴中培養(yǎng)15分鐘,。
通過(guò)真空抽吸除去液體。
5個(gè),。顯色(室溫)
•加入1毫升共軛溶液,。
•室溫下在搖床或軌道振動(dòng)篩上培養(yǎng)15分鐘。
通過(guò)真空抽吸除去液體,。
•加入1毫升洗滌液B,。短暫沖洗(10秒)。
通過(guò)真空抽吸除去液體,。
•加入1毫升洗滌液B,。
•室溫下在搖床或軌道振動(dòng)篩上培養(yǎng)5分鐘。
通過(guò)真空抽吸除去液體,。
•加入1毫升洗滌液B,。
•室溫下在搖床或軌道振動(dòng)篩上培養(yǎng)5分鐘。
通過(guò)真空抽吸除去液體,。
•加入1毫升顯色劑,。
•在室溫下,在搖床或軌道振動(dòng)篩上黑暗中培養(yǎng)15分鐘,。
陽(yáng)性反應(yīng)出現(xiàn)紫色染色,。
•用蒸餾水清洗測(cè)試條數(shù)次,。
在暗處用吸水紙把紙條晾干。
顏色顯影后,,不要將試紙置于強(qiáng)光下,。
六、結(jié)果解釋
樣本的基因型是用所附的collectorTM表確定的,。
將處理過(guò)的測(cè)試條放入字段之一,,將其與示意圖對(duì)齊
使用紅色標(biāo)記線(頂部)和綠色標(biāo)記線(底部)繪制,并用
膠帶,。
上面控制線的正反應(yīng)表示共軛的正確函數(shù)
溶液和顯色劑,。這條線應(yīng)該總是染色陽(yáng)性。
對(duì)于每個(gè)多態(tài)性位置,,應(yīng)獲得以下染色模式之一:
注意:陽(yáng)性線的染色強(qiáng)度可能不同,。這對(duì)結(jié)果沒(méi)有意義。
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