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關(guān)于溫度梯度PCR和降落PCR的區(qū)別：
溫度梯度PCR是指在退火溫度不太明確時,，為了找到優(yōu)退火溫度,，在一臺PCR儀上同時做多管PCR,，每一管放在儀器內(nèi)不同列（有的是不同行）上,，分別進行PCR（如50℃~60℃可以分6管，分別為50,，52,，54，56,，58,，60度），最后看看哪個溫度的效果好,?？傊怯脕磉M行退火溫度優(yōu)化的,。
降落PCR是在同一個PCR管內(nèi)進行PCR，只是每個循環(huán)的溫度不同（如每個循環(huán)降1度）,。一般兼并引物用這種方法多些,。
降落PCR（touchdown PCR），一種PCR技術(shù)：
設(shè)計多循環(huán)反應(yīng)的程序,，以使相連循環(huán)的退火溫度越來越低,。由于開始時的退火溫度選擇為高于估計的Tm值，隨著循環(huán)的進行,，退火溫度逐漸降到Tm值,，并最終低于這個水平，用于確保第一個引物—模板雜交事件發(fā)生在最互補的反應(yīng)物之間,，即那些產(chǎn)生目的擴增產(chǎn)物的反應(yīng)物之間,。盡管退火溫度最終會降到非特異雜交的Tm值，但此時目的擴增產(chǎn)物已開始幾何擴增,，在剩下的循環(huán)中處于滯后（非特異）PCR產(chǎn)物的地位,。
由于目標是在較早的循環(huán)中避免低Tm值配對，在TD—PCR中好應(yīng)用熱啟動技術(shù),。設(shè)計時,，退火溫度的范圍應(yīng)跨越15℃左右，從高于估計Tm值至少幾度到低于它10℃,。
例：一對沒有簡并的引物—模板的計算Tm值為62℃,。
則：從65℃—>50℃（每2cycles降退火溫度1℃），再在50℃退火溫度下做15個循環(huán),。
實驗中如持續(xù)出現(xiàn)假象帶（雜帶）,，則是因為起始退火溫度太低，或目的擴增產(chǎn)物和非目的產(chǎn)物的Tm值相差無幾,，或非目的擴增物以更高的擴增效率擴增,，可把退火溫度每降低1℃所需的循環(huán)數(shù)增加到3或4。
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