實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)是通過測定RNA的轉(zhuǎn)錄水平來評(píng)估基因的活力。RNA樣本提取的質(zhì)量直接影響基因表達(dá)分析,。影響RNA品質(zhì)的因素有以下三種:RNA濃度,、RNA純度和RNA完整性。
檢測RNA濃度,、純度和完整性的方式主要有以下幾種:
紫外分光光度計(jì)法:
測量260nm吸收值計(jì)算RNA濃度,測量260nm/280nm吸收值的比值,,用于評(píng)估RNA純度,。需要注意的是:在檢測核酸物質(zhì)時(shí)應(yīng)該在固定的PH溶液中進(jìn)行,。
260nm/280nm的比值范圍在 1.9~2.1 之間。<1.9,,說明有蛋白質(zhì)殘留;>2.1,,說明RNA可能發(fā)生降解,。
瓊脂糖凝膠電泳:
完整的RNA通常有三條帶,,最亮的是28S條帶,,其次是18S條帶,,最淡的是5S條帶(部分試劑盒提取時(shí)會(huì)過濾掉5S條帶),。通過瓊脂糖凝膠電泳可以檢測28S和18S的比值,。該方法主要用于檢測RNA的純度和完整性,。
如果28S和18S條帶明亮、清晰,、條帶銳利,,28S的亮度在18S條帶的兩倍以上,我們認(rèn)為RNA的質(zhì)量,。
若RNA條帶出現(xiàn)彌散,,原因可能:RNA被核酸酶降解,、電壓或電流過大,、上樣量過高或過低等,。
上述兩種方法在實(shí)驗(yàn)室比較常用,此外還有幾種檢測方式供大家選擇,。
熒光染料檢測:
通過熒光染料和RNA結(jié)合,,熒光活性增強(qiáng)。此方法的靈敏度較高,,主要用于檢測RNA的濃度,。
微毛細(xì)管電泳:
可使用軟件的RIN(RNA Integrity Number)分?jǐn)?shù)評(píng)估,10為RNA完整性最好,,0為最差,。此方法的靈敏度和分辨率較高,可用于檢測RNA濃度,、純度和完整性,。
3’-5’完整性檢測:
是在一個(gè)RNA樣本中檢測GAPDH mRNA的完整性來代表所有RNA的完整性,主要用于檢測RNA的完整性,。