摘要
定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)分析具有高靈敏度,,這是其成功并廣泛應(yīng)用于科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的最重要原因之一,。然而,包括移液技術(shù)在內(nèi)的許多因素都會(huì)對qPCR分析的結(jié)果產(chǎn)生影響,。PCR Master Mix 通常在qPCR準(zhǔn)備期間使用,,但可能很難對其進(jìn)行準(zhǔn)確移液。在本研究中,,我們測試了在qPCR中使用電動(dòng)移液器移取Master Mix,。研究證明,使用電動(dòng)移液器搭配低吸附濾芯吸頭或標(biāo)準(zhǔn)濾芯吸頭對Master Mix移液,,可獲得良好的精準(zhǔn)性,,并能確保移液速度及結(jié)果的重現(xiàn)性。從而得出結(jié)論,,在進(jìn)行基于PCR的分析時(shí),,使用電動(dòng)移液器移取Master Mix確保得到可重復(fù)且可靠的結(jié)果。
引言
基于PCR的應(yīng)用已成為生物制藥工藝,、臨床診斷和學(xué)術(shù)研究的關(guān)鍵手段,。然而,在執(zhí)行定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)時(shí),,實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可變性可能是個(gè)問題,,移液誤差是需要重點(diǎn)關(guān)注的變化來源之一。在qPCR準(zhǔn)備階段,,對Master Mix試劑進(jìn)行移液具有挑戰(zhàn)性,。Master Mix通常由聚合酶、dNTP,、MgCl2以及可能含吐溫和甘油成分的緩沖液組成,。
本應(yīng)用說明的目的是測試在PCR分析應(yīng)用中使用電動(dòng)移液器移取Master Mix的可靠性。在定量PCR準(zhǔn)備階段,,使用電動(dòng)移液器搭配低吸附濾芯吸頭來移取Master Mix,,實(shí)驗(yàn)結(jié)果(定量循環(huán),Cq)由準(zhǔn)確度和精準(zhǔn)度(重現(xiàn)性)來進(jìn)行評價(jià)。
方法
移液器和移液器吸頭選擇
使用Picus®電動(dòng)移液器,、Safetyspace低吸附濾芯吸頭和濾芯吸頭,。Picus®使用多次分液模式。移取Master Mix時(shí),,將電動(dòng)移液器速度參數(shù)設(shè)置為1,。
qPCR準(zhǔn)備
qPCR準(zhǔn)備階段使用Picus®電動(dòng)移液器、Safetyspace濾芯吸頭及低吸附濾芯吸頭,。Lo-Bind EP管用于DNA樣品制備及Master Mix的制備,。制備用于所有測試的PCR Master Mix儲(chǔ)備液使用了MaximaSYBR Green qPCR Master Mix(不含ROX)、大腸桿菌uidA基因引物以及無核酸酶水,。
用移液器將八個(gè) 15μL 的Master Mix重復(fù)樣品移取至PCR板孔中,,用于各種測試條件。無模板對照(NTC)樣品不含大腸桿菌基因組DNA,,并加入 5μL 無核酸酶水,。用類似方法移取 5μL 含有1×106、1×105,、1×104,、1×103 以及1×102 個(gè)拷貝丨反應(yīng)大腸桿菌gDNA的系列稀釋標(biāo)準(zhǔn)品,。
在每個(gè)測試孔中有 5μL 含有1×103 個(gè)拷貝丨反應(yīng)的大腸桿菌gDNA,。使用Picus® 電動(dòng)移液器的多次分液功能及低吸附濾芯吸頭以相同的方式將所有DNA樣本添加到PCR管中。使用LightCycler®480 qPCR儀進(jìn)行qPCR,。循環(huán)參數(shù)如下:在 95°C下預(yù)培養(yǎng) 10 分鐘,,隨后在 95°C 10 秒、55°C 10 秒,、75°C 15 秒,,75°C延伸 10 秒,40 次循環(huán),。
對標(biāo)準(zhǔn)品,、對照品和樣品中的SYBR綠色熒光激發(fā)進(jìn)行定量。使用LightCycler® 480軟件確定定量循環(huán)(Cq)值和實(shí)際拷貝數(shù),,并使用MS Excel分析結(jié)果,。
數(shù)據(jù)分析
Cq值的百分比系統(tǒng)誤差(%S)反映了處理Master Mix的儀器系統(tǒng)(移液器和吸頭系統(tǒng))Cq值的誤差。移液過程中的隨機(jī)誤差是結(jié)果精準(zhǔn)度的測量,,反映了實(shí)驗(yàn)中重復(fù)樣品之間的差異,。Cq值的百分比隨機(jī)誤差(%R)反映了結(jié)果的重現(xiàn)性,并且可能受到實(shí)驗(yàn)人員移液操作的影響,。