實時熒光定量 PCR(qPCR)自問世以來,,就受到了廣大生命科學(xué)實驗工作者和醫(yī)院檢驗工作者的極大關(guān)注,,使得該技術(shù)得到了很快的普及。雖然qPCR技術(shù)目前應(yīng)用方向十分廣泛,,但是仍碰到很多用戶在實驗中存在著由于不當(dāng)操作而數(shù)據(jù)精度不高,、重復(fù)性差,、可信度差等問題,。在這里,我們根據(jù)實際工作中的經(jīng)驗以及參考萬謙等人[1]的研究,,給大家詳細(xì)說明一些有助于提高實驗質(zhì)量的操作技巧,,希望能給大家?guī)硪欢ǖ膸椭?br />
1、引物的操作技巧:
使用引物設(shè)計軟件進(jìn)行設(shè)計時,,在操作界面上設(shè)定相應(yīng)的參數(shù),,擴(kuò)增子參數(shù)一般設(shè)定范圍為80 ~ 200bp,擴(kuò)增子長度越短,,擴(kuò)增效率越高,,可選擇設(shè)定在110bp,110bp在后期的擴(kuò)增中僅用10s,,其余的參數(shù)均默認(rèn),,軟件即給出引物列表,一般選用評分高或者靠前的,,因為評分越高或越靠前的引物對形成引物二聚體的可能越小,。
引物一般由試劑公司合成,為干粉狀態(tài),,在溶解前,,最好用高速離心機(jī)低溫快速離心30s,使得引物干粉匯聚到管底,,避免損失引物,。引物收到后,需要先摸索引物的退火溫度和終濃度,,以達(dá)到較理想的qPCR擴(kuò)增效果,,其次測定引物的擴(kuò)增效率,通常在非正式實驗時,,假定引物的擴(kuò)增效率為*,,擴(kuò)增產(chǎn)物在指數(shù)期呈現(xiàn)2n的增長,。在正式實驗時,考慮到引物的擴(kuò)增效率實際不是100%,,所以需要測定引物的擴(kuò)增效率以修正結(jié)果,。一個測定引物擴(kuò)增效率的簡單方法如下: 以cDNA樣品或標(biāo)準(zhǔn)品為模板,依次稀釋 101,、102,、103、104,、105,、106 倍,采用前期摸索好的qPCR擴(kuò)增條件,,得到6個Cq值,,然后以log(模板濃度)為X軸變量,以Cq值為Y軸變量作回歸直線圖,,得到直線的斜率,,擴(kuò)增效率 = 10( -1 /斜率) - 1,整個數(shù)據(jù)計算可以在Excel中完成,,也可在qPCR軟件中直接得出,。
2、反應(yīng)體系配制技巧:
正式實驗時,,每個樣本至少3個重復(fù),,為了消除各重復(fù)之間的系統(tǒng)誤差,可配置3.2個反應(yīng)體系,,將所需的所有試劑和模板加在同一個PCR管中,,充分渦旋混勻后,再分裝到3個重復(fù)孔中,,這樣可有效減小系統(tǒng)誤差,。另外,一些實驗者為了節(jié)省試劑,,采用10μL反應(yīng)體系,,我們認(rèn)為這是不可取的,因為體積太小,,加樣誤差會大,,這樣做得不償失,建議使用20μL以上的反應(yīng)體積,。如上操作,,可以在較大程度上消除由于加樣不準(zhǔn)造成的系統(tǒng)誤差。
如表1所列,,“優(yōu)化前”是5管中分別依次加入模板和各反應(yīng)試劑,,最后得到的Cq值標(biāo)準(zhǔn)偏差為2.66,;“優(yōu)化后”是使用模板和各反應(yīng)試劑的混合液,然后分裝至5管中,,最后得到的Cq值標(biāo)準(zhǔn)偏差為0. 32,;由上述可見,數(shù)據(jù)精度得到極大的改善,。