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制備PCR反應(yīng)模板

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PCR反應(yīng)的關(guān)鍵因素主要有引物的選擇與設(shè)計(jì),酶的質(zhì)量.模板的制備,,在前二者都穩(wěn)定可行的情況下,,PCR模板的制備尤為重要.模板處理方法的選擇及操作人員的基 本技能,,決定分離模板核酸(DNA或RNA)的質(zhì)和量及PCR的成敗.而提高模板核酸質(zhì)量的 關(guān)鍵是除去雜質(zhì)(蛋白質(zhì),、酶、脂肪等).除去抑制Taq DNA聚合酶活性抑制因子,,提高 模板核酸的產(chǎn)量.

  傳統(tǒng)的核酸模板提取方法是采用去垢劑如SDS等來破壞細(xì)胞組份,,溶解細(xì)胞膜, 使蛋白質(zhì)變性,,再用蛋白酶K來消化去除蛋白質(zhì),尤其是與DNA結(jié)合的蛋白質(zhì),,再用 酚:氯仿抽提,,然后用乙醇或異丙醇沉淀核酸,供PCR實(shí)驗(yàn)用.但近幾年來也發(fā)展了些 簡便實(shí)用較為有效的標(biāo)本消化處理方法.亦可滿足PCR實(shí)驗(yàn)的要求.采用哪種方法消化 處理標(biāo)本,,視PCR實(shí)驗(yàn)的目的(是科研還是檢測)及環(huán)境條件而定.

模板核酸的提取制備方法

 ?。ㄒ唬┑鞍酌窴消化裂解法:適用于所有標(biāo)本的消化處理,尤以DNA樣品為佳.如組 織細(xì)胞(包括石蠟包埋組織)絨毛,、毛發(fā),、精斑、血液(血清,、血漿,、全血)局部分泌 物、尿,,糞便等.

  1.試劑配制
①蛋白酶K消化液:10mmol/L Tris.cl(PH8.0)
10mmol/LEDTA
150mmol/LNaCL
0.5%SDS
100~200ug/ml蛋白酶K.
②蛋白酶K用水配成20mg/ml,,臨用時(shí)加入消化液中.

  2.提取方法:

  有些標(biāo)本、在用蛋白酶K消化前,,還需預(yù)處理一下,,如糞便、分泌物,、痰液,、組 織塊、石蠟包埋組織等,,其方法有離心去掉雜質(zhì),,脫蠟等.

  臨床標(biāo)本或經(jīng)預(yù)處理的標(biāo)本加蛋白酶K裂解液50~100ul.混勻,55℃1~3小時(shí),, 或37℃過夜.加等體積的飽和酚抽提1~2次,,再加等體積的氯仿:異戊醇(49:1)抽提一 次,上清加入1/10體積的pH值5.23mmol/L醋酸鈉緩沖液,,加入2.5倍體積的冰冷無水 乙醇(或加等體積的異丙醇)-20℃放置至少3h.取出后14000轉(zhuǎn)/min離心15min.小心吸 棄或倒出上清,,沉淀加入75%冰冷乙醇15000r/min5min離心洗滌1~2次,特別小心的 吸棄或倒掉上清,真空或37℃溫箱或室溫干燥,,加TE緩沖液20ul.溶解后,,取3~8ul 用于PCR擴(kuò)增,或放-20℃保存.

  蛋白酶K消化法除上述經(jīng)典處理法外,,亦可在蛋白K消化處理標(biāo)本,,經(jīng)離心處理 后,吸取上清經(jīng)95~97℃或煮沸10min滅活蛋白酶K后,,直接作核酸模板用于PCR擴(kuò)增. 如雜質(zhì)較多,,還可經(jīng)酚:氯仿抽提后,即可用于PCR反應(yīng).此法蛋白質(zhì)及其它雜質(zhì)消除 *,,Taq酶活性不受影響,,具有良好的重復(fù)性與穩(wěn)定性.但操作繁復(fù),技術(shù)要求高.

 ?。ǘ┲苯恿呀夥?標(biāo)本(組織細(xì)胞,,分泌物)加PBS或生理鹽水離心洗滌后,加消化 裂解液20~50ul(0.5%NP-40和0.5%吐溫-20),,95~98℃,,15~30min以裂解病原體, 裂解細(xì)胞.然后12000r/min離心5~10min,,取上清20~30ul用于PCR擴(kuò)增.血清標(biāo)本可 直加等體積的消化液,,加熱處理離心后PCR擴(kuò)增.亦有用5%的NP-40和1.5%2-ME做裂解 液,95℃30min消化處理,,離心取上清,,PCR擴(kuò)增檢測HBV DNA.

  (三)堿變性法:取血清20ul,,加入1mol/L NaOH 20ul,,37℃30min,離心,,加 1mol/L HCl 20ul,,離心后,取上清5ul,,用于PCR擴(kuò)增.*亦有用10ul血清加NaOH至 0.2mol/L,,37℃1h,再加HCL中和離心后取上清10ul做PCR,,其特異性和敏感性較前法 更好.

 ?。ㄋ模┲蠓蟹?經(jīng)離心洗滌過的組織細(xì)胞,分泌物及血液標(biāo)本,,加適量無菌蒸餾水或PBS,,混勻 后,,100℃煮沸10~15min,14000r/min 10min,,取上清做PCR.

 ?。ㄎ澹┑饣c法:取組織細(xì)胞及抗凝血液10~100ul,加等體積的6MNaI,,反復(fù)輕混 20s,,加等體積氯仿:異戊醇(49:1)振勻后,離心取上清加0.6體積的異丙醇,,混勻后 置室溫3min.14000r/min 10min,,沉淀加10~100ul,TE溶解,,取5~10ul做PCR,,亦有 用100ul血清加裂解液300ul(6M NaI,0.5%十二烷基肌酸鈉,,10ug糖原,26mmol/L pH8.0 Tris-HCL,,13mmol/LEDTA)混勻后,,60℃15min,加等體積異丙醇,,離心沉定 后,,加TE液用于PCR擴(kuò)增,其產(chǎn)量和質(zhì)量較高.

 ?。┊惲蚯杷犭曳?/p>

  此法主要用于RNA的提取.標(biāo)本為組織細(xì)胞及血清等.

1.異硫氰酸胍消化液
異硫氰酸胍4mol/L
檸檬酸鈉(PH7.0)25mmol/L
十二烷基肌酸鈉0.5%
β-巰基乙醇0.1mol/L

  2.消化方法:用50~100ul細(xì)胞懸液及血清,,加等體積的異硫氰酸胍消化液振混勻 后,或65℃1小時(shí),,或室溫放置數(shù)分鐘,,然后加1/10體積的3mmol/L pH5.2的醋酸鈉緩 沖液,再加等體積的酚:氯仿,,用力振搖約10s,,10000r/min,離心5min,,取上清加等 體積異丙醇-20℃放置3h后,,14000r/min離心15min,沉定用75%冰冷乙醇離心洗滌1~ 2次,,真空干燥,,沉淀用TE緩沖液溶解即可用于逆轉(zhuǎn)錄PCR擴(kuò)增,或放-20℃保存.

  其它消化處理標(biāo)本提模板核酸的方法有①異硫氰酸胍一二氧化硅法②異硫氰酸胍 -玻璃粉法.③Chelex-100法.④全血直接擴(kuò)增法⑤尿素消化裂解法.各有千秋,,可根據(jù) 情況選用.

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