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如何應(yīng)對細(xì)胞株系開發(fā)數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)
細(xì)胞株開發(fā)是眾多具有重大數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)的工作流程之一。與任何篩選過程一樣,,樣本通量帶來了數(shù)據(jù)量的挑戰(zhàn)。當(dāng)使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數(shù)據(jù)時(shí),,這就變得更加具有挑戰(zhàn)性,。這不僅需要在不同的孔板和孔之間移動數(shù)據(jù),而且整個(gè)過程可能會延長數(shù)月,。在整個(gè)過程中,,必須對數(shù)據(jù)進(jìn)行追蹤,以確保進(jìn)入生產(chǎn)的任何細(xì)胞株都有必要的歷史數(shù)據(jù)(例如單克隆性的證明),,并且為了報(bào)告需要,,所有的數(shù)據(jù)都可以被方便地訪問,。在這里,,我們將描述在Biomek i7工作站(圖1)上自動化細(xì)胞株開發(fā)如何克服與此工作流程相關(guān)的許多數(shù)據(jù)挑戰(zhàn),。
圖1:Biomek i7工作站與三方設(shè)備整合一起被用于自動化細(xì)胞株開發(fā)工作流程。
作為液體轉(zhuǎn)移步驟的一部分,,Biomek軟件會自動移動數(shù)據(jù),,因此數(shù)據(jù)可以隨著樣本移動而并行移動(圖4)。同時(shí),,數(shù)據(jù)也可以存儲在DART數(shù)據(jù)庫中,,未來任何時(shí)候掃描孔板條碼時(shí),,相應(yīng)的數(shù)據(jù)都會被自動檢索出來,。DART提供了不同時(shí)間交互的方法之間的鏈接(圖4)——在諸如細(xì)胞株開發(fā)這樣的長時(shí)間工作流程中,,這是一個(gè)關(guān)鍵組件。
圖3:自動化數(shù)據(jù)處理示意圖,。
除開存儲和利用數(shù)據(jù),,DART數(shù)據(jù)庫可以通過多種方便的方式訪問。為了以用戶友好的方式進(jìn)行快速可視化,,可通過Chrome瀏覽器直接實(shí)時(shí)查看(圖6A),同時(shí)可以使用DART報(bào)告生成器在Excel中生成報(bào)告,。
圖6:DART數(shù)據(jù)查看和報(bào)告,。
在任何實(shí)驗(yàn)中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)使實(shí)驗(yàn)有價(jià)值,。數(shù)據(jù)處理中的任何錯(cuò)誤都可能消除這個(gè)價(jià)值,甚至可能將研究進(jìn)程推向錯(cuò)誤的方向,。對于像細(xì)胞株開發(fā)這樣長達(dá)數(shù)月的工作流程,,數(shù)據(jù)丟失或錯(cuò)誤的風(fēng)險(xiǎn)更大,因此,,確保數(shù)據(jù)完整性的工具至關(guān)重要,。Biomek和DART軟件通過使數(shù)據(jù)完整性過程自動化且易于獲取,,可以為細(xì)胞株開發(fā)過程提供真正的價(jià)值。
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*以上內(nèi)容涉及設(shè)備僅適用于科研和工業(yè),,不用于臨床診斷,。