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NIBS,、北大繪制線蟲RNA編輯圖譜
2015-2-26 閱讀(301)
近期,，由北京生命科學(xué)研究所和北京大學(xué)共同完成的學(xué)術(shù)成果“Profiling the RNA editomes of wild-type C. elegans and ADAR mutants"在《Genome Research》雜志上公開發(fā)表,。在這項研究中,，研究人員采用鏈特異性RNA測序（RNA-seq）和全基因組DNA測序,，繪制了Bristol N2野生型線蟲和三個ADAR突變體不同發(fā)育階段的RNA編輯圖譜,。本文共同通訊作者分別是北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物信息中心魏麗萍教授和北京生命科學(xué)研究所研究員董夢秋博士。
RNA編輯通過轉(zhuǎn)錄后插入,、刪除或修飾RNA分子上的某些堿基,，增加轉(zhuǎn)錄組多樣性?？茖W(xué)家發(fā)現(xiàn)RNA編輯發(fā)揮重要的作用,，如改變神經(jīng)遞質(zhì)或離子通道的特定密碼子、創(chuàng)建新的剪接位點,、修飾miRNA種子序列及其靶位點,，并通過與RNAi通路競爭而保護(hù)前體mRNA。
RNA編輯是所有多細(xì)胞動物中的一個普遍現(xiàn)象,。zui主要的RNA編輯是A(adenosine)-to-I(Inosine) 的修飾,，其受到蛋白酶ADAR（adenosine deaminases that act on RNA )的催化調(diào)控，ADARs對于哺乳動物*,，但是它們在A-to-I編輯中的個體效應(yīng)仍不明確,。ADAR1+/?突變小鼠如果造血系統(tǒng)有缺陷，在胚胎期14天之前就會死亡,。ADAR1+/?小鼠逐漸傾向于在P12后癲癇發(fā)作及早逝,。延伸閱讀：科學(xué)家首證RNA編輯對螞蟻等級分化具關(guān)鍵作用。
在無脊椎動物中,，果蠅（Drosophila melanogaster）有一個單一的ADAR2樣基因,，稱為Dmel\Adar (也稱為dADAR)，刪除這個基因可導(dǎo)致運動失調(diào)和溫度敏感麻痹。秀麗隱桿線蟲（Caenorhabditis elegans）有兩個ADAR基因——adr-1和adr-2,，但是它們在A-to-I編輯中各自發(fā)揮什么作用仍不清楚,。缺乏一個或兩個基因的線蟲是可育的，只表現(xiàn)出輕微的趨化性缺陷,，這使線蟲成為研究ADARs影響的*模型,。
zui近，新一代測序和生物信息學(xué)技術(shù)被用于在人類和果蠅中識別基因組規(guī)模上的數(shù)百萬個RNA編輯事件,。然而,，線蟲中的RNA編輯圖譜在很大程度上還是未知的。到目前為止,，在線蟲中只有10個基因已發(fā)現(xiàn)在非編碼區(qū)被編輯,。RNA編輯是否在不同的發(fā)育階段被調(diào)控，也尚不明確,。
在這項研究中,，研究人員采用鏈特異性RNA測序（RNA-seq）和全基因組DNA測序，繪制了Bristol N2野生型線蟲和三個ADAR突變體不同發(fā)育階段的RNA編輯圖譜,。該研究小組還開發(fā)出一種新的計算程序,，用“bisulfite-seq-mapping-like"步驟，獲得了識別敏感度的三倍增加,。在基因簇中發(fā)現(xiàn)了共99.5%的A-to-I編輯位點,。在3080個編輯簇中，65.7%的與非編碼區(qū)域中的DNA轉(zhuǎn)座子重疊,，73.7%的能夠形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),。
編輯位點和基因簇的數(shù)目在L1和胚胎階段zui高。一個基因簇的編輯頻率與編輯部位數(shù)呈正相關(guān),。有趣的是,，80%的基因簇有10個或更多的編輯部位，幾乎所有表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本都被編輯,。刪除adr-1可降低編輯頻率,，但卻不會降低編輯簇的數(shù)量，而刪除adr-2幾乎會*廢除RNA編輯,，從而表明ADR-1在A-to-I編輯中的調(diào)節(jié)作用,，及ADR-2在A-to-I編輯中*的作用。
定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析表明,，adr-2突變線蟲可改變參與衰老和壽命調(diào)節(jié)的蛋白質(zhì)的豐度,。與這一結(jié)果一致的是，研究人員觀察到,，缺乏RNA編輯的線蟲是短命的,。綜上所述,，這些結(jié)果揭示了線蟲復(fù)雜的RNA編輯圖譜，及不同ADARs的*作用方式,。
