熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號(hào)采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng),，實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的,，而普通的PCR儀是做定性分析和擴(kuò)增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作,，而反之就不行了,，況且這樣代價(jià)太大了，一般的實(shí)驗(yàn)室都不允許這樣做的,。總之兩者的功能不能互相取代,。
         普通的基因擴(kuò)增儀（PCR儀）只能夠定性地分析是否存在目標(biāo)片段,。但是價(jià)格要低很多，而且運(yùn)行成本也要低很多,。不過不能直接得到擴(kuò)增結(jié)果,，還需要做電泳檢測(cè),。實(shí)際中檢測(cè)遺傳疾病，品種分子標(biāo)記篩選,，甚至親自鑒定等都可以由普通PCR儀完成,。
但是，某些需要定量的實(shí)驗(yàn)就必須用到實(shí)時(shí)定量PCR了,。比如檢測(cè)某些病原物的數(shù)量（血液乙肝病毒復(fù)制程度）,，特定基因的表達(dá)量（比如結(jié)合反轉(zhuǎn)錄做的RNA定量分析）,，某些基因在染色體組中拷貝數(shù)（以前往往使用southern blot技術(shù)）等等。熒光定量PRC一般不需要對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳分析,，操作相對(duì)簡(jiǎn)單些,，但是耗材實(shí)在是貴,。
           簡(jiǎn)單來說，看有沒有用普通PCR儀,，看有多少用熒光定量PCR ?；驍U(kuò)增儀只能擴(kuò)增,，不能檢測(cè),，便宜,。熒光定量PCR儀除了擴(kuò)增，還能在擴(kuò)增的同時(shí)檢測(cè)DNA發(fā)出的熒光信號(hào),，試劑和儀器都更貴,。