熒光定量PCR熒光為基礎對核酸進行定量分析,，其應用非常廣泛，可以用于檢測基因的表達量（RNA的豐度）,，驗證表達譜芯片或轉錄組測序的數據,，確定病原體的載量，對片段的拷貝數（CNV）進行分析，對基因進行分型等等。其原理為通過監(jiān)控反應體系中熒光強度的變化,，記錄檢測熒光達到閾值時的循環(huán)數（Ct值）,。從理論上說，起始模板量和Ct值密切相關,，因此我們通過判讀Ct值從而對樣本進行定量。熒光定量PCR從方法上來說可以分為染料法和探針法兩種。

染料法

在國內,，染料法一般采用DNA染料SYBRGreenⅠ，染料法使用簡單,，成本也相對較低,，因此會有很多國內研究者會選擇使用染料法進行后續(xù)實驗。在染料法熒光定量PCR實驗中,，染料能夠與雙鏈結合,，從而發(fā)光，而在游離狀態(tài)下,，SYBRGreen I發(fā)出微弱的熒光,。所以，一個反應發(fā)出的全部熒光信號與出線的雙鏈DNA量呈比列,，且會隨擴增產物的增加而增加,。

但是染料法檢測的是體系中的所有雙鏈DNA,，因此一些非特異性擴增或者引物二聚體的出現，會極大的影響真實結果的準確性,。為此,，一些廠商提供ROX作為內部熒光參考標準，用來校正背景,，但是即便如此,，染料法特異性的問題依舊無法與探針法相比。另外染料法無法在同一個反應中檢測多個目的片段,，對于復雜序列,，如果難以擴增的話，也會受到脫靶效應（如引物二聚體）的影響,。在這種情況下,，就需要在實驗前期進行熔解曲線分析，判斷擴增所得產物是否只有一種,。

TaqMan探針法

TaqMan探針法PCR擴增時,，在加入一對擴增引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。Taqman探針為一段線性的寡核苷酸,，兩端分別標記一個熒光報告基團（FAM或Hex等）和一個熒光淬滅基團,，當探針完整時，報告基團發(fā)射的熒光信號被淬滅基團吸收,，PCR儀檢測不到熒光信號,；當PCR擴增時（在延伸階段），Taq酶的5' －3'外切酶活性將探針酶切降解,，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,，從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈,，就有一個熒光分子形成,，實現了熒光信號的累積與PCR 產物形成*同步，這也就是探針法定量的原理,。

探針法與染料法的較為大區(qū)別在于,，理論上探針法中的熒光信號只來源于目標序列，也就是不受非特異性擴增及引物二聚體的影響,。除此之外,，人們還可以利用不同探針，在一個體系中使用不同的熒光標記同時檢測多種指標,，達到節(jié)省實驗成本的目的,。在樣本量比較大的情況下，成本甚至可以低于染料法,。

因此我們可以看到,，在選擇熒光定量實驗時,，探針法在特異性和準確性方面遠遠優(yōu)于廉價的染料法，但在實際使用時,，TaqMan探針高昂的價格常常讓人望而卻步,。目前，上海捷瑞生物工程有限公司在強大的探針合成能力的前提下,，推出了探針法熒光定量PCR服務，以染料法的價格,，享受探針法的服務,，在相同的經費情況下，提高實驗的準確性和特異性,。

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