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PCR產(chǎn)物電泳條帶分析方法介紹

時間:2023/6/4閱讀:1184
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PCR擴增后一般進行瓊脂糖凝膠電泳分析,,電泳后一般有以下幾種條帶:

1,、引物帶,。引物濃度過高或是擴增效率不是特別高時都會有,,一般不呈現(xiàn)為細帶,為發(fā)散狀,;如果目的擴增產(chǎn)物帶和引物帶都很亮,,可以考慮適當降低引物量。

2,、引物二聚體帶,。
比引物跑得慢一點,條帶清晰,,但如果擴增產(chǎn)物小于100bp時,產(chǎn)物與引物二聚體就不好分別了,,建議采用DNA聚丙烯酰胺電泳(不是蛋白質(zhì)的SDS聚丙烯酰胺電泳),;如果引物二聚體在優(yōu)化復性溫度后仍然嚴重影響目的產(chǎn)物的擴增,優(yōu)先考慮更換引物設計(因為引物合成的成本比反復優(yōu)化條件的成本低)

3,、目的擴增產(chǎn)物帶,。其大小與設計大小相同,條帶清晰。

4,、非特異擴增產(chǎn)物帶,。
其大小與設計大小不相同,條帶清晰,。一般考慮通過提高復性溫度來減少或消除(也可用溫度梯度功能來尋找最佳的復性溫度,,東勝龍811型PCR儀就有此功能)。如果其片段大小比目的片段大較多,,可以通過減少延伸時間來減少或消除(即不給它足夠的延伸時間),。還有一種非特異擴增產(chǎn)物帶是來自于逆轉(zhuǎn)錄PCR實驗時的基因組DNA的污染,如果目的擴增產(chǎn)物中有內(nèi)含子,,擴增產(chǎn)物很可能大于目的基因,。這種條帶通過優(yōu)化復性溫度是不能消除的,可以在逆轉(zhuǎn)錄前用無RNA酶的DNA酶進行樣本處理,。

5,、模板DNA帶。模板濃度過高時可能出現(xiàn),。如果是基因組DNA為模板,,條帶可能會很亂且較大。一般進行PCR擴增時,,模板濃度都不要太大,,否則會產(chǎn)生一些比目的基因長一點的雜質(zhì)DNA(可能不成條帶,也看不到),,這是由PCR擴增原理造成的,。



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