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蛋白質的雙向電泳的向為等電聚焦（Isoelectrofocusing, IEF）,根據蛋白質的等電點不同進行分離；第二向為SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE）,，按亞基分子量大小進行分離,。經過電荷和分子量兩次分離后,，可以得到蛋白質分子的等電點和分子量信息。
注意事項：
1. 一向聚焦與二向電泳之間需要平衡，時間視蛋白質的性質而定,，一般為10min，多不*過15min,。
2. 過量的上樣量會引起雙向圖形畸形,，特別在一向聚焦時,，當樣品濃度*過5mg時,，則蛋白質凝聚和沉淀，使二向時產生水平和垂直條紋,。
3. 含尿素的試劑均應避免過高的溫度處理,，一般不要*過30℃，否則尿素分解產生異硫氰酸鹽會引起羧基甲?；鴮е码姾刹痪恍?。
4. 向中過量的去污劑會嚴重影響雙向電泳圖譜，因此聚焦完畢進行平衡前,，用雙蒸餾水沖洗膠條,，以除去殘留的去污劑。
5. 雙向電泳中雙向凝膠間的界面緊密接觸非常重要,，如果接觸不好或者兩者之間留有氣泡,，則導致轉移時分子擴散。
6. 雙向電泳中的條紋現(xiàn)象是常見的問題,。水平條紋可能與一向電泳時間不夠,，聚焦不好有關，或者在加樣處產生沉淀和引起重新溶解所致,；縱向條紋則表明樣品沒*溶解,，這可以通過調整樣品量，增加電泳時間,，改善樣品的溶解狀態(tài),，同時在加樣前通過高速離心以除掉所有不溶物。
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