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噬菌體研究獲突破

閱讀:1516      發(fā)布時間:2011-6-10
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病毒是地球上數量多的生命體,在控制寄主群落演替,、遺傳基因的水平移動,、生物進化和地球生物化學循環(huán)中起到重要的作用。細菌病毒(噬菌體)數量上一般是細菌的10倍左右,,被認為是地球上數量多的病毒類型,。盡管噬菌體廣泛存在,,但與具有細胞結構的微生物相比,對其基因多樣性研究甚少,。究其原因,,一方面?zhèn)鹘y(tǒng)噬菌體研究依賴于分離培養(yǎng),但環(huán)境中的細菌大多數尚處于難培養(yǎng)狀態(tài),,限制了噬菌體的獲得,;另一方面也與噬菌體基因中沒有發(fā)現諸如像原核生物16S rDNA和真核生物18S rDNA中存在共有的保守序列,用于通用引物設計有關,。

但近研究發(fā)現,,噬菌體某些家族的結構或功能蛋白質氨基酸片段序列高度保守,利用這些保守片段氨基酸序列設計引物,,可以直接PCR擴增出不同噬菌體家族基因序列,,用于噬菌體生態(tài)學研究。其中編碼噬菌體主要殼蛋白的g23基因被認為是研究T4型噬菌體基因多樣性和群落結構的重要分子標記基因,。

盡管采用PCR技術從稻田土壤中已經獲得了大量的g23基因,,但2008年美國學者撰文指出,他們采用PCR技術未能從旱地土壤中獲得g23基因,,認為從稻田土壤中獲得g23基因的結果很難認同為是針對純粹土壤環(huán)境的研究,,原因在于稻田長期有水層存在,與海洋具有相似的水環(huán)境特征,。

研究發(fā)現,,旱地黑土農田g23基因分布與其在海洋和湖泊水體環(huán)境中*不同,與稻田環(huán)境相近,,但也有多個新的黑土類群存在,。采用Unifrac方法分析不同環(huán)境條件下的T4型噬菌體群落結構發(fā)現,T4型噬菌體在陸地生態(tài)系統(tǒng)較海洋環(huán)境分布廣泛,,表明陸地生態(tài)環(huán)境中具有豐富的噬菌體基因資源,;另外,T4型噬菌體在稻田和旱地黑土中群落結構差異明顯,,且其在東北稻田與東北旱地黑土中分布相對較近的研究結果,,說明在陸地生態(tài)系統(tǒng)中,T4型噬菌體群落結構受到地理環(huán)境和生態(tài)過程的雙重影響,。

 

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