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(一)試劑PCR儀
?。?)引物:決定擴增的特異性,。根據(jù)檢測的DNA不同,,選用不同引物,,每種病原微生
物都有自己特異的引物。
?。?)耐熱的DNA聚合酶:此酶是從耐熱細菌中分離出來的,,能耐受高溫90℃-100℃。
?。?)10×PCR緩沖液:500mmol/l KCl;100mmol/L Tris-HCl(pH8.4,20℃)150mmol/L MgCl2,1mg/ml明膠,。10×PCR緩沖液隨酶一起購買。
?。?)5mmol/L dNTP貯備液:將dATP,、dCTP、dGTP和dTTP鈉鹽各100mg合并,,加入滅菌去離子水溶解,,用NaOH調(diào)pH至中性,分裝每份300μl,,-20℃保存,。dNTP濃度用UV吸收法測定。現(xiàn)用dNTP溶液均有商品化產(chǎn)品,。
?。?)DNA模板:用處理液將待測標本處理,不同處理方法,、操作各異,,但目的是暴露標本中被檢測的DNA。
?。ǘ┎僮鞒绦?a >PCR儀
過去標準的PCR操作程序是將PCR儀必需反應(yīng)成份分別加入一微量離心管中,,然后置于一定的循環(huán)參數(shù)條件下進行循環(huán)擴增。具體如下:
?。?)向一微量離心管中依次加入
DNA模板 102-105拷貝
引物 各1μmol/L
dNTP 各200μmol/L
10×PCR緩沖液 1/10體積
ddH2O 補到終體積(終體積50μl-100μl)
混勻后,,離心15s使反應(yīng)成分集于管底。以上步驟僅在實驗研究用,,現(xiàn)在商品化試劑已將dNTP,、10×PCR緩沖液,引物,,ddH2O混合在一起,,反應(yīng)體積為20-25μl,,只要試驗人員加入處理好的樣品就可以了。
?。?)加石蠟油50-100μl于反應(yīng)液表面以防蒸發(fā),。置反應(yīng)管于97℃變性10min。
?。?)冷至延伸溫度時,,加入1-5u Taq DNA聚合酶,離心30s使酶和反應(yīng)液充分混合?,F(xiàn)在臨床使用試劑酶通常已加入反應(yīng)液中,。
(4)PCR儀的循環(huán)程序為:94℃變性30s,,55℃退火20s,,然后在72℃延伸30s,共循環(huán)30-35次,。zui后一次循環(huán)結(jié)束后,,再將反應(yīng)管置72℃溫育5min,以確保充分延伸,。
PCR儀尚可用于組織標本DNA的擴增,。由于固定組織標本的DNA常發(fā)生降解,就給常用的分析方法如Southern轉(zhuǎn)印雜交等帶來一定困難,。87年Impraim等人首先將PCR技術(shù)引入固定包埋組織內(nèi)DNA分析,。他們先從組織標本中提取DNA,再用PCR進行特異性的DNA擴增,,應(yīng)用這種方法,,他們成功地從保存30至40年之久的組織標本DNA中擴增了HPV病毒基因片段。但這種方法需要提取DNA,,操作比較繁瑣,。1988年Shibata等人對Impraim的方法進行了改進。他們將固定包埋的組織塊制成5-10um厚,,0.4cm大小的切片,。將切片放入容積為500μl的Eppendorf管內(nèi)。加入400μl二甲苯脫脂,,離心除去二甲苯,,用400μl 95%乙醇洗去殘余二甲苯。離心除盡乙醇,、加入100μlPCR反應(yīng)基質(zhì),,將Eppendorf管放入沸水浴中煮10min,然后按前述PCR方法進行DNA擴增。
在應(yīng)用PCR方法檢測RNA病毒時,,首先應(yīng)將RNA轉(zhuǎn)化成cDNA才能進行擴增,,因為PCR只能對DNA模板進行擴增,我們把這種RNA的PCR反應(yīng)稱為反轉(zhuǎn)錄PCR,,簡稱RT-PCR,。把由RNA轉(zhuǎn)化成DNA的過程叫做反轉(zhuǎn)錄,反轉(zhuǎn)錄需要在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下完成,。
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