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1,、形態(tài)學(xué)特征
（1）細(xì)胞形態(tài)
在顯微鏡下觀察細(xì)胞外形大小,、形狀、排列等,，細(xì)胞構(gòu)造,，革蘭氏染色反應(yīng)，能否運(yùn)動(dòng),、鞭毛著生部位和數(shù)目,，有無(wú)芽孢和莢膜、芽孢的大小和位置,，放線菌和真菌的繁殖器官的形狀,、構(gòu)造，孢子的數(shù)目,、形狀,、大小、顏色和表面特征等,。
（2）群體形態(tài)
群體形態(tài)：在一定的固體培養(yǎng)基上生長(zhǎng)的菌落特征,，包括外形,、大小、光澤,、黏稠度,、透明度、邊緣,、隆起情況,、正反面顏色、質(zhì)地,、氣味,、是否分泌水溶性色素等；在一定的斜面培養(yǎng)基上生長(zhǎng)的菌苔特征,，包括生長(zhǎng)程度,、形狀、邊緣,、隆起,、顏色等；在半固體培養(yǎng)基上經(jīng)穿刺接種后的生長(zhǎng)情況,；在液體培養(yǎng)基中生長(zhǎng)情況，包括是否產(chǎn)生菌膜,，均勻渾濁還是發(fā)生沉淀,，有無(wú)氣泡，培養(yǎng)基的顏色等,。如是酵母菌,，還要注意是成醭狀、環(huán)狀還是島狀,。
2,、生理生化反應(yīng)特征
（1）利用物質(zhì)的能力
對(duì)各種碳源利用的能力（能否以CO2為*碳源、各種糖類的利用情況等）,、對(duì)各種氮源的利用能力（能否固氮,、硝酸鹽和銨鹽利用情況等）、能源的要求（光能還是化能,、氧化無(wú)機(jī)物還是氧化有機(jī)物等）,、對(duì)生長(zhǎng)因子的要求（是否需要生長(zhǎng)因子以及需要什么生長(zhǎng)因子等）。
（2）代謝產(chǎn)物的特殊性
如是否產(chǎn)生H2S,、吲哚,、CO2、醇,、有機(jī)酸,，能否還原硝酸鹽,，能否使牛奶凝固、凍化等,。
（3）與溫度和氧氣的關(guān)系
測(cè)出適合某種微生物生長(zhǎng)的溫度范圍以及它的zui適生長(zhǎng)溫度,、zui低生長(zhǎng)溫度和zui高生長(zhǎng)溫度。對(duì)氧氣的關(guān)系,，看它是好氧,、微量好氧、兼性好氧,、耐氧還是專性厭氧,。
3、生態(tài)學(xué)特征
主要包括它與其他生物之間的關(guān)系（是寄生還是共生,，寄主范圍以及致病的情況）,。在自然界的分布情況（pH情況、水分程度等）,、滲透壓情況（是否耐高滲,、是否有嗜鹽性等）。
4,、血清學(xué)反應(yīng)
很多細(xì)菌有十分相似的外表結(jié)構(gòu)（如鞭毛）或有作用相同的酶（如乳酸桿菌屬內(nèi)各種細(xì)菌都有乳酸脫氫酶）,。雖然它們的蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)各異，但在普通技術(shù)下（如電子顯微鏡或生化反應(yīng)）,，仍無(wú)法分辨它們,。然而利用抗原與抗體的高度敏感特異性反應(yīng)，就可用來(lái)鑒別相似的菌種,，或?qū)νN微生物分型,。
用已知菌種、型或菌株制成的抗血清,，與待鑒定的對(duì)象是否發(fā)生特異性的血清學(xué)反應(yīng)來(lái)鑒定未知菌種,、型或菌株。
該法常用于腸道菌,、噬菌體和病毒的分類鑒定,。利用此法，已將傷寒桿菌,、肺炎鏈球菌等菌分成數(shù)十種菌型,。
5、生活史
生物的個(gè)體在一生的生長(zhǎng)繁殖過程中,，經(jīng)過不同的發(fā)育階段,。這種過程對(duì)特定的生物來(lái)講是重復(fù)循環(huán)的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。
6,、對(duì)噬菌體的敏感性
與血清學(xué)反應(yīng)相似,，各種噬菌體有其嚴(yán)格的宿主范圍。