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基因組DNA提取常見問題分析 solarbio

閱讀:7374      發(fā)布時間:2010-10-24
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基因組DNA提取常見問題分析
 

常見問題
可能原因
建議解決方案
洗脫產(chǎn)物的DNA量很少或沒有
所提樣品材料老化或反復凍融導致基因組DNA含量下降
應選擇新鮮的樣品材料,,如新鮮血液,、新鮮菌液、剛離體的動物組織或幼嫩的植物組織等,,不能即時處理的樣品應立即放入液氮或-70℃低溫保存,,以免DNA降解。
樣品破壁或裂解不*導致基因組DNA未充分釋放
動,、植物材料應在液氮中充分研磨勻漿,,G+細菌、酵母等破壁較困難的樣品應用溶菌酶,、酵母破壁酶或機械方式協(xié)助破壁,,不同樣品的細胞破壁方式可參照前面的詳細介紹。
樣品量過多導致細胞裂解不充分
加樣量過多使裂解液和樣品混合不均勻,,細胞裂解不充分,。不同來源樣品的加樣量請參照詳細操作步驟。
DNA吸附不充分
如在上吸附柱前末加無水乙醇,,或用低濃度乙醇代替無水乙醇,,則導致DNA不能充分沉淀,與硅膠膜吸附不*,,因此應在樣品裂解后加適量無水乙醇,,再上吸附柱使DNA與硅膠膜充分吸附。
DNA洗脫不適當
洗脫液pH值過低會降低洗脫效率,,應確保洗脫液pH值在7.0-8.5之間,;洗脫體積若小于30μ,則不易*浸透硅膠膜,,使DNA不能全部洗脫下來,,因此洗脫液體積應大于30 μl,同時如洗脫液體積過大,,超過200μl,,則所得的DNA濃度會降低,但DNA總量不會減少,;洗脫時可將洗脫緩沖液在65-70水浴預熱,,加入洗脫液后在室溫靜置2-5分鐘,可提高洗脫效率,,提高基因組DNA的產(chǎn)量,。
提取的基因組DNA有降解
選取的材料不新鮮或反復凍融,采集材料后未及時處理或末低溫保存
陳舊血液,、老化菌液等不新鮮的材料中,,細胞凋亡導致DNA降解,或低溫保存的樣品反復凍融導致細胞破碎,,內(nèi)源核酸酶降解DNA,,因此應選擇新鮮的材料樣品,,不能及時處理則低溫保存,運輸過程中亦應使用干冰,。
未能有效抑制內(nèi)源核酸酶作用
某些DNase含量較豐富的動,、植物組織樣品應在液氮中研磨或勻漿,研磨過程中應隨時補充液氮,,并在樣品末*解凍前即加入含有抑制核酸酶作用的鰲合劑的裂解液,。
操作過于劇烈導致DNA被機打斷
預處理的樣品加入細胞裂解液后,所有操作應盡量柔和,,避免振蕩,、攪拌等劇烈機械力對DNA片段的損傷。
提取的基因組DNA中有RNA污染
實驗過程中沒有有效使用RNase A
應嚴格按照實驗操作要求使用,,即加入裂解液的同時加入20μl RNase A溶液,,室溫放置10分鐘。
RNAase A可能失活
RNase A須在-20℃下保存,,低溫保存時RNase A比較穩(wěn)定,,不易失活,但如果反復凍融會導致RNase A降解失活,,所以應妥善保存,。
提取的基因組DNA不能順利地進行后續(xù)試驗
樣品量過多導致細胞裂解不充分
樣品量過多會使裂解液不能快速有效地與樣品充分混合,從而導致樣品裂解不*,,殘留大量蛋自,、多糖、脂類等雜質(zhì),,為后續(xù)的上吸附柱分離純化造成影響,。應加入適當量的樣品材料,具體數(shù)量請參照詳細操作步驟,。
DNA在洗脫前有大量乙醇殘留
有機溶劑乙醇可嚴重抑制內(nèi)切酶,、DNA聚合酶的活性,,而在DNA過柱洗滌過程中需使用含有乙醇的漂洗液,,因此在洗脫DNA前,—定要充分去除殘留的乙醇,,可重復離心,,或?qū)⑽街糜谑覝鼗?0℃溫箱中烘干5-10分鐘,再加洗脫液,。

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