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PCR擴增后一般進行瓊脂糖凝膠電泳分析,，電泳后一般有以下幾種條帶：
1、引物帶,。引物濃度過高或是擴增效率不是特別高時都會有,，一般不呈現(xiàn)為細(xì)帶，為發(fā)散狀,；如果目的擴增產(chǎn)物帶和引物帶都很亮,，可以考慮適當(dāng)降低引物量。

2,、引物二聚體帶,。比引物跑得慢一點，條帶清晰,，但如果擴增產(chǎn)物小于100bp時,，產(chǎn)物與引物二聚體就不好分別了，建議采用DNA聚丙烯酰胺電泳（不是蛋白質(zhì)的SDS聚丙烯酰胺電泳）,；如果引物二聚體在優(yōu)化復(fù)性溫度后仍然嚴(yán)重影響目的產(chǎn)物的擴增,，優(yōu)先考慮更換引物設(shè)計（因為引物合成的成本比反復(fù)優(yōu)化條件的成本低）

3、目的擴增產(chǎn)物帶,。其大小與設(shè)計大小相同,，條帶清晰。

4,、非特異擴增產(chǎn)物帶,。其大小與設(shè)計大小不相同，條帶清晰,。一般考慮通過提高復(fù)性溫度來減少或消除（也可用溫度梯度功能來尋找*的復(fù)性溫度,，東勝龍811型PCR儀就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大較多，可以通過減少延伸時間來減少或消除（即不給它足夠的延伸時間）,。還有一種非特異擴增產(chǎn)物帶是來自于逆轉(zhuǎn)錄PCR實驗時的基因組DNA的污染,，如果目的擴增產(chǎn)物中有內(nèi)含子，擴增產(chǎn)物很可能大于目的基因,。這種條帶通過優(yōu)化復(fù)性溫度是不能消除的,，可以在逆轉(zhuǎn)錄前用無RNA酶的DNA酶進行樣本處理。

5,、模板DNA帶,。模板濃度過高時可能出現(xiàn)。如果是基因組DNA為模板,，條帶可能會很亂且較大,。一般進行PCR擴增時，模板濃度都不要太大,，否則會產(chǎn)生一些比目的基因長一點的雜質(zhì)DNA（可能不成條帶,，也看不到），這是由PCR擴增原理造成的,。